Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Inppl1-202ENSMUST00000165052 4730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
Col6a1Q04857 Zkscan8-202ENSMUST00000110481 728 ntTSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Ppp1r2-202ENSMUST00000115233 958 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Gm9013-201ENSMUST00000132939 882 ntBASIC19.33■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 4930401G09Rik-201ENSMUST00000139500 637 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Gm28626-201ENSMUST00000187004 520 ntTSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Stk11-210ENSMUST00000213772 1239 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Oxct2a-201ENSMUST00000102640 1760 ntAPPRIS P1 BASIC19.33■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Map6-206ENSMUST00000208605 2275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Gm10300-201ENSMUST00000094662 2296 ntAPPRIS P1 BASIC19.33■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Fam172a-202ENSMUST00000099358 2242 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Necab3-202ENSMUST00000109716 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Sort1-203ENSMUST00000135636 6836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Ctsh-201ENSMUST00000034915 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Espn-209ENSMUST00000105655 1350 ntTSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Gas1-201ENSMUST00000065086 2961 ntAPPRIS ALT2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Lin7a-203ENSMUST00000218031 1769 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Sec61a2-202ENSMUST00000102981 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Fbxo17-201ENSMUST00000032818 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 B4galt4-205ENSMUST00000114712 2168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Dmtn-210ENSMUST00000228824 2377 ntBASIC19.32■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Rae1-201ENSMUST00000029013 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Snhg10-202ENSMUST00000222812 527 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Cltb-201ENSMUST00000049575 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Mzt1-201ENSMUST00000042662 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Kmt2b-201ENSMUST00000006470 8469 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Grk6-206ENSMUST00000224995 2971 ntBASIC19.32■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Pparg-202ENSMUST00000171644 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Lhfp-201ENSMUST00000059562 2108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Lhx8-205ENSMUST00000205251 1729 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Gm26798-201ENSMUST00000181384 2837 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Bicdl1-203ENSMUST00000118576 1874 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Ptges3-201ENSMUST00000052798 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 S1pr4-201ENSMUST00000053646 2386 ntAPPRIS P1 BASIC19.31■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Sap18-202ENSMUST00000111268 662 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Pdcd5-202ENSMUST00000120714 767 ntTSL 3 BASIC19.31■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Gm13474-201ENSMUST00000122466 815 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Gm26827-201ENSMUST00000181911 148 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 2310001K24Rik-202ENSMUST00000186760 740 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 BC048679-203ENSMUST00000207871 567 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Krt10-202ENSMUST00000211768 557 ntTSL 3 BASIC19.31■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Rgcc-201ENSMUST00000022595 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Mid1-203ENSMUST00000079443 2815 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Gm38534-201ENSMUST00000206566 1909 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Jph1-201ENSMUST00000038382 4809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Fdps-203ENSMUST00000196709 1382 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Ahcyl2-204ENSMUST00000115242 5152 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Gnptab-201ENSMUST00000020251 5390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Caskin1-201ENSMUST00000024958 6172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Arx-201ENSMUST00000046565 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 1500009L16Rik-201ENSMUST00000150459 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 AC153845.2-202ENSMUST00000213372 807 ntTSL 3 BASIC19.3■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Gm5867-201ENSMUST00000063197 592 ntBASIC19.3■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Mtmr1-202ENSMUST00000114601 4640 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Rhobtb3-201ENSMUST00000022078 4980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Pou2f2-205ENSMUST00000108417 1937 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Hmces-201ENSMUST00000032141 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Renbp-202ENSMUST00000116578 1418 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Pagr1a-203ENSMUST00000206416 558 ntTSL 3 BASIC19.29■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Taar2-201ENSMUST00000079134 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Nr1h3-204ENSMUST00000111356 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Pqlc1-207ENSMUST00000140594 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Pno1-201ENSMUST00000020317 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Prss33-201ENSMUST00000059906 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Rps6ka2-201ENSMUST00000024575 5404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Tnrc18-201ENSMUST00000151477 6487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Actl6b-205ENSMUST00000139395 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Cdkl3-206ENSMUST00000109079 2051 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Cdkl3-208ENSMUST00000109081 2063 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Mgea5-201ENSMUST00000026243 5024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Sap18-203ENSMUST00000111269 459 ntTSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Fgf8-205ENSMUST00000111927 843 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Bex3-202ENSMUST00000113112 826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Ikzf5-203ENSMUST00000128432 714 ntTSL 3 BASIC19.28■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Gm17112-201ENSMUST00000163194 432 ntTSL 3 BASIC19.28■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Mrps12-204ENSMUST00000171183 883 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Gm18958-201ENSMUST00000174258 762 ntBASIC19.28■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Gm27389-201ENSMUST00000183622 195 ntBASIC19.28■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Ttc32-203ENSMUST00000219488 768 ntTSL 3 BASIC19.28■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Etfb-201ENSMUST00000004729 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 S100a16-202ENSMUST00000098911 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Lca5l-201ENSMUST00000054855 2508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Nptn-212ENSMUST00000177292 1390 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Gabra4-205ENSMUST00000199357 2407 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Klhl36-201ENSMUST00000034287 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Gp5-201ENSMUST00000061190 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Adgra2-202ENSMUST00000178514 5129 ntTSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Src-203ENSMUST00000109529 2020 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Tmem241-205ENSMUST00000209859 1426 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Hnrnph3-203ENSMUST00000119814 682 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Gm29103-201ENSMUST00000191034 598 ntTSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Gm9694-201ENSMUST00000193347 1189 ntBASIC19.27■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Gm17808-201ENSMUST00000200859 894 ntBASIC19.27■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Tomm22-201ENSMUST00000023062 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Olfr315-201ENSMUST00000081533 998 ntAPPRIS P1 BASIC19.27■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Nrxn2-204ENSMUST00000113461 5505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Acot7-203ENSMUST00000105652 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Faxc-201ENSMUST00000029908 2627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Hes3-201ENSMUST00000094438 1829 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
Col6a1Q04857 Itgb5-201ENSMUST00000069345 3056 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 22.7 ms