Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 Fam196a-201ENSMUST00000171394 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
ShhQ62226 Apcdd1-202ENSMUST00000163716 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
ShhQ62226 Ube2f-202ENSMUST00000171112 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
ShhQ62226 Hnrnpd-202ENSMUST00000072750 1537 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
ShhQ62226 Vsig8-202ENSMUST00000177086 1519 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
ShhQ62226 Paip1-203ENSMUST00000126957 1731 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
ShhQ62226 Gnas-207ENSMUST00000109085 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
ShhQ62226 Hrh3-208ENSMUST00000171736 906 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
ShhQ62226 Dazap1-203ENSMUST00000105362 2081 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
ShhQ62226 E330040D14Rik-201ENSMUST00000192299 1374 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
ShhQ62226 Gjc1-201ENSMUST00000068933 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
ShhQ62226 Tceal5-201ENSMUST00000066819 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
ShhQ62226 Dlx6os2-201ENSMUST00000178206 1354 ntBASIC22.89■■□□□ 1.26
ShhQ62226 Fcnaos-201ENSMUST00000127642 1351 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
ShhQ62226 Adap1-201ENSMUST00000110865 2557 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
ShhQ62226 Bok-201ENSMUST00000027499 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
ShhQ62226 Ranbp1-202ENSMUST00000115645 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
ShhQ62226 Tada2b-202ENSMUST00000119916 1321 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
ShhQ62226 Pth1r-202ENSMUST00000166716 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
ShhQ62226 Ubl4a-207ENSMUST00000178691 1038 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
ShhQ62226 Ube2m-201ENSMUST00000005714 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
ShhQ62226 Galnt10-202ENSMUST00000108846 1745 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
ShhQ62226 Junos-204ENSMUST00000128094 830 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
ShhQ62226 Phlda1-201ENSMUST00000164773 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
ShhQ62226 Mrps7-201ENSMUST00000058109 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
ShhQ62226 Kras-207ENSMUST00000203147 817 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
ShhQ62226 Zfp131-206ENSMUST00000223813 2561 ntAPPRIS P3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
ShhQ62226 Gm30346-201ENSMUST00000218641 1699 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
ShhQ62226 Upp2-202ENSMUST00000071543 2150 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
ShhQ62226 Bok-205ENSMUST00000201863 883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
ShhQ62226 Rnd2-201ENSMUST00000001347 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
ShhQ62226 Gm527-201ENSMUST00000058135 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
ShhQ62226 Mogs-201ENSMUST00000032114 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
ShhQ62226 Raly-201ENSMUST00000029120 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
ShhQ62226 Eif4e2-203ENSMUST00000113230 1569 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
ShhQ62226 Hspb1-202ENSMUST00000111155 930 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
ShhQ62226 Runx3-202ENSMUST00000119564 1855 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
ShhQ62226 Dyrk1a-202ENSMUST00000119878 5759 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
ShhQ62226 Gm7334-201ENSMUST00000061681 1356 ntAPPRIS P1 BASIC22.74■■□□□ 1.23
ShhQ62226 Zxda-201ENSMUST00000117281 2621 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
ShhQ62226 Ppp1r3e-202ENSMUST00000177403 1957 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
ShhQ62226 Guk1-204ENSMUST00000170202 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
ShhQ62226 Sowahd-201ENSMUST00000060057 1574 ntAPPRIS P1 BASIC22.72■■□□□ 1.23
ShhQ62226 Micu3-201ENSMUST00000068999 2219 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
ShhQ62226 Gm43863-201ENSMUST00000203822 1192 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
ShhQ62226 Tcte3-201ENSMUST00000040746 788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
ShhQ62226 Tcte3-202ENSMUST00000097398 632 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
ShhQ62226 Ssbp3-202ENSMUST00000072753 1924 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
ShhQ62226 Uba52-205ENSMUST00000129909 705 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
ShhQ62226 Cebpb-201ENSMUST00000070642 1504 ntAPPRIS P1 BASIC22.71■■□□□ 1.23
ShhQ62226 Susd4-202ENSMUST00000153348 1898 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
ShhQ62226 Ywhaq-202ENSMUST00000103002 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
ShhQ62226 Znrf3-202ENSMUST00000143746 1022 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
ShhQ62226 Smarcc1-203ENSMUST00000197480 1949 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
ShhQ62226 Gm6206-201ENSMUST00000133472 2199 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
ShhQ62226 Gm5814-201ENSMUST00000177586 378 ntAPPRIS P1 BASIC22.69■■□□□ 1.22
ShhQ62226 Mfsd5-201ENSMUST00000051341 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
ShhQ62226 Twist1-201ENSMUST00000049089 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
ShhQ62226 Iffo2-203ENSMUST00000174078 5716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
ShhQ62226 Rnf220-212ENSMUST00000221654 1949 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
ShhQ62226 Cdv3-205ENSMUST00000189896 1023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
ShhQ62226 Hmx1-201ENSMUST00000087674 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
ShhQ62226 Ttc19-202ENSMUST00000101075 2193 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
ShhQ62226 Stard3nl-201ENSMUST00000039694 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
ShhQ62226 Gm31266-201ENSMUST00000192060 656 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
ShhQ62226 1700084E18Rik-202ENSMUST00000205624 729 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
ShhQ62226 Galnt12-201ENSMUST00000045041 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
ShhQ62226 Fam69b-201ENSMUST00000074240 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
ShhQ62226 Gm6345-201ENSMUST00000180378 1691 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
ShhQ62226 Dapk3-202ENSMUST00000178422 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
ShhQ62226 Ctbp1-201ENSMUST00000079746 2279 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
ShhQ62226 Guf1-201ENSMUST00000031113 1769 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
ShhQ62226 6530409C15Rik-202ENSMUST00000143551 1573 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
ShhQ62226 Gm43445-201ENSMUST00000198564 2091 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
ShhQ62226 Gm11529-201ENSMUST00000153012 639 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
ShhQ62226 Gskip-202ENSMUST00000222284 1064 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
ShhQ62226 Pitpna-205ENSMUST00000179445 1665 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
ShhQ62226 1700003F12Rik-202ENSMUST00000109709 704 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
ShhQ62226 1700003F12Rik-201ENSMUST00000045116 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
ShhQ62226 Pfdn2-202ENSMUST00000135941 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
ShhQ62226 Tbcel-204ENSMUST00000128959 1535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
ShhQ62226 Gfra4-203ENSMUST00000110234 600 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
ShhQ62226 Gfra4-204ENSMUST00000110235 573 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
ShhQ62226 A530058N18Rik-204ENSMUST00000141209 709 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
ShhQ62226 Gm28592-201ENSMUST00000186844 741 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
ShhQ62226 Gm42809-201ENSMUST00000198429 1138 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
ShhQ62226 Dlg1-203ENSMUST00000100001 4711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
ShhQ62226 Ildr2-205ENSMUST00000193860 2320 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
ShhQ62226 Pdia5-201ENSMUST00000023550 1808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
ShhQ62226 2310050C09Rik-201ENSMUST00000163439 1078 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
ShhQ62226 Gm7432-201ENSMUST00000210343 879 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
ShhQ62226 Tcte2-204ENSMUST00000130033 1462 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
ShhQ62226 Srp9-201ENSMUST00000027792 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
ShhQ62226 Dpf1-204ENSMUST00000108231 2040 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
ShhQ62226 Gm9905-201ENSMUST00000065740 1845 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
ShhQ62226 Hexdc-202ENSMUST00000106117 2149 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
ShhQ62226 Snrpe-202ENSMUST00000164574 597 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
ShhQ62226 B4galt7-202ENSMUST00000100764 2195 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
ShhQ62226 Triobp-206ENSMUST00000130663 1660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
ShhQ62226 Rheb-201ENSMUST00000030787 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 16.3 ms