Protein–RNA interactions for Protein: Q9QXK7

Cpsf3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, mousemouse

Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Cpsf3Q9QXK7 Dbnl-203ENSMUST00000109845 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Slc25a35-202ENSMUST00000102606 1828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Samd8-201ENSMUST00000022292 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Artn-202ENSMUST00000097913 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Trim37-201ENSMUST00000041282 5632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Stx18-201ENSMUST00000031008 1471 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Adgrl1-207ENSMUST00000141158 8181 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Tpm1-208ENSMUST00000113689 904 ntTSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Gm12382-201ENSMUST00000122005 922 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Gm14321-201ENSMUST00000127441 632 ntTSL 3 BASIC19.11■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Tex30-204ENSMUST00000128190 1275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Gm6576-201ENSMUST00000169678 883 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 1700007L15Rik-201ENSMUST00000180923 737 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Gm45337-201ENSMUST00000210537 1267 ntAPPRIS P1 BASIC19.11■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Mvb12a-201ENSMUST00000034272 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Purg-201ENSMUST00000070340 1064 ntAPPRIS P1 BASIC19.11■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Wdr33-202ENSMUST00000082319 1152 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Gm11373-201ENSMUST00000129791 2819 ntTSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Med14-201ENSMUST00000076016 2561 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Fxyd6-203ENSMUST00000217381 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Cpeb3-202ENSMUST00000123727 2411 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Ppp2ca-201ENSMUST00000020608 7102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Serbp1-203ENSMUST00000203077 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Krt19-201ENSMUST00000007317 1576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Pcdhac2-201ENSMUST00000047479 5888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Chst8-203ENSMUST00000154629 2079 ntTSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Lyrm4-201ENSMUST00000053265 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Nptxr-201ENSMUST00000023057 5004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Eno1-202ENSMUST00000080926 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 3110043O21Rik-203ENSMUST00000108127 3193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Arf1-202ENSMUST00000163300 1991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Cdk19-201ENSMUST00000044672 5807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Ctla2a-201ENSMUST00000021880 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Fem1c-201ENSMUST00000036226 5726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Ergic3-202ENSMUST00000088650 1349 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Atp5c1-203ENSMUST00000114897 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 2510002D24Rik-204ENSMUST00000191388 995 ntTSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Ly6g6d-201ENSMUST00000007259 546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Syngr1-202ENSMUST00000009728 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Gm8909-202ENSMUST00000097335 1182 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Hnrnph3-201ENSMUST00000020263 2213 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Prkra-201ENSMUST00000002808 1614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Gpc6-204ENSMUST00000125435 2423 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Clk4-201ENSMUST00000093132 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Gm45141-201ENSMUST00000206502 1888 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Capg-202ENSMUST00000114071 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Mfsd4a-203ENSMUST00000112370 2565 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Car2-201ENSMUST00000029078 1788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 F8a-201ENSMUST00000105111 2505 ntAPPRIS P1 BASIC19.09■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Chd5-202ENSMUST00000030775 9486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Sdc3-201ENSMUST00000070478 4973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Hoxa1-202ENSMUST00000120363 2043 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Gm715-201ENSMUST00000117865 831 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Ccdc58-202ENSMUST00000163352 970 ntTSL 3 BASIC19.09■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Ccdc58-203ENSMUST00000164916 1096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Gm20695-202ENSMUST00000176233 1012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Gm3331-201ENSMUST00000183423 1017 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Ube2a-208ENSMUST00000202812 719 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Aire-204ENSMUST00000128241 1938 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Aire-205ENSMUST00000130972 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Aire-212ENSMUST00000145975 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Aire-201ENSMUST00000019257 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Tnfsf13-201ENSMUST00000018896 1407 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 A230050P20Rik-201ENSMUST00000043911 1683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Ythdf1-201ENSMUST00000037299 3184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Dlgap1-209ENSMUST00000140728 2173 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Scrib-201ENSMUST00000002603 5599 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
Cpsf3Q9QXK7 Cox7a2l-202ENSMUST00000167741 1147 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
Cpsf3Q9QXK7 E030044B06Rik-201ENSMUST00000181195 1266 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
Cpsf3Q9QXK7 Rnpc3-203ENSMUST00000106536 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
Cpsf3Q9QXK7 Cdk5-201ENSMUST00000030814 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
Cpsf3Q9QXK7 Wisp2-201ENSMUST00000029188 1719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
Cpsf3Q9QXK7 Nup85-201ENSMUST00000021085 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
Cpsf3Q9QXK7 Mpst-201ENSMUST00000043865 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
Cpsf3Q9QXK7 Zfp644-205ENSMUST00000112698 5689 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
Cpsf3Q9QXK7 Cerkl-205ENSMUST00000143974 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
Cpsf3Q9QXK7 Hdgfl3-201ENSMUST00000026094 2865 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
Cpsf3Q9QXK7 Usp36-201ENSMUST00000092382 5609 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
Cpsf3Q9QXK7 Marcks-201ENSMUST00000092584 4048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
Cpsf3Q9QXK7 Sdcbp-201ENSMUST00000029912 2745 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
Cpsf3Q9QXK7 Taf9-205ENSMUST00000190594 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
Cpsf3Q9QXK7 Gm10418-201ENSMUST00000100943 576 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
Cpsf3Q9QXK7 Gm5901-201ENSMUST00000106805 1140 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
Cpsf3Q9QXK7 Rint1-204ENSMUST00000117783 560 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
Cpsf3Q9QXK7 Zfp787-204ENSMUST00000207628 576 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
Cpsf3Q9QXK7 Gm29791-202ENSMUST00000207888 369 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
Cpsf3Q9QXK7 Cdk2ap2-201ENSMUST00000025779 1080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
Cpsf3Q9QXK7 Atp2c1-204ENSMUST00000112558 5642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
Cpsf3Q9QXK7 Gata5os-201ENSMUST00000069943 1678 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
Cpsf3Q9QXK7 Cdc14b-201ENSMUST00000039318 5859 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
Cpsf3Q9QXK7 Negr1-201ENSMUST00000041425 2095 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
Cpsf3Q9QXK7 Mrm1-201ENSMUST00000018549 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
Cpsf3Q9QXK7 Usp36-202ENSMUST00000106296 5655 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
Cpsf3Q9QXK7 Mink1-201ENSMUST00000072237 4994 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
Cpsf3Q9QXK7 Abcd4-210ENSMUST00000223107 2410 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
Cpsf3Q9QXK7 Cpeb2-204ENSMUST00000166713 6846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
Cpsf3Q9QXK7 Crlf3-201ENSMUST00000061283 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
Cpsf3Q9QXK7 Rassf8-203ENSMUST00000111704 5446 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
Cpsf3Q9QXK7 Ppm1j-201ENSMUST00000002298 1721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
Cpsf3Q9QXK7 Krt77-201ENSMUST00000087996 2930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 30.1 ms