Protein–RNA interactions for Protein: Q8CEC0

Nup88, Nuclear pore complex protein Nup88, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 753 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Nup88Q8CEC0 Gapvd1-201ENSMUST00000028224 5695 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
Nup88Q8CEC0 Slc10a4-201ENSMUST00000031127 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
Nup88Q8CEC0 Fmnl2-203ENSMUST00000090952 5414 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
Nup88Q8CEC0 Cckbr-201ENSMUST00000033189 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
Nup88Q8CEC0 Cyth2-202ENSMUST00000107729 2519 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
Nup88Q8CEC0 Polr2c-201ENSMUST00000109521 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
Nup88Q8CEC0 Creld1-201ENSMUST00000032422 2306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
Nup88Q8CEC0 Swsap1-201ENSMUST00000053583 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
Nup88Q8CEC0 Ahcyl2-204ENSMUST00000115242 5152 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
Nup88Q8CEC0 Ppt2-204ENSMUST00000168391 1342 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Wtap-205ENSMUST00000160781 2442 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Fdx1l-201ENSMUST00000010348 812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Zfp637-201ENSMUST00000112858 650 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Zfp637-203ENSMUST00000112860 1231 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Sp3os-201ENSMUST00000123087 583 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Tecr-203ENSMUST00000165740 1120 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Gm38205-201ENSMUST00000192243 258 ntBASIC21.64■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Leng1-201ENSMUST00000019878 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Dolk-201ENSMUST00000100219 2104 ntAPPRIS P1 BASIC21.64■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Ssc4d-203ENSMUST00000111152 2745 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Rchy1-201ENSMUST00000031345 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Ssx2ip-204ENSMUST00000106153 3446 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Gm43182-201ENSMUST00000199476 2528 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Gm7290-201ENSMUST00000104990 617 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Hmgn2-204ENSMUST00000105893 973 ntTSL 3 BASIC21.63■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Gm12918-201ENSMUST00000120234 636 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Gm15710-201ENSMUST00000121821 636 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Mpc1-208ENSMUST00000155364 958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Spr-202ENSMUST00000174286 775 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Gm5075-201ENSMUST00000196916 622 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Rpl13-ps6-201ENSMUST00000079761 636 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Rpl13-ps3-201ENSMUST00000079960 624 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Cldn3-201ENSMUST00000094245 1259 ntAPPRIS P1 BASIC21.63■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Rad1-201ENSMUST00000022856 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Jph1-201ENSMUST00000038382 4809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Lrrc43-201ENSMUST00000094327 2046 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Acvr1b-201ENSMUST00000000544 4413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 H2-Q7-201ENSMUST00000071951 1406 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Vps9d1-203ENSMUST00000122363 2952 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Ube2q2-201ENSMUST00000059555 3456 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Gorasp2-202ENSMUST00000112201 2417 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Larp1b-202ENSMUST00000048490 2354 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 9330171B17Rik-201ENSMUST00000035939 2073 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Atrn-201ENSMUST00000028781 8745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Dao-201ENSMUST00000086599 1525 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Gm13534-201ENSMUST00000121169 513 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Lbx2-201ENSMUST00000041265 817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 3010003L21Rik-201ENSMUST00000047953 1729 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Foxj1-201ENSMUST00000036215 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Krt4-201ENSMUST00000023797 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Alg1-201ENSMUST00000049207 1669 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Gpc3-202ENSMUST00000114857 1880 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Plekhg3-201ENSMUST00000075249 5138 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Fam3c-203ENSMUST00000163963 1617 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Olfm2-204ENSMUST00000217198 2005 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Actl6a-201ENSMUST00000029214 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Cnn3-201ENSMUST00000029773 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 5330438D12Rik-201ENSMUST00000064101 2229 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Cdca4-201ENSMUST00000062092 2425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Tial1-201ENSMUST00000033135 1580 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Gnptab-201ENSMUST00000020251 5390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Ccdc102a-201ENSMUST00000077955 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Pwwp2b-201ENSMUST00000093993 3057 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Tlcd1-202ENSMUST00000098545 2897 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Acot8-202ENSMUST00000103094 1152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Acot8-201ENSMUST00000017451 1055 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Areg-201ENSMUST00000031325 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Sox30-201ENSMUST00000049038 2997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Kmt2b-201ENSMUST00000006470 8469 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Ppm1h-201ENSMUST00000067918 6369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Dmwd-202ENSMUST00000108479 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Rps6ka3-201ENSMUST00000033671 7244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 2310034G01Rik-201ENSMUST00000189008 1373 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Mtmr1-202ENSMUST00000114601 4640 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Krt82-201ENSMUST00000023713 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Plk3-201ENSMUST00000076859 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 B3gnt2-202ENSMUST00000062844 3057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Itgb5-201ENSMUST00000069345 3056 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Prdm8-201ENSMUST00000112959 4553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Pacsin3-203ENSMUST00000111349 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Arl2bp-202ENSMUST00000109527 1133 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Eid2b-201ENSMUST00000094651 1751 ntAPPRIS P1 BASIC21.6■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Sort1-203ENSMUST00000135636 6836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Med14-201ENSMUST00000076016 2561 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Gm10655-201ENSMUST00000098658 1397 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Zfp697-201ENSMUST00000056096 5166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Sox12-201ENSMUST00000063332 4169 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Igsf9b-201ENSMUST00000115247 2857 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Tmem132d-201ENSMUST00000044441 6139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Scaf11-201ENSMUST00000047835 5766 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Stxbp3-202ENSMUST00000106596 553 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Gm13148-201ENSMUST00000118892 745 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Ndufb2-202ENSMUST00000119379 455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Gm17041-201ENSMUST00000163196 479 ntTSL 3 BASIC21.59■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Gm21992-201ENSMUST00000172000 1434 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Gm21992-206ENSMUST00000179909 1435 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Lhx1-204ENSMUST00000184646 1201 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Ap4s1-201ENSMUST00000021338 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 Vat1-201ENSMUST00000040430 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Nup88Q8CEC0 H2-Q7-203ENSMUST00000078205 1419 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 64.2 ms