Protein–RNA interactions for Protein: Q3UWA4

Trim40, Tripartite motif-containing protein 40, mousemouse

Predictions only

Length 246 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim40Q3UWA4 Mcat-201ENSMUST00000061882 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Trim40Q3UWA4 Pom121-201ENSMUST00000111171 5580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Trim40Q3UWA4 AC122428.3-201ENSMUST00000215551 2290 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
Trim40Q3UWA4 Vdac3-202ENSMUST00000179233 1423 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Trim40Q3UWA4 Emid1-201ENSMUST00000062821 1947 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Trim40Q3UWA4 Pdcd4-201ENSMUST00000025931 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Trim40Q3UWA4 Gm38287-201ENSMUST00000195193 2051 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Trim40Q3UWA4 Fkbp8-202ENSMUST00000119353 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Trim40Q3UWA4 Ctnnd2-201ENSMUST00000081728 5944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Trim40Q3UWA4 E330040D14Rik-201ENSMUST00000192299 1374 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
Trim40Q3UWA4 H1f0-201ENSMUST00000180086 2287 ntAPPRIS P1 BASIC22.24■■□□□ 1.15
Trim40Q3UWA4 Gm5601-202ENSMUST00000207161 1437 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Trim40Q3UWA4 Sap30l-201ENSMUST00000020826 1151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Trim40Q3UWA4 Slc16a8-201ENSMUST00000039752 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Trim40Q3UWA4 Cadm1-202ENSMUST00000085909 2126 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Trim40Q3UWA4 Slc16a11-201ENSMUST00000094055 1788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Trim40Q3UWA4 Ubp1-204ENSMUST00000214095 2320 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Trim40Q3UWA4 Hdac2-201ENSMUST00000019911 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Trim40Q3UWA4 2610307P16Rik-205ENSMUST00000148885 1870 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Trim40Q3UWA4 Foxk2-201ENSMUST00000106113 5029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Trim40Q3UWA4 Triobp-206ENSMUST00000130663 1660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Trim40Q3UWA4 Foxd2-201ENSMUST00000068654 2592 ntAPPRIS P1 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Trim40Q3UWA4 Kcmf1-204ENSMUST00000204598 1743 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Trim40Q3UWA4 Fam212b-202ENSMUST00000098273 1868 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Trim40Q3UWA4 Hoxd9-201ENSMUST00000059272 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Trim40Q3UWA4 Trp53rkb-202ENSMUST00000065753 1375 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Trim40Q3UWA4 St6galnac6-203ENSMUST00000095044 2394 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Trim40Q3UWA4 Cacfd1-204ENSMUST00000114006 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Trim40Q3UWA4 Il17rd-202ENSMUST00000223942 2186 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
Trim40Q3UWA4 Actr3b-202ENSMUST00000128727 2031 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Trim40Q3UWA4 Smurf1-203ENSMUST00000110677 5420 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Trim40Q3UWA4 Kcnc3-206ENSMUST00000208651 2728 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Trim40Q3UWA4 Fam204a-201ENSMUST00000065286 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Trim40Q3UWA4 Tcte2-204ENSMUST00000130033 1462 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Trim40Q3UWA4 Ctage5-218ENSMUST00000177162 2728 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
Trim40Q3UWA4 Agpat5-201ENSMUST00000033847 2841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Trim40Q3UWA4 Brwd1-203ENSMUST00000113827 2382 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Trim40Q3UWA4 Tbcel-204ENSMUST00000128959 1535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
Trim40Q3UWA4 St7-205ENSMUST00000081635 2115 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Trim40Q3UWA4 Efhd2-201ENSMUST00000036854 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
Trim40Q3UWA4 Vdac1-202ENSMUST00000102758 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
Trim40Q3UWA4 Tmed7-203ENSMUST00000151189 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
Trim40Q3UWA4 Snf8-202ENSMUST00000107700 849 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
Trim40Q3UWA4 Efna2-201ENSMUST00000003154 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Trim40Q3UWA4 Hoxb3-202ENSMUST00000093944 3190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
Trim40Q3UWA4 B3gat1-201ENSMUST00000115269 1665 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Trim40Q3UWA4 Gm11613-201ENSMUST00000134427 1971 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Trim40Q3UWA4 Tlx3-201ENSMUST00000037746 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Trim40Q3UWA4 Epop-201ENSMUST00000052281 2314 ntAPPRIS P1 BASIC22.12■■□□□ 1.13
Trim40Q3UWA4 Pradc1-202ENSMUST00000113770 610 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Trim40Q3UWA4 Ran-202ENSMUST00000111343 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Trim40Q3UWA4 Tfeb-202ENSMUST00000086932 2342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Trim40Q3UWA4 Hsd17b11-201ENSMUST00000031251 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Trim40Q3UWA4 Cgref1-201ENSMUST00000031051 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Trim40Q3UWA4 Plvap-201ENSMUST00000048452 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Trim40Q3UWA4 Exosc6-201ENSMUST00000210390 1326 ntAPPRIS P1 BASIC22.09■■□□□ 1.13
Trim40Q3UWA4 Artn-201ENSMUST00000070816 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Trim40Q3UWA4 Slc1a5-201ENSMUST00000108496 2764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Trim40Q3UWA4 Sh3d21-202ENSMUST00000097891 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Trim40Q3UWA4 Gtpbp2-201ENSMUST00000024748 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Trim40Q3UWA4 Rbm17-201ENSMUST00000040314 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Trim40Q3UWA4 Egr4-201ENSMUST00000095759 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Trim40Q3UWA4 Slc25a33-201ENSMUST00000105686 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Trim40Q3UWA4 D030046N08Rik-201ENSMUST00000162318 1570 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
Trim40Q3UWA4 Adra1d-201ENSMUST00000103184 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Trim40Q3UWA4 Stard10-202ENSMUST00000163799 1723 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Trim40Q3UWA4 Onecut3-201ENSMUST00000051773 4776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Trim40Q3UWA4 Ndufaf6-201ENSMUST00000058183 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Trim40Q3UWA4 Ybx3-201ENSMUST00000032309 1853 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Trim40Q3UWA4 Fam181b-201ENSMUST00000051179 2003 ntAPPRIS P1 BASIC22.06■■□□□ 1.12
Trim40Q3UWA4 Elf2-203ENSMUST00000108051 2514 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Trim40Q3UWA4 A530058N18Rik-201ENSMUST00000128469 646 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
Trim40Q3UWA4 Hexdc-201ENSMUST00000038831 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
Trim40Q3UWA4 Wt1-209ENSMUST00000213301 1554 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Trim40Q3UWA4 Iars2-202ENSMUST00000110974 2431 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Trim40Q3UWA4 Kansl1l-202ENSMUST00000113987 2342 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Trim40Q3UWA4 6530409C15Rik-202ENSMUST00000143551 1573 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Trim40Q3UWA4 Ccna1-202ENSMUST00000197238 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Trim40Q3UWA4 Pdgfb-201ENSMUST00000000500 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Trim40Q3UWA4 Camsap1-212ENSMUST00000183461 5090 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Trim40Q3UWA4 Crim1-201ENSMUST00000112498 5995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Trim40Q3UWA4 Gm24804-201ENSMUST00000174982 85 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
Trim40Q3UWA4 Cdc42bpg-201ENSMUST00000025681 5995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
Trim40Q3UWA4 Wwc1-201ENSMUST00000018993 4531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Trim40Q3UWA4 Cln6-201ENSMUST00000034776 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Trim40Q3UWA4 Mtch1-202ENSMUST00000118366 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Trim40Q3UWA4 Ppp1cc-202ENSMUST00000102528 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Trim40Q3UWA4 Usp12-201ENSMUST00000085614 4327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Trim40Q3UWA4 Yrdc-201ENSMUST00000102628 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Trim40Q3UWA4 Coq10a-207ENSMUST00000220227 1434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
Trim40Q3UWA4 Crem-227ENSMUST00000149803 1422 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Trim40Q3UWA4 Dusp5-201ENSMUST00000038287 2473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
Trim40Q3UWA4 Babam2-209ENSMUST00000201352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Trim40Q3UWA4 Sdccag3-202ENSMUST00000077983 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Trim40Q3UWA4 Sowahd-201ENSMUST00000060057 1574 ntAPPRIS P1 BASIC21.98■■□□□ 1.11
Trim40Q3UWA4 Mapk13-201ENSMUST00000004986 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Trim40Q3UWA4 Kat2b-201ENSMUST00000000724 4653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Trim40Q3UWA4 Kmt5a-202ENSMUST00000100709 1425 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Trim40Q3UWA4 Kif1bp-206ENSMUST00000162525 2311 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
Trim40Q3UWA4 Srp9-202ENSMUST00000111018 823 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 172 ms