Protein–RNA interactions for Protein: P97436

Nkx3-1, Homeobox protein Nkx-3.1, mousemouse

Predictions only

Length 237 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Nkx3-1P97436 Tmed5-204ENSMUST00000118036 1045 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Nkx3-1P97436 Tpsg1-202ENSMUST00000160377 1040 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Nkx3-1P97436 Gm26829-201ENSMUST00000180581 934 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Nkx3-1P97436 Wdr74-202ENSMUST00000210512 1078 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Nkx3-1P97436 Eif3h-201ENSMUST00000022925 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Nkx3-1P97436 Banf1-201ENSMUST00000025762 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Nkx3-1P97436 Lysmd2-201ENSMUST00000034702 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Nkx3-1P97436 Ttyh3-201ENSMUST00000042661 4658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Nkx3-1P97436 Neurl1b-201ENSMUST00000053020 6195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Nkx3-1P97436 Rassf8-203ENSMUST00000111704 5446 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Nkx3-1P97436 Cacfd1-202ENSMUST00000114004 2194 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Nkx3-1P97436 Tlcd1-202ENSMUST00000098545 2897 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Nkx3-1P97436 Gm9194-201ENSMUST00000220749 1447 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
Nkx3-1P97436 Slc39a5-202ENSMUST00000167859 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Nkx3-1P97436 Egln2-202ENSMUST00000108382 1756 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Nkx3-1P97436 Slain2-202ENSMUST00000144843 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Nkx3-1P97436 Tmem11-203ENSMUST00000168218 1511 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Nkx3-1P97436 Ramp2-202ENSMUST00000122006 899 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Nkx3-1P97436 Gm20544-201ENSMUST00000174338 690 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Nkx3-1P97436 Ddah2-204ENSMUST00000174493 1254 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Nkx3-1P97436 Gm3764-202ENSMUST00000180582 440 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Nkx3-1P97436 Gm10517-202ENSMUST00000192970 758 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
Nkx3-1P97436 Atp5l-201ENSMUST00000043675 544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Nkx3-1P97436 Hist3h2ba-201ENSMUST00000078267 614 ntAPPRIS P1 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Nkx3-1P97436 Actr3-201ENSMUST00000027579 2554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Nkx3-1P97436 Cpne2-201ENSMUST00000048653 2342 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Nkx3-1P97436 E2f1-202ENSMUST00000103145 2732 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Nkx3-1P97436 Rasgrp1-201ENSMUST00000102534 5229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Nkx3-1P97436 Tekt1-201ENSMUST00000021155 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Nkx3-1P97436 Ilk-212ENSMUST00000163389 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Nkx3-1P97436 Lrfn4-201ENSMUST00000053597 3194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Nkx3-1P97436 Src-203ENSMUST00000109529 2020 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Nkx3-1P97436 Cpeb2-204ENSMUST00000166713 6846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Nkx3-1P97436 Fgf23-201ENSMUST00000000186 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Nkx3-1P97436 Leng1-201ENSMUST00000019878 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Nkx3-1P97436 Gm14968-201ENSMUST00000155528 769 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Nkx3-1P97436 Gm6659-201ENSMUST00000174752 547 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
Nkx3-1P97436 Gm42477-201ENSMUST00000202427 469 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Nkx3-1P97436 Gm18959-201ENSMUST00000208954 655 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
Nkx3-1P97436 Tatdn2-201ENSMUST00000089018 3096 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Nkx3-1P97436 Oxct2b-201ENSMUST00000102648 1735 ntAPPRIS P1 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Nkx3-1P97436 Eif4h-205ENSMUST00000202622 2726 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
Nkx3-1P97436 Artn-202ENSMUST00000097913 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
Nkx3-1P97436 Atp11a-201ENSMUST00000033818 7549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Nkx3-1P97436 Picalm-206ENSMUST00000207484 8209 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Nkx3-1P97436 Twist2-202ENSMUST00000186075 2525 ntAPPRIS P1 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Nkx3-1P97436 Srp68-201ENSMUST00000021133 2526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Nkx3-1P97436 Hmga1-205ENSMUST00000118599 529 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Nkx3-1P97436 Ptf1aos-201ENSMUST00000122978 916 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Nkx3-1P97436 Gm27463-201ENSMUST00000183569 57 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
Nkx3-1P97436 Lmbrd1-202ENSMUST00000186096 688 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Nkx3-1P97436 Rps2-ps2-201ENSMUST00000194305 881 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
Nkx3-1P97436 Mrpl28-201ENSMUST00000025014 1048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Nkx3-1P97436 Fam167b-201ENSMUST00000052835 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Nkx3-1P97436 Rprml-201ENSMUST00000057870 1010 ntAPPRIS P1 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Nkx3-1P97436 Rpl21-202ENSMUST00000075453 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Nkx3-1P97436 Pcdh7-201ENSMUST00000068110 5611 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Nkx3-1P97436 Irak1bp1-202ENSMUST00000113245 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Nkx3-1P97436 Thumpd2-201ENSMUST00000025093 1856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Nkx3-1P97436 Carm1-202ENSMUST00000115394 3320 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Nkx3-1P97436 Fam189a1-201ENSMUST00000119118 4801 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Nkx3-1P97436 Snx4-201ENSMUST00000023502 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Nkx3-1P97436 Ntng1-207ENSMUST00000131027 1485 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Nkx3-1P97436 Ntng1-209ENSMUST00000138344 1452 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Nkx3-1P97436 Gm5784-201ENSMUST00000179344 2478 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
Nkx3-1P97436 Eif6-201ENSMUST00000029142 1500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Nkx3-1P97436 Nus1-201ENSMUST00000023830 4605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Nkx3-1P97436 AW047730-202ENSMUST00000181406 2579 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Nkx3-1P97436 Chd3os-201ENSMUST00000129321 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Nkx3-1P97436 2900052L18Rik-201ENSMUST00000139014 1588 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Nkx3-1P97436 Prob1-203ENSMUST00000190196 4888 ntAPPRIS P1 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Nkx3-1P97436 Espn-203ENSMUST00000070018 1618 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Nkx3-1P97436 Fbxo7-203ENSMUST00000120344 1655 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Nkx3-1P97436 Golga5-202ENSMUST00000179218 2827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Nkx3-1P97436 Bnc2-214ENSMUST00000176612 3963 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Nkx3-1P97436 Ddit4-201ENSMUST00000020308 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Nkx3-1P97436 Bola2-203ENSMUST00000130498 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Nkx3-1P97436 Pdcd2-201ENSMUST00000054450 1120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Nkx3-1P97436 Kcnk3-201ENSMUST00000066295 3811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Nkx3-1P97436 0610009B22Rik-201ENSMUST00000007921 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Nkx3-1P97436 Pcnx-204ENSMUST00000221721 8318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Nkx3-1P97436 Dcun1d1-201ENSMUST00000108182 4980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Nkx3-1P97436 AC108858.1-201ENSMUST00000228461 1498 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
Nkx3-1P97436 Tifa-201ENSMUST00000054483 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Nkx3-1P97436 Actl6b-205ENSMUST00000139395 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Nkx3-1P97436 Ankle1-202ENSMUST00000120725 1641 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Nkx3-1P97436 Clk3-201ENSMUST00000065330 2496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Nkx3-1P97436 Pcdhac2-201ENSMUST00000047479 5888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Nkx3-1P97436 Lpcat2-205ENSMUST00000210099 2179 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Nkx3-1P97436 Acot2-201ENSMUST00000021649 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Nkx3-1P97436 Fam71b-201ENSMUST00000063166 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Nkx3-1P97436 Hnrnpul2-201ENSMUST00000096753 5726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Nkx3-1P97436 Shkbp1-201ENSMUST00000003857 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Nkx3-1P97436 Foxf1-201ENSMUST00000181504 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Nkx3-1P97436 Syt8-202ENSMUST00000105976 1289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Nkx3-1P97436 Bpnt1-202ENSMUST00000110965 1046 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Nkx3-1P97436 Echdc2-204ENSMUST00000116309 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Nkx3-1P97436 Tsfm-202ENSMUST00000120547 1271 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Nkx3-1P97436 Syt8-205ENSMUST00000122393 1291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Nkx3-1P97436 1810012K08Rik-201ENSMUST00000155199 574 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 43 ms