Protein–RNA interactions for Protein: Q07563

Col17a1, Collagen alpha-1(XVII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,470 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col17a1Q07563 Sf3b6-201ENSMUST00000046207 1180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
Col17a1Q07563 Gcgr-201ENSMUST00000026119 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
Col17a1Q07563 Tmem254b-201ENSMUST00000022418 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
Col17a1Q07563 Chst7-201ENSMUST00000044138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
Col17a1Q07563 4930570G19Rik-204ENSMUST00000149387 986 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
Col17a1Q07563 Tnp2-201ENSMUST00000051297 549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
Col17a1Q07563 Rhbdl1-202ENSMUST00000183929 1349 ntTSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
Col17a1Q07563 Fbxo44-201ENSMUST00000057907 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
Col17a1Q07563 Ergic1-206ENSMUST00000167662 2754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
Col17a1Q07563 Btf3-204ENSMUST00000134542 780 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
Col17a1Q07563 Dgcr6-208ENSMUST00000153123 920 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
Col17a1Q07563 Ildr2-204ENSMUST00000192732 2263 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
Col17a1Q07563 Gm11492-201ENSMUST00000060360 1972 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.14
Col17a1Q07563 Gm23935-201ENSMUST00000102303 57 ntBASIC28.45■■■□□ 2.14
Col17a1Q07563 Gm24270-201ENSMUST00000102326 57 ntBASIC28.45■■■□□ 2.14
Col17a1Q07563 Gm24245-201ENSMUST00000157318 57 ntBASIC28.45■■■□□ 2.14
Col17a1Q07563 Odf3b-201ENSMUST00000049968 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
Col17a1Q07563 Bnipl-201ENSMUST00000098871 1414 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
Col17a1Q07563 Skap1-203ENSMUST00000100521 1539 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
Col17a1Q07563 Skap1-204ENSMUST00000103154 1507 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
Col17a1Q07563 Ptges3-202ENSMUST00000084771 1559 ntTSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.14
Col17a1Q07563 Agpat5-201ENSMUST00000033847 2841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
Col17a1Q07563 Tcf4-246ENSMUST00000202116 2986 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
Col17a1Q07563 Cenps-207ENSMUST00000177408 689 ntTSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
Col17a1Q07563 Pdxk-ps-203ENSMUST00000183934 680 ntTSL 3 BASIC28.44■■■□□ 2.14
Col17a1Q07563 Prdx6-201ENSMUST00000051925 959 ntTSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
Col17a1Q07563 Pus1-204ENSMUST00000112426 1389 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
Col17a1Q07563 4932702P03Rik-201ENSMUST00000138447 1482 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
Col17a1Q07563 Fam213a-201ENSMUST00000022317 1537 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
Col17a1Q07563 Dusp26-205ENSMUST00000170204 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
Col17a1Q07563 Rnf149-201ENSMUST00000062525 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
Col17a1Q07563 Tead2-201ENSMUST00000033060 2140 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
Col17a1Q07563 Has1-201ENSMUST00000003762 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
Col17a1Q07563 Gal3st1-201ENSMUST00000063004 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
Col17a1Q07563 Gm11860-201ENSMUST00000122346 1010 ntBASIC28.43■■■□□ 2.14
Col17a1Q07563 Gm40457-201ENSMUST00000205319 1174 ntTSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
Col17a1Q07563 Tmem11-203ENSMUST00000168218 1511 ntTSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
Col17a1Q07563 Flot1-209ENSMUST00000174080 1383 ntTSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
Col17a1Q07563 Scpep1os-201ENSMUST00000139592 811 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
Col17a1Q07563 Ppdpf-201ENSMUST00000016488 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
Col17a1Q07563 Hmgb1-rs17-201ENSMUST00000210634 972 ntBASIC28.42■■■□□ 2.14
Col17a1Q07563 Sqstm1-202ENSMUST00000102774 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
Col17a1Q07563 Dlg1-203ENSMUST00000100001 4711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
Col17a1Q07563 Tyk2-205ENSMUST00000214864 1662 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
Col17a1Q07563 Dpysl3-201ENSMUST00000025379 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
Col17a1Q07563 Rchy1-201ENSMUST00000031345 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
Col17a1Q07563 Cyp26b1-203ENSMUST00000204109 1340 ntTSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
Col17a1Q07563 Gm17641-201ENSMUST00000166328 2350 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
Col17a1Q07563 Ascl2-202ENSMUST00000121862 814 ntAPPRIS ALT2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
Col17a1Q07563 Hnrnpa1l2-ps-201ENSMUST00000129154 964 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
Col17a1Q07563 Gm9925-201ENSMUST00000066583 483 ntAPPRIS P1 BASIC28.41■■■□□ 2.14
Col17a1Q07563 Gm45277-201ENSMUST00000210549 1695 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
Col17a1Q07563 Nkx2-2-201ENSMUST00000067075 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
Col17a1Q07563 2700046G09Rik-201ENSMUST00000181612 1641 ntTSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
Col17a1Q07563 Insc-208ENSMUST00000169913 2321 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
Col17a1Q07563 Pla2g10-201ENSMUST00000023364 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
Col17a1Q07563 Prss33-201ENSMUST00000059906 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
Col17a1Q07563 Spdya-202ENSMUST00000124001 1247 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Col17a1Q07563 Aldh1a3-204ENSMUST00000174215 1066 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Col17a1Q07563 Ndufb7-201ENSMUST00000036996 623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Col17a1Q07563 Tm7sf2-201ENSMUST00000025713 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Col17a1Q07563 Rpl3l-202ENSMUST00000170239 1375 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
Col17a1Q07563 Kcnk10-203ENSMUST00000221305 1357 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Col17a1Q07563 Gm10418-201ENSMUST00000100943 576 ntBASIC28.4■■■□□ 2.14
Col17a1Q07563 Oraov1-203ENSMUST00000105895 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
Col17a1Q07563 Gm6736-201ENSMUST00000166583 948 ntBASIC28.4■■■□□ 2.14
Col17a1Q07563 BC049762-201ENSMUST00000054226 760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Col17a1Q07563 Sult2b1-201ENSMUST00000075571 1193 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Col17a1Q07563 Pon1-201ENSMUST00000002663 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
Col17a1Q07563 BC037034-201ENSMUST00000048421 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
Col17a1Q07563 1110004F10Rik-203ENSMUST00000106608 927 ntTSL 3 BASIC28.39■■■□□ 2.13
Col17a1Q07563 0610009B22Rik-202ENSMUST00000109098 892 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.39■■■□□ 2.13
Col17a1Q07563 1700020A23Rik-202ENSMUST00000110281 521 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.39■■■□□ 2.13
Col17a1Q07563 Tomm20l-201ENSMUST00000021482 578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
Col17a1Q07563 Gpr137-203ENSMUST00000099776 1569 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
Col17a1Q07563 March9-201ENSMUST00000040307 3037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
Col17a1Q07563 Ppp3ca-201ENSMUST00000056758 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
Col17a1Q07563 Cyp2r1-207ENSMUST00000211506 1887 ntTSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
Col17a1Q07563 Mpst-202ENSMUST00000167140 1279 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
Col17a1Q07563 Tamm41-201ENSMUST00000032461 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
Col17a1Q07563 Lce3b-201ENSMUST00000046234 562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
Col17a1Q07563 Olfr615-201ENSMUST00000098198 942 ntAPPRIS P1 BASIC28.38■■■□□ 2.13
Col17a1Q07563 Lsr-205ENSMUST00000205961 2021 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
Col17a1Q07563 Hnrnph3-202ENSMUST00000118898 2168 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
Col17a1Q07563 Stbd1-201ENSMUST00000050952 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
Col17a1Q07563 Sh3bp1-203ENSMUST00000089378 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
Col17a1Q07563 Fev-201ENSMUST00000068631 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
Col17a1Q07563 Gm15545-203ENSMUST00000150613 1059 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
Col17a1Q07563 Gm7213-201ENSMUST00000215977 950 ntBASIC28.37■■■□□ 2.13
Col17a1Q07563 Lrrc26-201ENSMUST00000028337 1190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
Col17a1Q07563 Tmem45b-201ENSMUST00000048050 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
Col17a1Q07563 Ccdc69-201ENSMUST00000055040 1402 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
Col17a1Q07563 Tmem145-202ENSMUST00000119703 1781 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
Col17a1Q07563 March3-201ENSMUST00000035278 860 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.36■■■□□ 2.13
Col17a1Q07563 Mrpl34-201ENSMUST00000048914 607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
Col17a1Q07563 Slc9a7-201ENSMUST00000072451 2512 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
Col17a1Q07563 Tfg-201ENSMUST00000065515 1945 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
Col17a1Q07563 Iars2-202ENSMUST00000110974 2431 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
Col17a1Q07563 Slc35d3-201ENSMUST00000059805 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Col17a1Q07563 Rplp2-203ENSMUST00000106004 421 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 33.6 ms