Protein–RNA interactions for Protein: P11260

Lire1, LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein, mousemouse

Predictions only

Length 357 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lire1P11260 Gabpa-201ENSMUST00000009120 4987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Tmem233-201ENSMUST00000111997 2477 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Pomgnt2-207ENSMUST00000217610 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Zfp277-202ENSMUST00000069692 2438 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Adamts19-201ENSMUST00000052907 4666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Galnt13-202ENSMUST00000112634 7639 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Lire1P11260 AC069562.2-201ENSMUST00000224644 2146 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Nubp1-201ENSMUST00000023146 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Fam131b-203ENSMUST00000143278 4104 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Tor1b-201ENSMUST00000028199 3039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Lire1P11260 A930003O13Rik-203ENSMUST00000199056 1955 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Anapc5-201ENSMUST00000086216 2760 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Nudt10-201ENSMUST00000103006 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Gm16262-201ENSMUST00000162306 1751 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Tradd-201ENSMUST00000034359 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Agap1-204ENSMUST00000190096 4078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Prr14-201ENSMUST00000033095 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Pwwp2b-201ENSMUST00000093993 3057 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Agrn-206ENSMUST00000180572 6891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Pno1-201ENSMUST00000020317 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Sigmar1-202ENSMUST00000071561 1547 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Anks6-201ENSMUST00000084616 3552 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Fam126a-201ENSMUST00000030849 5659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Rab27b-202ENSMUST00000117692 2842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Pex6-201ENSMUST00000002840 3200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Gm1673-203ENSMUST00000114383 511 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Gm11713-201ENSMUST00000139941 523 ntTSL 3 BASIC16.3■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Creb1-207ENSMUST00000187811 1255 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Avp-201ENSMUST00000046001 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Tmem91-201ENSMUST00000079439 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Pigs-201ENSMUST00000048073 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Lrch3-208ENSMUST00000165616 1875 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Urgcp-206ENSMUST00000170116 5528 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Lad1-201ENSMUST00000038760 2993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Fbxo7-202ENSMUST00000117597 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Lire1P11260 E2f2-201ENSMUST00000061721 4739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Ccdc184-201ENSMUST00000031914 2329 ntAPPRIS P1 BASIC16.3■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Arid4b-204ENSMUST00000110536 5783 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Ddx39b-201ENSMUST00000068056 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Snx11-202ENSMUST00000107661 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Klhl36-201ENSMUST00000034287 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Pcdh1-203ENSMUST00000160721 5416 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Mapk8ip3-205ENSMUST00000119115 4173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Ctnna2-204ENSMUST00000160894 4162 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Pgam5-202ENSMUST00000112505 2098 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Spdef-202ENSMUST00000114870 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Lrch4-201ENSMUST00000031734 3078 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Tmem80-206ENSMUST00000133012 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Fam222a-201ENSMUST00000043650 2930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Porcn-202ENSMUST00000082320 1883 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Aipl1-201ENSMUST00000048207 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Slc35f4-204ENSMUST00000138884 1810 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Atp2a2-201ENSMUST00000031423 4486 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Znrf1-201ENSMUST00000095176 3108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Gm21596-201ENSMUST00000178049 1316 ntBASIC16.29■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Gnas-208ENSMUST00000109087 1716 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Speg-203ENSMUST00000113588 1078 ntTSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Gm45709-201ENSMUST00000213052 1075 ntTSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Fgf8-202ENSMUST00000026241 1168 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Clybl-201ENSMUST00000026625 1231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Atp5c1-201ENSMUST00000026887 1060 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Dnaja3-202ENSMUST00000115854 2505 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Slc5a10-203ENSMUST00000148584 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Smpdl3a-201ENSMUST00000020022 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Kcnk3-201ENSMUST00000066295 3811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Lire1P11260 1700065D16Rik-204ENSMUST00000189348 1540 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Ryr2-203ENSMUST00000220597 4924 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Dtnb-222ENSMUST00000174479 3689 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Nepro-201ENSMUST00000048788 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Lire1P11260 H2-Q4-201ENSMUST00000081435 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Ubac2-201ENSMUST00000039803 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Wapl-201ENSMUST00000048263 6351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Lire1P11260 D16Ertd472e-203ENSMUST00000114220 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Tcf7-202ENSMUST00000109071 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Prkab1-202ENSMUST00000111999 2026 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Arid3c-202ENSMUST00000150809 1327 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Nr1h3-204ENSMUST00000111356 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Ttc32-202ENSMUST00000219470 1645 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Plpp6-201ENSMUST00000045674 2859 ntAPPRIS P1 BASIC16.28■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Rpl36al-202ENSMUST00000110619 1276 ntAPPRIS P1 BASIC16.28■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Aprt-204ENSMUST00000212093 723 ntTSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Grp-201ENSMUST00000025395 862 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Pde5a-204ENSMUST00000200389 7603 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Kcnn1-208ENSMUST00000212611 2528 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Hpn-202ENSMUST00000108102 1830 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Il17re-208ENSMUST00000204774 2146 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Wnt10b-206ENSMUST00000228546 2709 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Gm10167-201ENSMUST00000150411 1479 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
Lire1P11260 4930518J20Rik-201ENSMUST00000195064 1478 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Vti1b-201ENSMUST00000055262 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Taf6l-205ENSMUST00000176496 2224 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Zfx-204ENSMUST00000113927 6933 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Tmem136-202ENSMUST00000213544 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Hdac2-202ENSMUST00000105510 3250 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Foxc2-201ENSMUST00000054691 2725 ntAPPRIS P1 BASIC16.27■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Rsph3a-201ENSMUST00000097423 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Sult2b1-204ENSMUST00000209739 1858 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Grid2-201ENSMUST00000095852 5860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Vopp1-201ENSMUST00000114297 2919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Atp9a-211ENSMUST00000178504 3668 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.6 ms