Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

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Length 1,001 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
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Rnf40Q3U319 Pick1-206ENSMUST00000166155 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Rnf40Q3U319 Cfap36-201ENSMUST00000020754 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Rnf40Q3U319 2210016F16Rik-201ENSMUST00000022032 3051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Rnf40Q3U319 Txndc11-201ENSMUST00000038424 3095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Rnf40Q3U319 P2rx4-201ENSMUST00000031429 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
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Rnf40Q3U319 Dync1li2-201ENSMUST00000041769 4627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
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Rnf40Q3U319 1700086O06Rik-202ENSMUST00000181871 1564 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Rnf40Q3U319 Mmp17-201ENSMUST00000031390 6422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Rnf40Q3U319 Wscd2-201ENSMUST00000094452 4302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Rnf40Q3U319 Clip2-202ENSMUST00000100647 4994 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
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Rnf40Q3U319 6330562C20Rik-201ENSMUST00000098867 784 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
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Rnf40Q3U319 Syce3-201ENSMUST00000109314 448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Hoxd3os1-204ENSMUST00000156342 796 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
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Rnf40Q3U319 Unc13b-203ENSMUST00000107953 5034 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Epha10-201ENSMUST00000059343 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Adra2c-201ENSMUST00000049545 3445 ntAPPRIS P1 BASIC18.14■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Elac2-203ENSMUST00000108697 2612 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Dnah9-202ENSMUST00000108691 2671 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Sybu-202ENSMUST00000110267 3127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Cap1-202ENSMUST00000106255 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Cbl-204ENSMUST00000205968 2809 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Cdipt-201ENSMUST00000032920 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Ranbp9-201ENSMUST00000144326 3371 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Snx15-201ENSMUST00000025702 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 A230050P20Rik-201ENSMUST00000043911 1683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Camk2b-202ENSMUST00000019133 2223 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Gm14117-201ENSMUST00000122417 843 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 2810001G20Rik-202ENSMUST00000146333 959 ntTSL 3 BASIC18.13■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Ubxn1-202ENSMUST00000166407 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Spcs1-204ENSMUST00000226782 949 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 28.1 ms