Protein–RNA interactions for Protein: P28357

Hoxd9, Homeobox protein Hox-D9, mousemouse

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Length 339 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Hoxd9P28357 Senp3-202ENSMUST00000066760 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Apba3-201ENSMUST00000057798 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Txnl1-201ENSMUST00000025476 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Col13a1-204ENSMUST00000105453 2935 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Sema6c-214ENSMUST00000202315 2843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Btbd10-203ENSMUST00000119278 2394 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Atf7-209ENSMUST00000184485 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Sulf2-201ENSMUST00000088086 3927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 AA467197-202ENSMUST00000110512 751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Gmcl1-202ENSMUST00000113679 960 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Smim1-205ENSMUST00000131325 842 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Cldn18-203ENSMUST00000131922 860 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Lamtor5-202ENSMUST00000199317 743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Grtp1-204ENSMUST00000209691 1030 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Mrpl28-201ENSMUST00000025014 1048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Lce1h-201ENSMUST00000051521 706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Spata18-202ENSMUST00000071077 1978 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Abi1-215ENSMUST00000178908 2239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Dleu2-208ENSMUST00000182768 1442 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Gm7854-202ENSMUST00000187409 1433 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Gm5414-201ENSMUST00000062879 1659 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Pgm3-202ENSMUST00000072585 1920 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Spsb2-203ENSMUST00000112473 1322 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Tead3-205ENSMUST00000154873 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Poglut1-201ENSMUST00000036210 2758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Nkpd1-201ENSMUST00000078908 2753 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Cacfd1-205ENSMUST00000114007 2689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Ptpa-202ENSMUST00000113601 1838 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Pigw-202ENSMUST00000108080 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Il1rn-201ENSMUST00000114482 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Impdh1-210ENSMUST00000162739 2471 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Donson-201ENSMUST00000023682 2360 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Slc2a8-201ENSMUST00000028129 2108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Ttc39a-201ENSMUST00000064129 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 4930544D05Rik-204ENSMUST00000180052 755 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Gm18101-201ENSMUST00000215769 548 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Vpreb1-201ENSMUST00000075017 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Ewsr1-204ENSMUST00000093365 1290 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Slc26a10-205ENSMUST00000222911 3067 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Sort1-203ENSMUST00000135636 6836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Fam109a-203ENSMUST00000198271 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Cbarp-201ENSMUST00000105369 3121 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Gm42918-201ENSMUST00000199249 1580 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Sharpin-201ENSMUST00000023211 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Tm2d3-202ENSMUST00000065574 1478 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 2810408A11Rik-203ENSMUST00000102580 1640 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Ric3-202ENSMUST00000120876 1633 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Smarca4-202ENSMUST00000098948 6376 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Gm43808-201ENSMUST00000202534 2065 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Tnfrsf25-201ENSMUST00000025706 1661 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Olfr533-202ENSMUST00000211093 2397 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 9930012K11Rik-205ENSMUST00000153871 1983 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Hmga1-206ENSMUST00000119486 1003 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Gm6659-201ENSMUST00000174752 547 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Gm22697-201ENSMUST00000175194 63 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Metrn-201ENSMUST00000002344 987 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Pi4k2b-201ENSMUST00000031081 3139 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Ncam2-202ENSMUST00000067602 3563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Dtnbp1-203ENSMUST00000220555 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Irf3-213ENSMUST00000209066 1712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Krt12-201ENSMUST00000017741 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Smpdl3b-201ENSMUST00000030709 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Tm9sf2-203ENSMUST00000171318 1494 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Cdk10-201ENSMUST00000036880 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Acbd4-201ENSMUST00000024492 2075 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Nfkbib-201ENSMUST00000032815 2061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Kank3-202ENSMUST00000172649 2652 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Hoxd9P28357 Sim1-202ENSMUST00000219436 1687 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
Hoxd9P28357 Antxr1-201ENSMUST00000042025 5253 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Hoxd9P28357 Stk32c-202ENSMUST00000165870 1883 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
Hoxd9P28357 Meis2-202ENSMUST00000074285 2844 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Hoxd9P28357 Hspa8-201ENSMUST00000015800 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Hoxd9P28357 Arnt-204ENSMUST00000107160 783 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Hoxd9P28357 Cdc34-202ENSMUST00000166603 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Hoxd9P28357 Mir1668-201ENSMUST00000184114 107 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
Hoxd9P28357 Fam92a-201ENSMUST00000087052 1292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Hoxd9P28357 Npw-201ENSMUST00000095544 638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Hoxd9P28357 Atxn7l2-204ENSMUST00000119650 2274 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
Hoxd9P28357 Xpr1-202ENSMUST00000111774 2753 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Hoxd9P28357 Casp6-201ENSMUST00000029626 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Hoxd9P28357 Vps53-202ENSMUST00000094015 2645 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
Hoxd9P28357 Sept8-203ENSMUST00000120878 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
Hoxd9P28357 Yars2-204ENSMUST00000159962 2805 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
Hoxd9P28357 Dscam-201ENSMUST00000056102 7498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Hoxd9P28357 Mfsd13a-202ENSMUST00000128041 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Hoxd9P28357 Rprd1b-207ENSMUST00000152452 1910 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Hoxd9P28357 Ctu1-201ENSMUST00000038332 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Hoxd9P28357 Zdhhc6-207ENSMUST00000224897 2168 ntAPPRIS P1 BASIC15.88■□□□□ 0.13
Hoxd9P28357 Fam149b-216ENSMUST00000225942 2151 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
Hoxd9P28357 Cyp4f41-ps-201ENSMUST00000126790 1077 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
Hoxd9P28357 Gm18958-201ENSMUST00000174258 762 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
Hoxd9P28357 Tcta-202ENSMUST00000192886 1094 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
Hoxd9P28357 Cldn22-201ENSMUST00000038693 995 ntAPPRIS P1 BASIC15.88■□□□□ 0.13
Hoxd9P28357 Hist1h2aj-201ENSMUST00000091710 352 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
Hoxd9P28357 Sfrp2-201ENSMUST00000029625 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Hoxd9P28357 Vps53-203ENSMUST00000108419 2209 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Hoxd9P28357 Dnaaf5-203ENSMUST00000196441 2426 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Hoxd9P28357 Cdh4-201ENSMUST00000000314 6388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Hoxd9P28357 Itgb1bp1-201ENSMUST00000076260 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Hoxd9P28357 Piezo2-201ENSMUST00000046860 2849 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 25.1 ms