Protein–RNA interactions for Protein: Q5NCC9

Trim58, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM58, mousemouse

Predictions only

Length 485 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim58Q5NCC9 Farsa-201ENSMUST00000003906 1826 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Pacsin1-204ENSMUST00000114873 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Thumpd3-201ENSMUST00000032398 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Dlg3-204ENSMUST00000113736 4940 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Aebp2-202ENSMUST00000087614 3727 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Fam98a-201ENSMUST00000112507 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Apbb1-219ENSMUST00000191601 2690 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Chd5-205ENSMUST00000164662 9375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 C430049E01Rik-201ENSMUST00000207913 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Lzic-201ENSMUST00000030842 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Lyl1-201ENSMUST00000037165 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Gm45472-201ENSMUST00000211295 1426 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Snca-201ENSMUST00000114268 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Gm30085-201ENSMUST00000209694 594 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Fcrlb-201ENSMUST00000094337 1284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Nkiras2-201ENSMUST00000017981 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Hsf5-201ENSMUST00000093956 4158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Atp9a-203ENSMUST00000109176 3691 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Atp5d-203ENSMUST00000105367 1410 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Hikeshi-206ENSMUST00000153470 2224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 1700003N22Rik-201ENSMUST00000194834 808 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Rtl8b-201ENSMUST00000088778 1232 ntAPPRIS P1 BASIC22.68■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Slc7a10-201ENSMUST00000001854 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Slc30a5-205ENSMUST00000225922 2722 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Dpy19l1-203ENSMUST00000142064 3489 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Tmem196-201ENSMUST00000058644 1678 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Best2-203ENSMUST00000209421 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Yipf2-201ENSMUST00000034700 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Hirip3-201ENSMUST00000037248 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 5730522E02Rik-201ENSMUST00000109511 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Smim27-201ENSMUST00000129758 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Gm16141-201ENSMUST00000152073 790 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 2900042K21Rik-201ENSMUST00000194444 653 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 AC122769.4-201ENSMUST00000228166 901 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Cldn3-201ENSMUST00000094245 1259 ntAPPRIS P1 BASIC22.67■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Zdhhc6-201ENSMUST00000076891 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Hapln2-201ENSMUST00000005014 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Lrch3-201ENSMUST00000023491 5536 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Mff-208ENSMUST00000160786 1645 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Lmbr1-207ENSMUST00000200564 1598 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Vstm2b-203ENSMUST00000205845 1455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Fkbp5-201ENSMUST00000079413 3542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Smc6-201ENSMUST00000020931 5603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Anks6-202ENSMUST00000107747 3980 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Tesk1-201ENSMUST00000060864 3947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Ankle2-202ENSMUST00000086674 5025 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Nfil3-201ENSMUST00000071065 2026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Ikzf5-203ENSMUST00000128432 714 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Zfand3-202ENSMUST00000226208 923 ntAPPRIS P1 BASIC22.66■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Arl10-201ENSMUST00000026988 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Hspbp1-201ENSMUST00000079970 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Gm42900-201ENSMUST00000197184 2167 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Scaf11-201ENSMUST00000047835 5766 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Rhod-202ENSMUST00000117462 1495 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Arhgap42-203ENSMUST00000183182 1458 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Flg-201ENSMUST00000050758 1488 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Tfap2a-208ENSMUST00000224999 2058 ntAPPRIS ALT1 BASIC22.66■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Taf6l-211ENSMUST00000177056 2006 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Tomm6-202ENSMUST00000113302 749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Efcab11-201ENSMUST00000046485 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Zfpm1-201ENSMUST00000054052 3390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Bend3-202ENSMUST00000167488 6337 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Tsc22d1-214ENSMUST00000177207 1476 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Ing1-207ENSMUST00000211007 2241 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Mrpl9-202ENSMUST00000196143 1657 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Kmt5c-201ENSMUST00000098853 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Agbl5-215ENSMUST00000202060 3121 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Zfp119b-201ENSMUST00000056147 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Gm26884-201ENSMUST00000181207 3074 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Mbd6-202ENSMUST00000119078 4287 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 4930503L19Rik-201ENSMUST00000067556 2291 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Tor3a-207ENSMUST00000188964 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
Trim58Q5NCC9 Camk2b-202ENSMUST00000019133 2223 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
Trim58Q5NCC9 Zdhhc12-202ENSMUST00000102865 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
Trim58Q5NCC9 Arl2bp-202ENSMUST00000109527 1133 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
Trim58Q5NCC9 Dmrta2os-202ENSMUST00000141893 691 ntTSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
Trim58Q5NCC9 AC164629.5-201ENSMUST00000220387 632 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
Trim58Q5NCC9 Smn1-202ENSMUST00000091321 223 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
Trim58Q5NCC9 Ddx39b-201ENSMUST00000068056 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
Trim58Q5NCC9 Gm43859-201ENSMUST00000200075 1412 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
Trim58Q5NCC9 Fam131a-202ENSMUST00000118919 2262 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
Trim58Q5NCC9 Ocel1-202ENSMUST00000110051 2179 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Trim58Q5NCC9 1810010K12Rik-201ENSMUST00000070378 1324 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
Trim58Q5NCC9 Tcf7l1-202ENSMUST00000114053 1888 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Trim58Q5NCC9 AI314180-201ENSMUST00000055822 1478 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Trim58Q5NCC9 Rpl27-202ENSMUST00000107249 732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
Trim58Q5NCC9 Gm16475-201ENSMUST00000207306 512 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
Trim58Q5NCC9 AC175538.2-202ENSMUST00000224997 1057 ntAPPRIS P1 BASIC22.63■■□□□ 1.21
Trim58Q5NCC9 Gnb5-201ENSMUST00000076889 1188 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Trim58Q5NCC9 Ppp1r13b-201ENSMUST00000054815 4389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Trim58Q5NCC9 Nespas-203ENSMUST00000151472 2248 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Trim58Q5NCC9 Gm29514-202ENSMUST00000186665 2214 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Trim58Q5NCC9 Nup85-201ENSMUST00000021085 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Trim58Q5NCC9 Camsap3-212ENSMUST00000208240 2572 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Trim58Q5NCC9 Gm16712-201ENSMUST00000181962 1960 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
Trim58Q5NCC9 Sqstm1-201ENSMUST00000015981 2673 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Trim58Q5NCC9 Nsfl1c-203ENSMUST00000103160 1369 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
Trim58Q5NCC9 Lrp5-202ENSMUST00000176867 2759 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Trim58Q5NCC9 Dlgap2-203ENSMUST00000133298 4503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Trim58Q5NCC9 Pdx1-201ENSMUST00000085591 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 27.9 ms