Protein–RNA interactions for Protein: P39061

Col18a1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,774 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col18a1P39061 Yars2-201ENSMUST00000059955 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.83■■■■□ 3.01
Col18a1P39061 Fam3c-201ENSMUST00000081288 1487 ntTSL 1 (best) BASIC33.82■■■■□ 3
Col18a1P39061 Sike1-202ENSMUST00000119450 774 ntTSL 3 BASIC33.82■■■■□ 3
Col18a1P39061 1700020L24Rik-201ENSMUST00000037378 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.82■■■■□ 3
Col18a1P39061 E130102H24Rik-201ENSMUST00000144604 741 ntTSL 1 (best) BASIC33.81■■■■□ 3
Col18a1P39061 Gas7-203ENSMUST00000108681 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.78■■■■□ 3
Col18a1P39061 Mpped1-208ENSMUST00000163723 1064 ntTSL 5 BASIC33.78■■■■□ 3
Col18a1P39061 Guf1-201ENSMUST00000031113 1769 ntTSL 1 (best) BASIC33.78■■■■□ 3
Col18a1P39061 Fcnaos-201ENSMUST00000127642 1351 ntTSL 1 (best) BASIC33.78■■■■□ 3
Col18a1P39061 D16Ertd472e-201ENSMUST00000114218 1271 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.77■■■■□ 3
Col18a1P39061 Scarna2-201ENSMUST00000157560 414 ntBASIC33.77■■■■□ 3
Col18a1P39061 Map2k7-207ENSMUST00000110999 1578 ntTSL 1 (best) BASIC33.77■■■■□ 3
Col18a1P39061 Thap8-202ENSMUST00000108187 1184 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC33.77■■■■□ 3
Col18a1P39061 Gm4799-201ENSMUST00000095396 657 ntBASIC33.77■■■■□ 3
Col18a1P39061 Tmem192-202ENSMUST00000079896 916 ntTSL 1 (best) BASIC33.76■■■■□ 3
Col18a1P39061 Slc39a13-203ENSMUST00000111436 1291 ntTSL 1 (best) BASIC33.75■■■□□ 2.99
Col18a1P39061 Mrps15-201ENSMUST00000030675 937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.75■■■□□ 2.99
Col18a1P39061 Gm16049-201ENSMUST00000155166 616 ntTSL 3 BASIC33.75■■■□□ 2.99
Col18a1P39061 Fam69b-201ENSMUST00000074240 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.72■■■□□ 2.99
Col18a1P39061 Krtap17-1-201ENSMUST00000105049 761 ntAPPRIS P1 BASIC33.72■■■□□ 2.99
Col18a1P39061 Erf-202ENSMUST00000116343 690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.72■■■□□ 2.99
Col18a1P39061 Ddrgk1-201ENSMUST00000089559 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.72■■■□□ 2.99
Col18a1P39061 Gm11687-201ENSMUST00000118911 886 ntBASIC33.71■■■□□ 2.99
Col18a1P39061 Crct1-201ENSMUST00000029521 718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.71■■■□□ 2.99
Col18a1P39061 Pdia5-201ENSMUST00000023550 1808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.71■■■□□ 2.99
Col18a1P39061 Smad7-202ENSMUST00000168918 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.7■■■□□ 2.99
Col18a1P39061 Gm9806-201ENSMUST00000051080 552 ntBASIC33.7■■■□□ 2.99
Col18a1P39061 Gm27040-201ENSMUST00000181984 504 ntTSL 2 BASIC33.69■■■□□ 2.98
Col18a1P39061 Gm43573-201ENSMUST00000196445 570 ntTSL 5 BASIC33.69■■■□□ 2.98
Col18a1P39061 Ppp1r35-201ENSMUST00000031739 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
Col18a1P39061 Hspd1-201ENSMUST00000027123 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.68■■■□□ 2.98
Col18a1P39061 Gm15039-201ENSMUST00000118914 875 ntBASIC33.67■■■□□ 2.98
Col18a1P39061 Rp9-201ENSMUST00000034763 1134 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.67■■■□□ 2.98
Col18a1P39061 Srarp-201ENSMUST00000094544 905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.66■■■□□ 2.98
Col18a1P39061 Gm30023-201ENSMUST00000197970 889 ntBASIC33.65■■■□□ 2.98
Col18a1P39061 Stbd1-202ENSMUST00000200941 523 ntTSL 1 (best) BASIC33.65■■■□□ 2.98
Col18a1P39061 Gm2415-204ENSMUST00000190235 2004 ntBASIC33.64■■■□□ 2.98
Col18a1P39061 Gjc1-201ENSMUST00000068933 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.64■■■□□ 2.98
Col18a1P39061 Aspscr1-202ENSMUST00000103016 1689 ntTSL 5 BASIC33.63■■■□□ 2.97
Col18a1P39061 Yrdc-201ENSMUST00000102628 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.63■■■□□ 2.97
Col18a1P39061 Fam149b-202ENSMUST00000051915 1981 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.62■■■□□ 2.97
Col18a1P39061 Mfsd5-201ENSMUST00000051341 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.59■■■□□ 2.97
Col18a1P39061 Gm15918-201ENSMUST00000137259 689 ntTSL 3 BASIC33.59■■■□□ 2.97
Col18a1P39061 Gm26917-201ENSMUST00000182520 869 ntTSL 5 BASIC33.58■■■□□ 2.97
Col18a1P39061 Stard10-202ENSMUST00000163799 1723 ntTSL 1 (best) BASIC33.58■■■□□ 2.97
Col18a1P39061 4933429H19Rik-202ENSMUST00000187361 995 ntBASIC33.57■■■□□ 2.97
Col18a1P39061 Gm45713-201ENSMUST00000209467 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.57■■■□□ 2.96
Col18a1P39061 Cdkn2b-201ENSMUST00000097981 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
Col18a1P39061 Fra10ac1-201ENSMUST00000067167 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
Col18a1P39061 Gm27502-201ENSMUST00000183495 199 ntBASIC33.55■■■□□ 2.96
Col18a1P39061 Gpr25-201ENSMUST00000086395 1077 ntAPPRIS P1 BASIC33.55■■■□□ 2.96
Col18a1P39061 Mcat-201ENSMUST00000061882 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.55■■■□□ 2.96
Col18a1P39061 Pmvk-201ENSMUST00000029564 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.55■■■□□ 2.96
Col18a1P39061 Gm7332-201ENSMUST00000118351 454 ntBASIC33.54■■■□□ 2.96
Col18a1P39061 Pkd1-207ENSMUST00000228550 1050 ntBASIC33.54■■■□□ 2.96
Col18a1P39061 Tceal6-201ENSMUST00000033783 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.54■■■□□ 2.96
Col18a1P39061 Rnaset2a-201ENSMUST00000097420 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.54■■■□□ 2.96
Col18a1P39061 Tbr1-202ENSMUST00000102737 1406 ntTSL 2 BASIC33.54■■■□□ 2.96
Col18a1P39061 Ppp2r3d-202ENSMUST00000180270 450 ntTSL 1 (best) BASIC33.52■■■□□ 2.96
Col18a1P39061 Cited4-201ENSMUST00000094814 1249 ntAPPRIS P1 BASIC33.52■■■□□ 2.96
Col18a1P39061 Gm16437-201ENSMUST00000025669 507 ntBASIC33.5■■■□□ 2.95
Col18a1P39061 Ctbp1-206ENSMUST00000201575 2091 ntTSL 1 (best) BASIC33.5■■■□□ 2.95
Col18a1P39061 Tmem240-202ENSMUST00000147721 817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.49■■■□□ 2.95
Col18a1P39061 Rnaset2b-201ENSMUST00000089119 1013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.49■■■□□ 2.95
Col18a1P39061 Ssbp3-202ENSMUST00000072753 1924 ntTSL 1 (best) BASIC33.48■■■□□ 2.95
Col18a1P39061 A830092H15Rik-201ENSMUST00000099182 1229 ntBASIC33.48■■■□□ 2.95
Col18a1P39061 Gm45364-201ENSMUST00000210883 159 ntBASIC33.47■■■□□ 2.95
Col18a1P39061 Cbr3-201ENSMUST00000039620 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.47■■■□□ 2.95
Col18a1P39061 Rarres1-201ENSMUST00000054825 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.46■■■□□ 2.95
Col18a1P39061 H2-Q5-202ENSMUST00000172979 998 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.45■■■□□ 2.95
Col18a1P39061 Bloc1s2-201ENSMUST00000079033 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.45■■■□□ 2.95
Col18a1P39061 Slc16a8-201ENSMUST00000039752 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.45■■■□□ 2.94
Col18a1P39061 Ube2ql1-201ENSMUST00000065118 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.45■■■□□ 2.94
Col18a1P39061 Gm22567-201ENSMUST00000175542 342 ntBASIC33.44■■■□□ 2.94
Col18a1P39061 Sys1-201ENSMUST00000072452 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.43■■■□□ 2.94
Col18a1P39061 Pxmp2-201ENSMUST00000031472 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.42■■■□□ 2.94
Col18a1P39061 Crlf2-201ENSMUST00000044579 1323 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.41■■■□□ 2.94
Col18a1P39061 Atp5j-201ENSMUST00000023608 809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.41■■■□□ 2.94
Col18a1P39061 AC154454.1-201ENSMUST00000225253 216 ntBASIC33.4■■■□□ 2.94
Col18a1P39061 Gemin7-202ENSMUST00000117222 1023 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.39■■■□□ 2.94
Col18a1P39061 Pfn2-202ENSMUST00000119344 1879 ntTSL 1 (best) BASIC33.39■■■□□ 2.94
Col18a1P39061 Smad2-202ENSMUST00000091831 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC33.39■■■□□ 2.94
Col18a1P39061 Kdf1-202ENSMUST00000105901 1699 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.36■■■□□ 2.93
Col18a1P39061 Lactb-201ENSMUST00000034929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.35■■■□□ 2.93
Col18a1P39061 Gm9888-201ENSMUST00000150678 965 ntTSL 1 (best) BASIC33.35■■■□□ 2.93
Col18a1P39061 A930035D04Rik-201ENSMUST00000064013 543 ntBASIC33.34■■■□□ 2.93
Col18a1P39061 Hscb-201ENSMUST00000056937 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.32■■■□□ 2.92
Col18a1P39061 Siva1-201ENSMUST00000021728 924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.32■■■□□ 2.92
Col18a1P39061 Trappc6b-207ENSMUST00000218686 785 ntTSL 3 BASIC33.32■■■□□ 2.92
Col18a1P39061 Zfp703-201ENSMUST00000127097 587 ntTSL 2 BASIC33.31■■■□□ 2.92
Col18a1P39061 Emc8-208ENSMUST00000181950 747 ntTSL 2 BASIC33.3■■■□□ 2.92
Col18a1P39061 Cutc-201ENSMUST00000026199 1298 ntTSL 1 (best) BASIC33.3■■■□□ 2.92
Col18a1P39061 Gm5812-201ENSMUST00000061073 957 ntBASIC33.3■■■□□ 2.92
Col18a1P39061 Gm26588-201ENSMUST00000181064 2098 ntTSL 1 (best) BASIC33.3■■■□□ 2.92
Col18a1P39061 Tpm1-216ENSMUST00000113707 1898 ntTSL 1 (best) BASIC33.29■■■□□ 2.92
Col18a1P39061 Tmem98-201ENSMUST00000040865 1633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.29■■■□□ 2.92
Col18a1P39061 Susd4-202ENSMUST00000153348 1898 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.28■■■□□ 2.92
Col18a1P39061 Gm6658-202ENSMUST00000209493 1885 ntBASIC33.28■■■□□ 2.92
Col18a1P39061 Mir3960-201ENSMUST00000198213 73 ntBASIC33.27■■■□□ 2.92
Col18a1P39061 Cox11-201ENSMUST00000020851 1224 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.26■■■□□ 2.92
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 11 ms