Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

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Length 1,001 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Sphk1-202ENSMUST00000063446 2527 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
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Rnf40Q3U319 Capzb-202ENSMUST00000042675 1604 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Diaph2-201ENSMUST00000037854 3742 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Ncoa1-201ENSMUST00000085814 7329 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Mycl-201ENSMUST00000030407 3501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Ube2i-207ENSMUST00000172868 2755 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Gm14424-201ENSMUST00000143191 895 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Ccdc88a-201ENSMUST00000040182 9376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Gpn3-201ENSMUST00000031420 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Mfsd12-201ENSMUST00000044844 3971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Tfap4-201ENSMUST00000005862 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Mettl21a-201ENSMUST00000053469 2666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Ankle1-202ENSMUST00000120725 1641 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Sik3-204ENSMUST00000126865 6287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Pigs-201ENSMUST00000048073 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Rbm33-204ENSMUST00000114884 6256 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Arntl-201ENSMUST00000047321 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Nagpa-203ENSMUST00000147567 2230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Gm18755-201ENSMUST00000218030 1099 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Bloc1s4-201ENSMUST00000071949 1273 ntAPPRIS P1 BASIC18.4■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 D030056L22Rik-201ENSMUST00000055792 1631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Stmn4-201ENSMUST00000074523 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 B3gat2-202ENSMUST00000140583 1737 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Rce1-201ENSMUST00000025823 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Isyna1-201ENSMUST00000019283 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
Rnf40Q3U319 Mmp28-201ENSMUST00000021020 2311 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Susd1-202ENSMUST00000107544 3220 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Nfkbid-201ENSMUST00000046177 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Yjefn3-202ENSMUST00000152938 785 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Aqp5-201ENSMUST00000088200 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Snx27-201ENSMUST00000029783 6261 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Ing1-202ENSMUST00000209565 1971 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Cdc42ep3-201ENSMUST00000068958 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Mybl2-201ENSMUST00000018005 3651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Zfp367-202ENSMUST00000117241 2753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
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Rnf40Q3U319 Kif7-202ENSMUST00000178048 4524 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Casd1-201ENSMUST00000015333 3961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Wnt1-201ENSMUST00000023734 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Zic1-201ENSMUST00000034927 5606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 A930032L01Rik-201ENSMUST00000195845 957 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
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Rnf40Q3U319 Pnpt1-201ENSMUST00000020756 2707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Zscan29-203ENSMUST00000146243 2894 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
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Rnf40Q3U319 Hace1-201ENSMUST00000037044 3785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Aste1-202ENSMUST00000123807 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
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Rnf40Q3U319 Arhgef16-201ENSMUST00000030898 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Slc5a10-203ENSMUST00000148584 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Fam120c-201ENSMUST00000073364 5463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Atxn7l2-202ENSMUST00000117409 2321 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
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Rnf40Q3U319 Aaed1-202ENSMUST00000220895 2858 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Tbp-202ENSMUST00000117593 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Ppm1m-203ENSMUST00000140761 1846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
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Rnf40Q3U319 Fuz-214ENSMUST00000209132 853 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Ntsr2-202ENSMUST00000220892 846 ntTSL 3 BASIC18.36■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Arhgef25-212ENSMUST00000222006 1896 ntTSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
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Rnf40Q3U319 Krt9-201ENSMUST00000059707 2580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Rnaset2b-201ENSMUST00000089119 1013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Rap1gap-202ENSMUST00000097837 3168 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Zfp382-201ENSMUST00000098596 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Lrrc7-201ENSMUST00000106044 5918 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Sprn-201ENSMUST00000059241 3374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Abhd5-204ENSMUST00000156520 3157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Tnks-201ENSMUST00000033929 9163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Pdk3-201ENSMUST00000045748 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Tmem170-201ENSMUST00000034431 3878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Col27a1-201ENSMUST00000036300 7612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Capzb-203ENSMUST00000102507 1702 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 H2-DMa-201ENSMUST00000042121 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Gm5522-201ENSMUST00000189483 1242 ntBASIC18.35■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Xpa-202ENSMUST00000058232 1241 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Slc25a41-201ENSMUST00000058661 1225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 C1ql4-201ENSMUST00000064462 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Ech1-201ENSMUST00000066264 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Rgs9-201ENSMUST00000020920 2434 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Gm44618-201ENSMUST00000208431 2262 ntTSL 3 BASIC18.35■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Lhfp-203ENSMUST00000147139 1932 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
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