Protein–RNA interactions for Protein: P97436

Nkx3-1, Homeobox protein Nkx-3.1, mousemouse

Predictions only

Length 237 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Nkx3-1P97436 Cdkl3-208ENSMUST00000109081 2063 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Rab5a-201ENSMUST00000017975 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Rae1-201ENSMUST00000029013 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Ppm1a-201ENSMUST00000021514 7668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Opa3-202ENSMUST00000161711 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Gpr137b-ps-203ENSMUST00000220758 1942 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Ascl1-201ENSMUST00000020243 2481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Sco1-202ENSMUST00000108690 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Mtcp1-201ENSMUST00000033542 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Zdhhc12-202ENSMUST00000102865 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 2210408F21Rik-208ENSMUST00000144612 450 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Gm11973-203ENSMUST00000155498 867 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Rfesd-202ENSMUST00000167271 595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 E030044B06Rik-201ENSMUST00000181195 1266 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 4732471J01Rik-202ENSMUST00000205787 991 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Vkorc1-203ENSMUST00000206053 606 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Dcxr-201ENSMUST00000026144 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Tm2d1-201ENSMUST00000030292 952 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Gm44544-201ENSMUST00000207052 1844 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Gabarapl1-201ENSMUST00000032264 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Pno1-201ENSMUST00000020317 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Cacna1a-202ENSMUST00000122053 7589 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Scaf11-201ENSMUST00000047835 5766 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Cd83-201ENSMUST00000015540 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Chtf8-201ENSMUST00000169312 2730 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Gm8668-201ENSMUST00000120559 1447 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Azi2-205ENSMUST00000133580 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Nlgn2-202ENSMUST00000108634 5568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Spry1-202ENSMUST00000108107 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Foxp1-220ENSMUST00000176565 3727 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Actl6a-201ENSMUST00000029214 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Ube2cbp-201ENSMUST00000034986 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Smarcc1-207ENSMUST00000199896 5773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Arrdc4-202ENSMUST00000118110 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Ankrd39-202ENSMUST00000194894 664 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 AC166341.7-201ENSMUST00000221698 126 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Otx2os1-204ENSMUST00000227221 751 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Zfpl1-201ENSMUST00000025707 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Ppm1j-201ENSMUST00000002298 1721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 6030445D17Rik-201ENSMUST00000084593 1728 ntAPPRIS P1 BASIC15.5■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Obsl1-202ENSMUST00000113567 5679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Rbbp7-202ENSMUST00000112326 1430 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Slc25a10-201ENSMUST00000026899 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Hcn2-201ENSMUST00000020581 3089 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 4930560O18Rik-201ENSMUST00000207051 1595 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Fam3c-205ENSMUST00000165576 2826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Xkr4-201ENSMUST00000070533 3634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Plekhm2-201ENSMUST00000030751 4154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Tfdp2-209ENSMUST00000188750 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Hapln2-201ENSMUST00000005014 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Bmp8a-202ENSMUST00000102641 1917 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Tub-201ENSMUST00000033341 5997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Nfatc2-201ENSMUST00000029057 2310 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Epo-203ENSMUST00000111039 706 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Gm13559-201ENSMUST00000120476 863 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Slc2a8-204ENSMUST00000153484 1168 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Khdc3-204ENSMUST00000173734 1228 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Fuz-209ENSMUST00000208179 1164 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Gzmd-201ENSMUST00000082093 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Prkg2-201ENSMUST00000031277 2618 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Celf6-203ENSMUST00000118549 2973 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Tlcd1-204ENSMUST00000127587 1412 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Dpf1-203ENSMUST00000108230 1553 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Def6-201ENSMUST00000002327 2277 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Uck1-201ENSMUST00000002625 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Cbx1-201ENSMUST00000018810 1824 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Ptgfrn-201ENSMUST00000102694 5902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Zbtb7a-201ENSMUST00000048128 5938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Rpl18-ps2-201ENSMUST00000118863 567 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Gm11539-201ENSMUST00000119837 557 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Gm13436-201ENSMUST00000120418 567 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Ikzf5-203ENSMUST00000128432 714 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Impa1-204ENSMUST00000191670 1100 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Gm3375-201ENSMUST00000203929 796 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Fxyd1-208ENSMUST00000205807 539 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Ppic-201ENSMUST00000025419 1286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Trim67-201ENSMUST00000041106 5694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Snapc3-201ENSMUST00000030206 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Bmp2k-202ENSMUST00000112974 3244 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Aen-202ENSMUST00000107423 2230 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 P2rx2-201ENSMUST00000058016 1895 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Hist1h2bh-201ENSMUST00000224359 1679 ntAPPRIS P1 BASIC15.48■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Chmp7-201ENSMUST00000036381 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Zfp382-201ENSMUST00000098596 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Cdkl3-203ENSMUST00000109076 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Lrp8-204ENSMUST00000106733 3332 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Kcnip2-209ENSMUST00000162528 2395 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Hnrnpl-211ENSMUST00000174548 2679 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Smim1-205ENSMUST00000131325 842 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Gas5-203ENSMUST00000159119 665 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Zfp428-203ENSMUST00000177205 1159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Uqcr11-201ENSMUST00000020372 445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Hsbp1-202ENSMUST00000212468 638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Fkbp3-201ENSMUST00000021332 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Trim14-201ENSMUST00000046897 1429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Ccser1-203ENSMUST00000126214 5657 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Dbr1-201ENSMUST00000066650 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Pick1-201ENSMUST00000018295 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Gm4737-201ENSMUST00000059524 2093 ntAPPRIS P1 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Nkx3-1P97436 Rtcb-201ENSMUST00000001834 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 22.1 ms