Protein–RNA interactions for Protein: Q9R1R2

Trim3, Tripartite motif-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim3Q9R1R2 Letm1-201ENSMUST00000005431 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
Trim3Q9R1R2 Shroom3-211ENSMUST00000225438 5742 ntBASIC16.92■□□□□ 0.3
Trim3Q9R1R2 Arrb2-205ENSMUST00000108568 1777 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
Trim3Q9R1R2 Ppp2r1b-206ENSMUST00000175645 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
Trim3Q9R1R2 Sox30-201ENSMUST00000049038 2997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
Trim3Q9R1R2 Timm29-201ENSMUST00000062125 3170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
Trim3Q9R1R2 Ripor2-202ENSMUST00000058009 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
Trim3Q9R1R2 Pex16-201ENSMUST00000028650 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
Trim3Q9R1R2 B3gnt2-202ENSMUST00000062844 3057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
Trim3Q9R1R2 A430057M04Rik-202ENSMUST00000170150 2176 ntTSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
Trim3Q9R1R2 Actl6b-205ENSMUST00000139395 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
Trim3Q9R1R2 Gm21949-201ENSMUST00000182006 2369 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
Trim3Q9R1R2 Rpl26-202ENSMUST00000101014 657 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
Trim3Q9R1R2 Ube2b-202ENSMUST00000109086 585 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
Trim3Q9R1R2 Cckbr-201ENSMUST00000033189 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
Trim3Q9R1R2 Tbc1d9-202ENSMUST00000093393 5334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
Trim3Q9R1R2 Smarca4-202ENSMUST00000098948 6376 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
Trim3Q9R1R2 Serbp1-211ENSMUST00000204293 1336 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
Trim3Q9R1R2 Ctbp2-201ENSMUST00000033269 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
Trim3Q9R1R2 Paqr4-201ENSMUST00000024702 2507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
Trim3Q9R1R2 Eomes-202ENSMUST00000111763 2869 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
Trim3Q9R1R2 Gm26634-201ENSMUST00000181146 1511 ntTSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
Trim3Q9R1R2 Gapvd1-203ENSMUST00000113099 5758 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
Trim3Q9R1R2 Thumpd2-201ENSMUST00000025093 1856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
Trim3Q9R1R2 Itgb5-201ENSMUST00000069345 3056 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
Trim3Q9R1R2 Caml-201ENSMUST00000021963 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
Trim3Q9R1R2 Ctdsp2-202ENSMUST00000105256 4817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
Trim3Q9R1R2 Eif4g3-201ENSMUST00000058133 2663 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
Trim3Q9R1R2 Cdca4-202ENSMUST00000220899 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
Trim3Q9R1R2 Ppp1r3f-201ENSMUST00000115742 3066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
Trim3Q9R1R2 3110082J24Rik-201ENSMUST00000127749 327 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
Trim3Q9R1R2 AC167978.1-201ENSMUST00000182488 456 ntTSL 3 BASIC16.9■□□□□ 0.3
Trim3Q9R1R2 Gm3807-201ENSMUST00000193520 1168 ntBASIC16.9■□□□□ 0.3
Trim3Q9R1R2 Ubxn1-201ENSMUST00000096255 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
Trim3Q9R1R2 Ndufa10-201ENSMUST00000027478 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
Trim3Q9R1R2 Hipk2-206ENSMUST00000161779 7684 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
Trim3Q9R1R2 Tssk6-201ENSMUST00000050373 1335 ntAPPRIS P1 BASIC16.9■□□□□ 0.3
Trim3Q9R1R2 Aifm2-204ENSMUST00000105455 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
Trim3Q9R1R2 Ier2-201ENSMUST00000060427 1522 ntAPPRIS P1 BASIC16.9■□□□□ 0.3
Trim3Q9R1R2 Snrnp70-201ENSMUST00000074575 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
Trim3Q9R1R2 Sulf2-201ENSMUST00000088086 3927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
Trim3Q9R1R2 Gsto2-201ENSMUST00000056159 1351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.3
Trim3Q9R1R2 Dpf1-203ENSMUST00000108230 1553 ntTSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.3
Trim3Q9R1R2 Prmt6-201ENSMUST00000106567 2450 ntAPPRIS P1 BASIC16.89■□□□□ 0.29
Trim3Q9R1R2 Foxp1-230ENSMUST00000177437 2468 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
Trim3Q9R1R2 Krcc1-203ENSMUST00000204436 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
Trim3Q9R1R2 Usp48-201ENSMUST00000055131 5722 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
Trim3Q9R1R2 Nat9-201ENSMUST00000103038 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
Trim3Q9R1R2 Immp2l-203ENSMUST00000134965 977 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.29
Trim3Q9R1R2 Tspan2os-201ENSMUST00000146624 590 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
Trim3Q9R1R2 Dlgap2-209ENSMUST00000152652 3842 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
Trim3Q9R1R2 Josd2-218ENSMUST00000206887 693 ntTSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.29
Trim3Q9R1R2 Gm10153-202ENSMUST00000210290 963 ntAPPRIS P1 BASIC16.89■□□□□ 0.29
Trim3Q9R1R2 Gm45890-201ENSMUST00000212043 1026 ntTSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.29
Trim3Q9R1R2 Aldoa-ps3-201ENSMUST00000217558 306 ntBASIC16.89■□□□□ 0.29
Trim3Q9R1R2 Ttc32-201ENSMUST00000085741 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
Trim3Q9R1R2 BC107364-201ENSMUST00000093126 1159 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
Trim3Q9R1R2 BC107364-202ENSMUST00000098841 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
Trim3Q9R1R2 Dpy19l1-203ENSMUST00000142064 3489 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.29
Trim3Q9R1R2 Rbm24-201ENSMUST00000037923 3086 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
Trim3Q9R1R2 Ero1l-201ENSMUST00000022378 4418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
Trim3Q9R1R2 0610040J01Rik-201ENSMUST00000081747 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
Trim3Q9R1R2 Foxj3-209ENSMUST00000162267 1391 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
Trim3Q9R1R2 Mgme1-203ENSMUST00000110028 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
Trim3Q9R1R2 Fst-201ENSMUST00000022287 2556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
Trim3Q9R1R2 Lifr-202ENSMUST00000164529 2844 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
Trim3Q9R1R2 Zdhhc1-201ENSMUST00000044286 1737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
Trim3Q9R1R2 Tmem198-201ENSMUST00000050899 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
Trim3Q9R1R2 Gm4968-201ENSMUST00000071458 858 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
Trim3Q9R1R2 Gng5-201ENSMUST00000090031 593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
Trim3Q9R1R2 Ankrd9-202ENSMUST00000128353 2577 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
Trim3Q9R1R2 Htr6-202ENSMUST00000105802 2341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
Trim3Q9R1R2 Avl9-201ENSMUST00000031805 6670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
Trim3Q9R1R2 Alyref-201ENSMUST00000026125 3527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
Trim3Q9R1R2 2310022A10Rik-201ENSMUST00000067386 2701 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
Trim3Q9R1R2 Lhx6-205ENSMUST00000112967 3378 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
Trim3Q9R1R2 Slc5a10-201ENSMUST00000051552 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
Trim3Q9R1R2 Dlgap2-203ENSMUST00000133298 4503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
Trim3Q9R1R2 Adpgk-205ENSMUST00000217570 2484 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
Trim3Q9R1R2 Ssfa2-203ENSMUST00000111788 4976 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
Trim3Q9R1R2 Aunip-201ENSMUST00000105866 1275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
Trim3Q9R1R2 1810059H22Rik-205ENSMUST00000204570 690 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
Trim3Q9R1R2 A930018P22Rik-201ENSMUST00000040374 822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
Trim3Q9R1R2 Dlg1-205ENSMUST00000115201 3248 ntTSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
Trim3Q9R1R2 Krt77-201ENSMUST00000087996 2930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
Trim3Q9R1R2 Man1c1-201ENSMUST00000038628 4285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
Trim3Q9R1R2 Chtop-207ENSMUST00000107346 1321 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
Trim3Q9R1R2 Slc47a2-201ENSMUST00000093029 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
Trim3Q9R1R2 Usp6nl-202ENSMUST00000114937 7484 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
Trim3Q9R1R2 Myrip-201ENSMUST00000048121 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
Trim3Q9R1R2 Rnf44-204ENSMUST00000125871 4292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
Trim3Q9R1R2 Chtop-203ENSMUST00000076639 1842 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
Trim3Q9R1R2 Prdm8-202ENSMUST00000210477 3316 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
Trim3Q9R1R2 Col27a1-201ENSMUST00000036300 7612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
Trim3Q9R1R2 Whrn-205ENSMUST00000095038 2665 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
Trim3Q9R1R2 Pard3-209ENSMUST00000160272 5815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
Trim3Q9R1R2 Eri1-201ENSMUST00000033927 5079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
Trim3Q9R1R2 Polr2c-201ENSMUST00000109521 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
Trim3Q9R1R2 Il15ra-201ENSMUST00000078834 1600 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
Trim3Q9R1R2 Esco1-202ENSMUST00000097670 2088 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 13.5 ms