Protein–RNA interactions for Protein: Q3TIX9

Usp39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, mousemouse

Predictions only

Length 564 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp39Q3TIX9 Fam222a-201ENSMUST00000043650 2930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
Usp39Q3TIX9 Nr2c2ap-202ENSMUST00000211898 1078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
Usp39Q3TIX9 AC107452.1-201ENSMUST00000227963 481 ntBASIC17.53■□□□□ 0.4
Usp39Q3TIX9 BC017158-201ENSMUST00000033044 2627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
Usp39Q3TIX9 Gm38308-201ENSMUST00000194934 1809 ntBASIC17.53■□□□□ 0.4
Usp39Q3TIX9 Vps9d1-203ENSMUST00000122363 2952 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
Usp39Q3TIX9 1600012H06Rik-202ENSMUST00000164837 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
Usp39Q3TIX9 Magi3-203ENSMUST00000122303 3827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
Usp39Q3TIX9 Kcnk3-201ENSMUST00000066295 3811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
Usp39Q3TIX9 Foxj3-209ENSMUST00000162267 1391 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
Usp39Q3TIX9 Igdcc4-205ENSMUST00000213533 6220 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
Usp39Q3TIX9 Igdcc4-201ENSMUST00000035499 6223 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
Usp39Q3TIX9 Hmx2-202ENSMUST00000183219 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
Usp39Q3TIX9 Col27a1-201ENSMUST00000036300 7612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
Usp39Q3TIX9 Nudt11-201ENSMUST00000103007 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
Usp39Q3TIX9 Adam22-205ENSMUST00000115385 2318 ntTSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.4
Usp39Q3TIX9 Ccdc102a-201ENSMUST00000077955 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
Usp39Q3TIX9 Lhpp-202ENSMUST00000106170 999 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
Usp39Q3TIX9 Gm12933-201ENSMUST00000120203 872 ntBASIC17.52■□□□□ 0.4
Usp39Q3TIX9 Prcd-205ENSMUST00000178875 1227 ntTSL 5 BASIC17.52■□□□□ 0.4
Usp39Q3TIX9 Ccdc84-211ENSMUST00000217270 681 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
Usp39Q3TIX9 E130116L18Rik-201ENSMUST00000066954 306 ntAPPRIS P1 BASIC17.52■□□□□ 0.4
Usp39Q3TIX9 Map1lc3b-204ENSMUST00000181826 2633 ntBASIC17.52■□□□□ 0.4
Usp39Q3TIX9 Ciz1-201ENSMUST00000048964 2771 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
Usp39Q3TIX9 Ythdc1-202ENSMUST00000119339 3222 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.52■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Gm15558-201ENSMUST00000126849 2018 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Mag-207ENSMUST00000191081 2007 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Gm10461-201ENSMUST00000202073 4786 ntBASIC17.52■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Rab20-201ENSMUST00000033900 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Nuak1-201ENSMUST00000020220 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Zc3h15-201ENSMUST00000081591 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Abcd4-210ENSMUST00000223107 2410 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Dlgap2-203ENSMUST00000133298 4503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Fndc4-202ENSMUST00000172435 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Gm44832-201ENSMUST00000208849 2303 ntBASIC17.51■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Keap1-206ENSMUST00000216436 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Ccdc91-201ENSMUST00000032441 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Rpl21-203ENSMUST00000099272 1067 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.51■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Plxnd1-201ENSMUST00000015511 6907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Gm16432-201ENSMUST00000094273 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Sbf1-205ENSMUST00000144585 6165 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Kbtbd13-201ENSMUST00000068307 2969 ntAPPRIS P1 BASIC17.51■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Ero1l-201ENSMUST00000022378 4418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Krt82-201ENSMUST00000023713 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Glcci1-201ENSMUST00000064285 6200 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Dus1l-202ENSMUST00000106133 1762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Myrip-201ENSMUST00000048121 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 A730056A06Rik-201ENSMUST00000181299 2689 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Rbm39-202ENSMUST00000109584 667 ntTSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Mpc1-208ENSMUST00000155364 958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 H2-Ab1-201ENSMUST00000040828 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Grrp1-201ENSMUST00000060050 1226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Gfer-201ENSMUST00000046839 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Arl4d-201ENSMUST00000039388 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Orai3-201ENSMUST00000061587 1996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Dlgap2-209ENSMUST00000152652 3842 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Naif1-201ENSMUST00000048431 4650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Timm29-201ENSMUST00000062125 3170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Sdf4-204ENSMUST00000105579 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Rchy1-204ENSMUST00000169948 1417 ntTSL 3 BASIC17.49■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 AC121961.1-201ENSMUST00000218594 1779 ntBASIC17.49■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Slc9a5-201ENSMUST00000073149 3499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Gm13234-201ENSMUST00000120010 747 ntBASIC17.49■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 1700125G02Rik-201ENSMUST00000154947 519 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Cyyr1-204ENSMUST00000175700 1294 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Pusl1-201ENSMUST00000097737 1243 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Fam107a-202ENSMUST00000120411 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Pacs2-207ENSMUST00000223502 3223 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Golga7-202ENSMUST00000121783 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Aldh5a1-201ENSMUST00000037615 5647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 B4galt5-201ENSMUST00000109221 4210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Akp3-201ENSMUST00000044878 1680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Gclm-201ENSMUST00000029769 5589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Stxbp5-209ENSMUST00000141722 4702 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Bcor-206ENSMUST00000124033 6785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Chst2-201ENSMUST00000036267 7328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Khdrbs2-201ENSMUST00000027226 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 3110082J24Rik-201ENSMUST00000127749 327 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Uncx-202ENSMUST00000174792 1196 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Lsm2-201ENSMUST00000007266 873 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Nr4a1-201ENSMUST00000023779 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Wnt10b-202ENSMUST00000166022 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Neurog1-201ENSMUST00000058475 1686 ntAPPRIS P1 BASIC17.48■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Shank3-203ENSMUST00000109309 7365 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Gm5828-201ENSMUST00000071842 1860 ntBASIC17.48■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 U2af2-201ENSMUST00000005041 2183 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Capzb-203ENSMUST00000102507 1702 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Ddx39b-203ENSMUST00000173731 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Ube2k-201ENSMUST00000142407 4893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Hmgn2-204ENSMUST00000105893 973 ntTSL 3 BASIC17.47■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Tsc22d4-205ENSMUST00000110985 790 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 H2afx-201ENSMUST00000052686 1384 ntAPPRIS P1 BASIC17.47■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Vti1b-201ENSMUST00000055262 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Npepl1-201ENSMUST00000044415 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Srsf11-202ENSMUST00000072875 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Ppp1r3f-201ENSMUST00000115742 3066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Agbl5-209ENSMUST00000201225 2646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Fst-202ENSMUST00000223640 2612 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Ppm1n-201ENSMUST00000032560 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Usp39Q3TIX9 Galk1-201ENSMUST00000021114 1406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 11.2 ms