Protein–RNA interactions for Protein: P97436

Nkx3-1, Homeobox protein Nkx-3.1, mousemouse

Predictions only

Length 237 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Nkx3-1P97436 Gm4316-202ENSMUST00000212490 1115 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 Spata33-206ENSMUST00000212637 569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 Psma6-201ENSMUST00000021412 1042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 Gm8994-201ENSMUST00000077886 1236 ntAPPRIS P1 BASIC15.06■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 Nptxr-201ENSMUST00000023057 5004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 Nptn-212ENSMUST00000177292 1390 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 Gm17484-201ENSMUST00000167899 2322 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 Larp1b-206ENSMUST00000191872 1505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 Hmces-202ENSMUST00000113606 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 Pxdc1-202ENSMUST00000053459 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 Kat14-201ENSMUST00000028911 3801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 Sirt1-207ENSMUST00000177694 3353 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 Pgam5-202ENSMUST00000112505 2098 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 Eri1-201ENSMUST00000033927 5079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 Kctd15-201ENSMUST00000032709 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 Nbn-201ENSMUST00000029879 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Nkx3-1P97436 Dbndd2-204ENSMUST00000109350 1055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Hist1h2bj-201ENSMUST00000110452 463 ntAPPRIS P1 BASIC15.05■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Hist1h2bp-202ENSMUST00000110473 621 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Gm14859-201ENSMUST00000117752 357 ntBASIC15.05■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Gm25016-201ENSMUST00000158399 131 ntBASIC15.05■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Pih1d2-201ENSMUST00000000171 1256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Ak6-201ENSMUST00000022135 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Hist1h2bm-201ENSMUST00000224651 524 ntAPPRIS P1 BASIC15.05■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Coq7-201ENSMUST00000032887 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Nagk-203ENSMUST00000113851 1323 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Mpst-201ENSMUST00000043865 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Kctd13-201ENSMUST00000032924 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Eif4a1-213ENSMUST00000163666 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Gpr180-201ENSMUST00000022728 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 AC163637.2-201ENSMUST00000213826 1945 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Gm15558-201ENSMUST00000126849 2018 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Fam149b-216ENSMUST00000225942 2151 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.05■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Zfp800-203ENSMUST00000115321 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Sdc3-201ENSMUST00000070478 4973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Trim37-201ENSMUST00000041282 5632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Ankrd40-203ENSMUST00000107818 3487 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Clint1-201ENSMUST00000109260 3311 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Eif3b-201ENSMUST00000100507 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Spsb4-201ENSMUST00000055433 2720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Palm-202ENSMUST00000105379 2519 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Lrrfip1-201ENSMUST00000068116 2050 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Tra2a-204ENSMUST00000204189 1777 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Wisp2-201ENSMUST00000029188 1719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Hmg20b-201ENSMUST00000020454 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Mdfi-203ENSMUST00000113280 1281 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Prr3-209ENSMUST00000174849 581 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Cenps-207ENSMUST00000177408 689 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Dctn3-201ENSMUST00000030158 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Rplp2-201ENSMUST00000084434 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Mid2-202ENSMUST00000112990 6271 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Galnt9-201ENSMUST00000040001 2883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Rbm18-201ENSMUST00000028251 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Ptpre-207ENSMUST00000211140 5753 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Fbxo24-202ENSMUST00000111002 2306 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Sobp-201ENSMUST00000040275 4980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Tfeb-203ENSMUST00000113284 1974 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Spg7-209ENSMUST00000149248 2896 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Gspt1-201ENSMUST00000080030 2898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Zfp385b-204ENSMUST00000111831 2734 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Mex3b-201ENSMUST00000082237 3355 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Fam166b-201ENSMUST00000052829 1349 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Gm15545-202ENSMUST00000141011 899 ntTSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 H2afz-207ENSMUST00000174561 810 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Tppp3-202ENSMUST00000176419 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Hist1h2br-203ENSMUST00000180288 1256 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Yif1b-201ENSMUST00000032809 1111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Nkx2-6-201ENSMUST00000062437 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Hist1h2bq-202ENSMUST00000091749 1254 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Smarca4-202ENSMUST00000098948 6376 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Efcab11-201ENSMUST00000046485 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Cacnb3-201ENSMUST00000003442 2819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Icmt-201ENSMUST00000048892 4919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Sapcd2-202ENSMUST00000100323 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Dus1l-202ENSMUST00000106133 1762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Mrpl10-201ENSMUST00000001485 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Plk3-201ENSMUST00000076859 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Tspan10-201ENSMUST00000044105 1680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Hoxb2-201ENSMUST00000100523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Naif1-201ENSMUST00000048431 4650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Trim58-201ENSMUST00000075084 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Skap1-203ENSMUST00000100521 1539 ntTSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Skap1-204ENSMUST00000103154 1507 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Fam118a-201ENSMUST00000023069 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Anks1b-217ENSMUST00000182550 1868 ntTSL 5 BASIC15.02■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Nit1-202ENSMUST00000111295 1335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Strn-203ENSMUST00000145910 8629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Gm13420-201ENSMUST00000129574 1091 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.02■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Cdc34-202ENSMUST00000166603 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Pdxk-ps-203ENSMUST00000183934 680 ntTSL 3 BASIC15.02■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Gm7370-201ENSMUST00000219471 767 ntBASIC15.02■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Ttc32-203ENSMUST00000219488 768 ntTSL 3 BASIC15.02■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Il17a-201ENSMUST00000027061 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 BC048679-201ENSMUST00000073406 522 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Nkx3-1P97436 Klc3-202ENSMUST00000108457 1632 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.02□□□□□ -0.01
Nkx3-1P97436 Plac9a-201ENSMUST00000052286 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
Nkx3-1P97436 Taf9-205ENSMUST00000190594 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
Nkx3-1P97436 Cdc123-201ENSMUST00000043864 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
Nkx3-1P97436 Tmem245-202ENSMUST00000107609 2643 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.01□□□□□ -0.01
Nkx3-1P97436 March8-202ENSMUST00000101032 4611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 38.3 ms