Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 Fbxo47-201ENSMUST00000093939 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
Traf1P39428 Paics-201ENSMUST00000031160 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
Traf1P39428 Pgs1-203ENSMUST00000132676 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
Traf1P39428 Gm9194-201ENSMUST00000220749 1447 ntBASIC20.78■□□□□ 0.92
Traf1P39428 Cct4-201ENSMUST00000020562 1634 ntTSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
Traf1P39428 Tpra1-223ENSMUST00000204765 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
Traf1P39428 Cbx1-201ENSMUST00000018810 1824 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
Traf1P39428 Olig2-201ENSMUST00000035608 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
Traf1P39428 Xrcc6-202ENSMUST00000100399 3296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
Traf1P39428 Glra1-203ENSMUST00000108853 1797 ntTSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
Traf1P39428 Cox7a2l-202ENSMUST00000167741 1147 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
Traf1P39428 Fgf8-202ENSMUST00000026241 1168 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
Traf1P39428 Panx1-202ENSMUST00000164273 5732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
Traf1P39428 Soat2-201ENSMUST00000023806 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
Traf1P39428 Espn-206ENSMUST00000103196 1323 ntTSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
Traf1P39428 Arid1b-201ENSMUST00000092723 7150 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
Traf1P39428 Aldh7a1-206ENSMUST00000172734 1880 ntTSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
Traf1P39428 Phb-204ENSMUST00000125172 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
Traf1P39428 Tmod1-201ENSMUST00000107773 3158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
Traf1P39428 Osbpl1a-203ENSMUST00000118313 2893 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
Traf1P39428 Bmpr1b-203ENSMUST00000106230 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
Traf1P39428 Cenpa-205ENSMUST00000144742 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
Traf1P39428 Pqlc1-201ENSMUST00000070135 1911 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
Traf1P39428 Crabp1-201ENSMUST00000034830 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
Traf1P39428 Nck2-201ENSMUST00000086421 2772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
Traf1P39428 Mast4-205ENSMUST00000166726 5968 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
Traf1P39428 Upf1-201ENSMUST00000075666 4618 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Zfp746-203ENSMUST00000203609 3648 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Tmem121b-201ENSMUST00000178687 4869 ntAPPRIS P1 BASIC20.76■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Tfdp2-209ENSMUST00000188750 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Fbxo24-202ENSMUST00000111002 2306 ntTSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
Traf1P39428 AC124581.1-201ENSMUST00000225416 1399 ntBASIC20.76■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Gm35558-201ENSMUST00000222675 2219 ntBASIC20.76■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Mir7071-201ENSMUST00000184847 69 ntBASIC20.76■□□□□ 0.91
Traf1P39428 2510002D24Rik-201ENSMUST00000055413 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Sh2b2-204ENSMUST00000196447 1783 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Lrig1-202ENSMUST00000101126 4951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Sort1-203ENSMUST00000135636 6836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Snx16-202ENSMUST00000099223 2512 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Gm45906-201ENSMUST00000208911 1430 ntBASIC20.76■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Grb14-201ENSMUST00000028252 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Cacul1-202ENSMUST00000111460 5561 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Phf23-204ENSMUST00000133485 1607 ntTSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
Traf1P39428 4930452B06Rik-201ENSMUST00000102996 2681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Ripk2-201ENSMUST00000037035 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Keap1-204ENSMUST00000193982 2163 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Vav2-201ENSMUST00000056176 5221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Rbm43-201ENSMUST00000102767 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Tpm1-208ENSMUST00000113689 904 ntTSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Gm10830-201ENSMUST00000186379 636 ntTSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Gm18025-201ENSMUST00000221733 862 ntBASIC20.75■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Ndufa6-201ENSMUST00000023085 560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Uchl1-201ENSMUST00000031131 1177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Thap3-201ENSMUST00000036680 1124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Cyp4f16-201ENSMUST00000003416 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Pacsin3-203ENSMUST00000111349 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Nr1h3-204ENSMUST00000111356 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Foxj2-201ENSMUST00000003238 5283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Gm15853-202ENSMUST00000195518 2041 ntBASIC20.75■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Gm45560-201ENSMUST00000211492 1472 ntBASIC20.75■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Slc16a10-202ENSMUST00000213488 2325 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Gm5953-201ENSMUST00000220644 2616 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Cisd2-202ENSMUST00000120988 1363 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
Traf1P39428 AU019823-202ENSMUST00000145139 2805 ntTSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Syde1-201ENSMUST00000040580 3288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Rbmxl1-201ENSMUST00000049245 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Gm10300-201ENSMUST00000094662 2296 ntAPPRIS P1 BASIC20.74■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Mir9-3hg-206ENSMUST00000182937 636 ntTSL 3 BASIC20.74■□□□□ 0.91
Traf1P39428 AL672049.1-201ENSMUST00000197943 91 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Zfp787-204ENSMUST00000207628 576 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Fgfr1op2-202ENSMUST00000058245 918 ntTSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Dpf1-202ENSMUST00000065181 1574 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Isca1-201ENSMUST00000057115 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Hr-203ENSMUST00000161069 5607 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Galnt9-201ENSMUST00000040001 2883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Gm44544-201ENSMUST00000207052 1844 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Nanp-201ENSMUST00000066640 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Thumpd2-201ENSMUST00000025093 1856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Brsk2-201ENSMUST00000018971 4049 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Siglecf-202ENSMUST00000121494 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Syndig1-202ENSMUST00000109935 2050 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Bmp8a-202ENSMUST00000102641 1917 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Ube2cbp-201ENSMUST00000034986 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Cyb5r4-201ENSMUST00000168529 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Zdhhc12-202ENSMUST00000102865 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Cldn14-205ENSMUST00000177648 1266 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Smim10l1-204ENSMUST00000191462 574 ntTSL 3 BASIC20.73■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Trak1-209ENSMUST00000210798 5363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Lrch2-201ENSMUST00000112819 4892 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Ank1-202ENSMUST00000084038 8147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Sirt1-202ENSMUST00000105442 3740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Ahcyl2-204ENSMUST00000115242 5152 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Fzr1-205ENSMUST00000140901 3057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Mmp28-204ENSMUST00000119346 1517 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
Traf1P39428 A330009N23Rik-201ENSMUST00000180639 1392 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Ciz1-205ENSMUST00000113338 2666 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Nsmf-205ENSMUST00000114386 2685 ntTSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Fgf11-201ENSMUST00000011285 2534 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Cdkl3-203ENSMUST00000109076 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
Traf1P39428 Chpt1-203ENSMUST00000117440 4863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 80.5 ms