Protein–RNA interactions for Protein: Q9CWT6

Ddx28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ddx28Q9CWT6 Hacd1-203ENSMUST00000114753 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Ddx28Q9CWT6 Gm43017-201ENSMUST00000198296 752 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
Ddx28Q9CWT6 AC164441.1-202ENSMUST00000223430 442 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
Ddx28Q9CWT6 Mid1-203ENSMUST00000079443 2815 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
Ddx28Q9CWT6 Nr1d2-201ENSMUST00000090543 4663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Ddx28Q9CWT6 Nat14-204ENSMUST00000207687 1415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Ddx28Q9CWT6 Matk-204ENSMUST00000120265 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
Ddx28Q9CWT6 Gm16076-201ENSMUST00000140116 480 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
Ddx28Q9CWT6 Gm6899-201ENSMUST00000089614 622 ntAPPRIS P1 BASIC17.15■□□□□ 0.34
Ddx28Q9CWT6 Slc11a1-211ENSMUST00000187516 1893 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
Ddx28Q9CWT6 Gpr162-204ENSMUST00000204667 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Ddx28Q9CWT6 Tbc1d9-202ENSMUST00000093393 5334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Ddx28Q9CWT6 Memo1-201ENSMUST00000078459 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Ddx28Q9CWT6 Them6-201ENSMUST00000070923 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Ddx28Q9CWT6 Ccni-201ENSMUST00000058550 2804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Ddx28Q9CWT6 Gmpr-201ENSMUST00000000260 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Ddx28Q9CWT6 AC161052.2-201ENSMUST00000220969 1375 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
Ddx28Q9CWT6 Gm7628-201ENSMUST00000134690 2010 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.34
Ddx28Q9CWT6 Zfp579-206ENSMUST00000162731 2489 ntAPPRIS P1 BASIC17.14■□□□□ 0.34
Ddx28Q9CWT6 Apoe-206ENSMUST00000174064 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Nmnat3-202ENSMUST00000112937 1898 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Tmem55b-205ENSMUST00000160835 2755 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 1810022K09Rik-201ENSMUST00000108365 559 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Gas5-217ENSMUST00000161005 430 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Myadml2-201ENSMUST00000026134 931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Gm1673-201ENSMUST00000094869 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 9030624G23Rik-201ENSMUST00000101538 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Dxo-201ENSMUST00000046244 1519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 D16Ertd472e-202ENSMUST00000114219 1576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 1700123O20Rik-201ENSMUST00000038539 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Donson-202ENSMUST00000114031 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Hsdl1-201ENSMUST00000036049 3141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Gm42939-201ENSMUST00000197514 2205 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Ciz1-201ENSMUST00000048964 2771 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Runx2-204ENSMUST00000159943 2316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Dusp8-201ENSMUST00000039926 4804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Gm37811-201ENSMUST00000192416 2601 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Acbd3-201ENSMUST00000027780 3471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Ahcyl2-202ENSMUST00000102995 5155 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Gm4285-201ENSMUST00000131222 902 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Ankrd9-205ENSMUST00000142012 1226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Kctd17-201ENSMUST00000089414 1180 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Smu1-201ENSMUST00000030117 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Palm-202ENSMUST00000105379 2519 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Agbl5-215ENSMUST00000202060 3121 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Phax-202ENSMUST00000130163 1386 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Gm45015-201ENSMUST00000207943 1364 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Iqsec2-203ENSMUST00000112605 6017 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Wbp1-201ENSMUST00000032111 1419 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Shank1-203ENSMUST00000107938 9826 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Spire1-203ENSMUST00000115050 5405 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Krt87-201ENSMUST00000081945 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Fgf11-201ENSMUST00000011285 2534 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Abcb10-201ENSMUST00000075578 4306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Runx2-210ENSMUST00000162373 1565 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Gm28523-201ENSMUST00000190040 1588 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Ptprf-201ENSMUST00000049074 7656 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Nfu1-202ENSMUST00000117583 950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Capn10-202ENSMUST00000117814 1268 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Far2os2-201ENSMUST00000149815 980 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Mrgbp-206ENSMUST00000169630 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Plac9b-203ENSMUST00000184142 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Kiss1-204ENSMUST00000194044 583 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Cisd1-201ENSMUST00000045887 1084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Hyi-201ENSMUST00000006562 910 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Zfp428-201ENSMUST00000071361 1182 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Ncoa5-203ENSMUST00000122070 3117 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Nags-201ENSMUST00000055409 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Glra1-201ENSMUST00000075603 2037 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Alg1-201ENSMUST00000049207 1669 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Tlk2-201ENSMUST00000015107 3212 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 3010003L21Rik-201ENSMUST00000047953 1729 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Clcn4-206ENSMUST00000210594 2539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Fam129b-201ENSMUST00000028135 3714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Gnpda1-201ENSMUST00000063814 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Dzip3-202ENSMUST00000121869 5820 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Tmem11-203ENSMUST00000168218 1511 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Lonrf2-202ENSMUST00000147695 6932 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Kmt5b-216ENSMUST00000176926 1551 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Ykt6-201ENSMUST00000002818 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 E030030I06Rik-202ENSMUST00000179054 2081 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Ngb-203ENSMUST00000110177 1611 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Dhx15-205ENSMUST00000199321 2550 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Vac14-201ENSMUST00000034190 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Cadps2-212ENSMUST00000163871 4969 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Ext2-212ENSMUST00000184931 2629 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Metap1-201ENSMUST00000029804 2686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Eml2-203ENSMUST00000120595 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Pdcd5-201ENSMUST00000118501 684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 AC114678.1-201ENSMUST00000219640 622 ntTSL 3 BASIC17.11■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 CT030146.1-201ENSMUST00000220919 217 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Gm40848-201ENSMUST00000221998 324 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Spaca1-201ENSMUST00000029927 1197 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Acbd6-202ENSMUST00000080138 993 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Spaca1-202ENSMUST00000084734 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Myo9b-206ENSMUST00000212935 6316 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Fam120c-201ENSMUST00000073364 5463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Rabgap1l-201ENSMUST00000028049 2748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Pxk-201ENSMUST00000036682 2812 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Ddx28Q9CWT6 Lzts2-201ENSMUST00000039016 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 17.5 ms