Protein–RNA interactions for Protein: Q3UDK1

Trafd1, TRAF-type zinc finger domain-containing protein 1, mousemouse

Predictions only

Length 580 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trafd1Q3UDK1 Akap8l-201ENSMUST00000050214 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Trafd1Q3UDK1 Eefsec-201ENSMUST00000165242 2679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Trafd1Q3UDK1 Tm7sf3-201ENSMUST00000037709 3241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Trafd1Q3UDK1 Cct6b-201ENSMUST00000021040 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Trafd1Q3UDK1 1110004F10Rik-202ENSMUST00000106607 1153 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Trafd1Q3UDK1 Nnat-205ENSMUST00000153739 1146 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Trafd1Q3UDK1 Nnat-206ENSMUST00000172487 404 ntTSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
Trafd1Q3UDK1 Aldh1a3-204ENSMUST00000174215 1066 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Trafd1Q3UDK1 Flywch2-201ENSMUST00000024704 694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Trafd1Q3UDK1 Arid3c-202ENSMUST00000150809 1327 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Trafd1Q3UDK1 Rprm-201ENSMUST00000100089 1460 ntAPPRIS P1 BASIC17.11■□□□□ 0.33
Trafd1Q3UDK1 Tm7sf2-202ENSMUST00000113543 1498 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Trafd1Q3UDK1 Zdhhc6-207ENSMUST00000224897 2168 ntAPPRIS P1 BASIC17.11■□□□□ 0.33
Trafd1Q3UDK1 Tedc2-201ENSMUST00000024930 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Trafd1Q3UDK1 Gtpbp3-208ENSMUST00000168847 2803 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
Trafd1Q3UDK1 Lrrc47-205ENSMUST00000169622 3468 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Trafd1Q3UDK1 Asph-204ENSMUST00000084915 2884 ntTSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
Trafd1Q3UDK1 Shroom3-204ENSMUST00000168878 5630 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Trafd1Q3UDK1 Cacna1b-202ENSMUST00000070864 9655 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
Trafd1Q3UDK1 Mmd-202ENSMUST00000107887 1654 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Trafd1Q3UDK1 Gata5os-201ENSMUST00000069943 1678 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
Trafd1Q3UDK1 Erlin1-201ENSMUST00000071698 3228 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
Trafd1Q3UDK1 A930003O13Rik-203ENSMUST00000199056 1955 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Trafd1Q3UDK1 Nfatc3-201ENSMUST00000109308 5984 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Trafd1Q3UDK1 H2-D1-202ENSMUST00000172785 2102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Trafd1Q3UDK1 Prr29-201ENSMUST00000009354 1112 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Trafd1Q3UDK1 Rasgrp2-201ENSMUST00000035716 2219 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
Trafd1Q3UDK1 Cpox-201ENSMUST00000060077 3186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Trafd1Q3UDK1 Sars2-201ENSMUST00000094632 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Trafd1Q3UDK1 Nfs1-201ENSMUST00000029147 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Trafd1Q3UDK1 Ccdc184-201ENSMUST00000031914 2329 ntAPPRIS P1 BASIC17.09■□□□□ 0.33
Trafd1Q3UDK1 Zbtb9-201ENSMUST00000120016 2798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Trafd1Q3UDK1 Bcar1-201ENSMUST00000166232 3142 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Trafd1Q3UDK1 Cacna1a-202ENSMUST00000122053 7589 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Trafd1Q3UDK1 Mpz-202ENSMUST00000111334 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Trafd1Q3UDK1 Gm27275-201ENSMUST00000184318 272 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
Trafd1Q3UDK1 Alkbh1-212ENSMUST00000185301 408 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
Trafd1Q3UDK1 Rpl18-202ENSMUST00000209287 1027 ntTSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
Trafd1Q3UDK1 Rpl18a-206ENSMUST00000212709 700 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
Trafd1Q3UDK1 Grp-201ENSMUST00000025395 862 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Trafd1Q3UDK1 Mrps10-201ENSMUST00000060752 1109 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
Trafd1Q3UDK1 Cebpg-201ENSMUST00000070191 914 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
Trafd1Q3UDK1 Acot7-203ENSMUST00000105652 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Trafd1Q3UDK1 Sept10-203ENSMUST00000220156 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Trafd1Q3UDK1 Smim3-201ENSMUST00000042710 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Trafd1Q3UDK1 Gm26580-201ENSMUST00000181002 2095 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
Trafd1Q3UDK1 Il17re-208ENSMUST00000204774 2146 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Trafd1Q3UDK1 Coq8b-202ENSMUST00000108378 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Trafd1Q3UDK1 Col13a1-204ENSMUST00000105453 2935 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
Trafd1Q3UDK1 Cmtm4-201ENSMUST00000179802 7734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Trafd1Q3UDK1 Pard3-226ENSMUST00000162907 4682 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
Trafd1Q3UDK1 Igsf11-201ENSMUST00000023478 3443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
Trafd1Q3UDK1 Lrch4-201ENSMUST00000031734 3078 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
Trafd1Q3UDK1 Cds2-202ENSMUST00000103181 8396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
Trafd1Q3UDK1 Lsm1-201ENSMUST00000038421 2663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
Trafd1Q3UDK1 Zic3-202ENSMUST00000088629 1951 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
Trafd1Q3UDK1 Acads-201ENSMUST00000031524 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
Trafd1Q3UDK1 Taf6l-201ENSMUST00000003777 1869 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.33
Trafd1Q3UDK1 Aldh2-202ENSMUST00000129753 1799 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
Trafd1Q3UDK1 Prps1l3-201ENSMUST00000139049 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
Trafd1Q3UDK1 Pitx2-201ENSMUST00000029657 1680 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
Trafd1Q3UDK1 Pdgfa-201ENSMUST00000046901 1543 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
Trafd1Q3UDK1 Ctnnal1-202ENSMUST00000107612 850 ntTSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.32
Trafd1Q3UDK1 1110065P20Rik-203ENSMUST00000137769 659 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
Trafd1Q3UDK1 Alcam-206ENSMUST00000168071 878 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
Trafd1Q3UDK1 4930554G22Rik-201ENSMUST00000196102 686 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
Trafd1Q3UDK1 Rab7-206ENSMUST00000203674 424 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
Trafd1Q3UDK1 Cklf-203ENSMUST00000211809 525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
Trafd1Q3UDK1 AC163280.1-201ENSMUST00000228194 1100 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
Trafd1Q3UDK1 Tmem239-201ENSMUST00000055421 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
Trafd1Q3UDK1 Rtl8a-201ENSMUST00000088779 1195 ntAPPRIS P1 BASIC17.08■□□□□ 0.32
Trafd1Q3UDK1 Gbe1-201ENSMUST00000023393 2846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
Trafd1Q3UDK1 Cnksr1-201ENSMUST00000030645 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
Trafd1Q3UDK1 Irx4-202ENSMUST00000176684 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
Trafd1Q3UDK1 B4galnt4-201ENSMUST00000048002 3556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
Trafd1Q3UDK1 Car9-201ENSMUST00000030183 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
Trafd1Q3UDK1 Sec61a1-201ENSMUST00000032168 3172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
Trafd1Q3UDK1 Csnk2a2-203ENSMUST00000212214 6779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Trafd1Q3UDK1 Tubgcp4-203ENSMUST00000110658 4250 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Trafd1Q3UDK1 Apaf1-208ENSMUST00000162618 5151 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Trafd1Q3UDK1 Sharpin-201ENSMUST00000023211 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Trafd1Q3UDK1 Mrpl9-201ENSMUST00000029786 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Trafd1Q3UDK1 Nfib-205ENSMUST00000107247 3267 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
Trafd1Q3UDK1 Relb-201ENSMUST00000049912 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Trafd1Q3UDK1 Gm21596-201ENSMUST00000178049 1316 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
Trafd1Q3UDK1 Cox18-201ENSMUST00000048363 1333 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Trafd1Q3UDK1 Rsph3a-201ENSMUST00000097423 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Trafd1Q3UDK1 Plxdc1-202ENSMUST00000107564 619 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
Trafd1Q3UDK1 C230012O17Rik-201ENSMUST00000130085 2999 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Trafd1Q3UDK1 Stambp-206ENSMUST00000206400 2144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Trafd1Q3UDK1 Pigt-201ENSMUST00000103101 2562 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Trafd1Q3UDK1 Nr1h2-204ENSMUST00000107912 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Trafd1Q3UDK1 Cacnb1-204ENSMUST00000107561 1778 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Trafd1Q3UDK1 Aipl1-201ENSMUST00000048207 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Trafd1Q3UDK1 Adam33-201ENSMUST00000052104 2795 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Trafd1Q3UDK1 Mid1ip1-201ENSMUST00000008179 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Trafd1Q3UDK1 Stk35-202ENSMUST00000166282 5445 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Trafd1Q3UDK1 Slc29a1-202ENSMUST00000064889 1988 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Trafd1Q3UDK1 Homez-202ENSMUST00000142283 4713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Trafd1Q3UDK1 Vrk2-201ENSMUST00000078362 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 43.2 ms