Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Fem1c-201ENSMUST00000036226 5726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Uso1-204ENSMUST00000202155 3707 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Nrl-202ENSMUST00000111404 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Tssk6-201ENSMUST00000050373 1335 ntAPPRIS P1 BASIC18.54■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Pcbp1-201ENSMUST00000053015 1830 ntAPPRIS P1 BASIC18.54■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Bsg-202ENSMUST00000105381 1240 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Spr-202ENSMUST00000174286 775 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Gm42555-201ENSMUST00000199304 1039 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Sfr1-201ENSMUST00000099353 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Abr-202ENSMUST00000072740 5394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Raver2-201ENSMUST00000038463 4045 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Gab1-202ENSMUST00000210676 4985 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Stxbp5-209ENSMUST00000141722 4702 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Adgra2-201ENSMUST00000033876 5760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Asap2-204ENSMUST00000101562 5552 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Pcyt2-203ENSMUST00000106188 1486 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Vti1b-201ENSMUST00000055262 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Zfp444-202ENSMUST00000108565 849 ntTSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Gm12441-201ENSMUST00000121806 588 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Mpc1-208ENSMUST00000155364 958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Adsl-204ENSMUST00000164806 1595 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
Usp4P35123 A230065N10Rik-201ENSMUST00000172178 1028 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
Usp4P35123 B230208B08Rik-201ENSMUST00000173049 404 ntTSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Idnk-204ENSMUST00000226010 1898 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Znrf4-201ENSMUST00000052211 1236 ntAPPRIS P1 BASIC18.53■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Lgals7-201ENSMUST00000081457 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Tmtc4-209ENSMUST00000148661 2719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Mfsd13a-202ENSMUST00000128041 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Slc26a10-205ENSMUST00000222911 3067 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Gpr137b-ps-203ENSMUST00000220758 1942 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Tfdp2-206ENSMUST00000185644 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Tm7sf2-201ENSMUST00000025713 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Tmed4-201ENSMUST00000004508 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Zfand5-201ENSMUST00000025659 2834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Isyna1-201ENSMUST00000019283 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Gm3807-201ENSMUST00000193520 1168 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
Usp4P35123 2810405F15Rik-201ENSMUST00000195368 932 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Snrpd3-203ENSMUST00000220229 442 ntTSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Grrp1-201ENSMUST00000060050 1226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Cldn3-201ENSMUST00000094245 1259 ntAPPRIS P1 BASIC18.52■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Smox-209ENSMUST00000110189 1919 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Mfsd10-202ENSMUST00000114329 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Wac-207ENSMUST00000167020 5208 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Atp1b1-201ENSMUST00000027863 2580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Tdh-201ENSMUST00000022522 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Cct8-201ENSMUST00000026704 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Parg-208ENSMUST00000170840 2894 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Acbd4-201ENSMUST00000024492 2075 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Lrig1-201ENSMUST00000032105 4831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Pigl-201ENSMUST00000014389 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Xpr1-202ENSMUST00000111774 2753 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Tead3-205ENSMUST00000154873 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Fxyd6-201ENSMUST00000085939 1788 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Prodh-201ENSMUST00000003620 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Rpusd3-202ENSMUST00000113092 1269 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Hikeshi-201ENSMUST00000075010 715 ntTSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Slc30a9-201ENSMUST00000113676 5648 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Usp4P35123 2810474O19Rik-201ENSMUST00000046689 6066 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Abi1-215ENSMUST00000178908 2239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Rpf1-203ENSMUST00000199079 1978 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Cdh4-201ENSMUST00000000314 6388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Mag-201ENSMUST00000040548 2419 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Trabd-201ENSMUST00000081702 2439 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Klhl25-203ENSMUST00000205612 1343 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Cacng6-202ENSMUST00000183200 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Cdkl3-203ENSMUST00000109076 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Dlgap1-209ENSMUST00000140728 2173 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Wipf1-201ENSMUST00000094681 4728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Prr22-201ENSMUST00000168666 1350 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Pex16-201ENSMUST00000028650 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Sdsl-201ENSMUST00000031594 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Tmf1-201ENSMUST00000095664 5732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Neurog1-201ENSMUST00000058475 1686 ntAPPRIS P1 BASIC18.5■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Mxi1-201ENSMUST00000003870 5156 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Yars2-204ENSMUST00000159962 2805 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Ttc39a-201ENSMUST00000064129 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Fam109a-203ENSMUST00000198271 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Acot8-202ENSMUST00000103094 1152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Acot8-201ENSMUST00000017451 1055 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Foxk1-202ENSMUST00000198422 687 ntTSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Aspscr1-205ENSMUST00000106160 1550 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Arhgef7-205ENSMUST00000110909 4926 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Bean1-204ENSMUST00000171018 3386 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Zfp644-205ENSMUST00000112698 5689 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Ykt6-201ENSMUST00000002818 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Gm11532-201ENSMUST00000128111 5272 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Prob1-203ENSMUST00000190196 4888 ntAPPRIS P1 BASIC18.49■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Crebzf-201ENSMUST00000061767 3376 ntAPPRIS P1 BASIC18.48■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Dnajb9-201ENSMUST00000015049 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Tril-201ENSMUST00000127748 5363 ntAPPRIS P1 BASIC18.48■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Gm45412-201ENSMUST00000210217 2275 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Snx11-202ENSMUST00000107661 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Crocc-211ENSMUST00000168157 6244 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Crocc-201ENSMUST00000040222 6248 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Pex6-201ENSMUST00000002840 3200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Yipf2-204ENSMUST00000213809 1883 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Ccdc6-203ENSMUST00000147545 5511 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Tmem145-202ENSMUST00000119703 1781 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Fezf1-201ENSMUST00000031709 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Rock2-201ENSMUST00000020904 7644 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 29.7 ms