Protein–RNA interactions for Protein: Q9D6Y1

Ccdc3, Coiled-coil domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem192-201ENSMUST00000026595 1122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Uchl1-201ENSMUST00000031131 1177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Usp36-201ENSMUST00000092382 5609 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Hnrnpul2-201ENSMUST00000096753 5726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Atp2c1-204ENSMUST00000112558 5642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Dhx36-201ENSMUST00000029336 5620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Cpeb2-204ENSMUST00000166713 6846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Tymp-201ENSMUST00000023285 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 0610040J01Rik-201ENSMUST00000081747 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Mpp3-203ENSMUST00000107167 2066 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 1700003E16Rik-202ENSMUST00000203203 2070 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Blcap-201ENSMUST00000088494 2108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Mbd6-202ENSMUST00000119078 4287 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Eif4a1-213ENSMUST00000163666 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Cpeb3-202ENSMUST00000123727 2411 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Anapc5-203ENSMUST00000196640 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Clta-203ENSMUST00000107847 1121 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 4931413I07Rik-201ENSMUST00000173637 764 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Xpa-201ENSMUST00000030013 955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Mtag2-201ENSMUST00000058665 714 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Gse1-202ENSMUST00000118136 4492 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Hbs1l-202ENSMUST00000061324 1998 ntTSL 3 BASIC17.36■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 March11-203ENSMUST00000152841 1365 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Icmt-201ENSMUST00000048892 4919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Dolk-201ENSMUST00000100219 2104 ntAPPRIS P1 BASIC17.36■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Tob1-201ENSMUST00000041589 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Slc16a10-202ENSMUST00000213488 2325 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Chmp6-201ENSMUST00000026434 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Akp3-201ENSMUST00000044878 1680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Foxj1-201ENSMUST00000036215 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Ccdc3-201ENSMUST00000027988 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Pou2f2-206ENSMUST00000108418 1934 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Abhd13-201ENSMUST00000048216 5074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Gm42922-201ENSMUST00000195887 2078 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 P2ry2-204ENSMUST00000207916 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Rint1-204ENSMUST00000117783 560 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Gm42882-201ENSMUST00000201788 506 ntTSL 3 BASIC17.35■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Gm35240-201ENSMUST00000218335 661 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Gm26709-202ENSMUST00000223049 819 ntTSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 AC175538.1-201ENSMUST00000225343 1269 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Nudt8-202ENSMUST00000025802 787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Rassf8-203ENSMUST00000111704 5446 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Gm6209-202ENSMUST00000194629 1506 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Hpn-202ENSMUST00000108102 1830 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Fgf23-201ENSMUST00000000186 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Rrs1-201ENSMUST00000072079 2048 ntAPPRIS P1 BASIC17.35■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Clint1-202ENSMUST00000109261 3365 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Sirt1-202ENSMUST00000105442 3740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem127-201ENSMUST00000035871 4811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp282-201ENSMUST00000061890 5573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Atp5g1-203ENSMUST00000107686 691 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.34■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Ccl27a-219ENSMUST00000173865 657 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Gm42884-202ENSMUST00000202523 423 ntTSL 3 BASIC17.34■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Tpra1-223ENSMUST00000204765 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Grhpr-201ENSMUST00000045078 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Ergic3-201ENSMUST00000006035 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Myoz1-201ENSMUST00000090469 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Ppp1cb-201ENSMUST00000015100 5962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Cxxc1-201ENSMUST00000025444 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Dmtn-210ENSMUST00000228824 2377 ntBASIC17.33■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Lpcat2-205ENSMUST00000210099 2179 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Galnt1-206ENSMUST00000170243 4108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Gfra3-201ENSMUST00000025224 1992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Pcdhac2-201ENSMUST00000047479 5888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Maff-201ENSMUST00000096350 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Bhlhe22-201ENSMUST00000026120 3344 ntAPPRIS P1 BASIC17.33■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 2700046G09Rik-201ENSMUST00000181612 1641 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Pdgfa-201ENSMUST00000046901 1543 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
Ccdc3Q9D6Y1 Agpat3-202ENSMUST00000105387 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Smim22-201ENSMUST00000178155 429 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Gm26643-201ENSMUST00000180854 1274 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Gm19391-201ENSMUST00000196653 999 ntTSL 3 BASIC17.33■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Lat-201ENSMUST00000032997 1235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Pstk-201ENSMUST00000075610 1135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Prmt3-201ENSMUST00000032715 2507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Usp21-201ENSMUST00000065941 2219 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Cdca4-202ENSMUST00000220899 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Fzd5-202ENSMUST00000116133 2895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Gm16054-201ENSMUST00000139469 1819 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Aamp-201ENSMUST00000006462 1817 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Chtop-203ENSMUST00000076639 1842 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Pxdc1-202ENSMUST00000053459 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Crtap-201ENSMUST00000084881 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Tial1-201ENSMUST00000033135 1580 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Dscc1-202ENSMUST00000110231 1499 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Gm9194-201ENSMUST00000220749 1447 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Npdc1-201ENSMUST00000055921 1412 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 A330009N23Rik-201ENSMUST00000180639 1392 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Dusp12-201ENSMUST00000027970 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Nanp-201ENSMUST00000066640 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Gm6433-201ENSMUST00000118634 875 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Phox2b-202ENSMUST00000174251 1177 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Gm37939-201ENSMUST00000192309 447 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Gm43799-201ENSMUST00000201845 579 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Tomm20-202ENSMUST00000212771 458 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Coro7-202ENSMUST00000090480 1147 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Fgfr2-211ENSMUST00000120187 4311 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Pex11b-202ENSMUST00000118557 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Foxf1-201ENSMUST00000181504 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Pgrmc2-201ENSMUST00000058578 3007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.5 ms