Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Cdc14b-207ENSMUST00000221634 1953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
Rnf40Q3U319 Cdkn2c-202ENSMUST00000097921 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
Rnf40Q3U319 Fzd9-201ENSMUST00000062572 2293 ntAPPRIS P1 BASIC25.54■■□□□ 1.68
Rnf40Q3U319 Gpr137c-202ENSMUST00000147957 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
Rnf40Q3U319 Galnt12-202ENSMUST00000107744 2077 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
Rnf40Q3U319 Mypop-201ENSMUST00000059331 2173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
Rnf40Q3U319 Foxc1-201ENSMUST00000062292 5844 ntAPPRIS P1 BASIC25.53■■□□□ 1.68
Rnf40Q3U319 Fam168b-201ENSMUST00000047534 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
Rnf40Q3U319 Cpe-201ENSMUST00000048967 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
Rnf40Q3U319 Rnf115-201ENSMUST00000029740 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
Rnf40Q3U319 Cd320-201ENSMUST00000002379 2209 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
Rnf40Q3U319 Vsig8-202ENSMUST00000177086 1519 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
Rnf40Q3U319 AL845457.1-201ENSMUST00000197244 68 ntBASIC25.5■■□□□ 1.67
Rnf40Q3U319 Ino80b-201ENSMUST00000032109 1038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
Rnf40Q3U319 Jag2-201ENSMUST00000075827 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
Rnf40Q3U319 Fgf18-201ENSMUST00000020507 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
Rnf40Q3U319 Cebpb-201ENSMUST00000070642 1504 ntAPPRIS P1 BASIC25.45■■□□□ 1.66
Rnf40Q3U319 Reep6-203ENSMUST00000105355 2127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
Rnf40Q3U319 Reep6-204ENSMUST00000105357 2127 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
Rnf40Q3U319 Fam120a-201ENSMUST00000060805 5105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
Rnf40Q3U319 5031425E22Rik-201ENSMUST00000101522 2110 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
Rnf40Q3U319 Fbll1-201ENSMUST00000160726 1503 ntAPPRIS P1 BASIC25.43■■□□□ 1.66
Rnf40Q3U319 Sox3-201ENSMUST00000135107 2065 ntAPPRIS P1 BASIC25.43■■□□□ 1.66
Rnf40Q3U319 Tprgl-202ENSMUST00000105639 642 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
Rnf40Q3U319 Cdr2-201ENSMUST00000033169 2525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
Rnf40Q3U319 Syndig1l-201ENSMUST00000095550 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
Rnf40Q3U319 Zfp91-201ENSMUST00000038627 5531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
Rnf40Q3U319 Pura-201ENSMUST00000051301 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
Rnf40Q3U319 Foxn3-209ENSMUST00000177451 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
Rnf40Q3U319 Sept11-208ENSMUST00000202308 1792 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
Rnf40Q3U319 Paqr3-202ENSMUST00000112968 1875 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
Rnf40Q3U319 Asmt-201ENSMUST00000178693 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
Rnf40Q3U319 Mafa-201ENSMUST00000062002 1080 ntAPPRIS P1 BASIC25.39■■□□□ 1.66
Rnf40Q3U319 Rtn4r-201ENSMUST00000059589 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
Rnf40Q3U319 Eif4e2-203ENSMUST00000113230 1569 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
Rnf40Q3U319 Det1-201ENSMUST00000032839 2269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
Rnf40Q3U319 Drap1-203ENSMUST00000113674 939 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
Rnf40Q3U319 Dapk3-202ENSMUST00000178422 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
Rnf40Q3U319 Tnfsf12-202ENSMUST00000181810 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
Rnf40Q3U319 St3gal2-202ENSMUST00000117534 2177 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
Rnf40Q3U319 St7-208ENSMUST00000115419 2194 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
Rnf40Q3U319 Six3-201ENSMUST00000162695 2838 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
Rnf40Q3U319 Mrps7-201ENSMUST00000058109 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
Rnf40Q3U319 Mpp6-202ENSMUST00000036236 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
Rnf40Q3U319 E030037K01Rik-201ENSMUST00000180928 1756 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
Rnf40Q3U319 Rab21-202ENSMUST00000218831 843 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
Rnf40Q3U319 Dnpep-201ENSMUST00000066668 2488 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
Rnf40Q3U319 Stau2-210ENSMUST00000149320 2214 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
Rnf40Q3U319 Zbtb12-201ENSMUST00000052778 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
Rnf40Q3U319 Olfm1-201ENSMUST00000028177 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
Rnf40Q3U319 Ino80b-202ENSMUST00000113935 1503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
Rnf40Q3U319 Dapk3-209ENSMUST00000219850 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
Rnf40Q3U319 Efcc1-202ENSMUST00000159570 2293 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
Rnf40Q3U319 Fam69b-201ENSMUST00000074240 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
Rnf40Q3U319 Wdr34-201ENSMUST00000113711 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
Rnf40Q3U319 Osbpl10-207ENSMUST00000183104 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
Rnf40Q3U319 Fam241a-201ENSMUST00000057198 1607 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
Rnf40Q3U319 Eif4ebp1-201ENSMUST00000033880 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
Rnf40Q3U319 Ccsap-201ENSMUST00000034452 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
Rnf40Q3U319 Csnk1g2-201ENSMUST00000079773 2348 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
Rnf40Q3U319 Fam220a-201ENSMUST00000067145 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
Rnf40Q3U319 E2f5-201ENSMUST00000029069 1779 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
Rnf40Q3U319 Gm30346-201ENSMUST00000218641 1699 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
Rnf40Q3U319 P3h4-201ENSMUST00000066489 2178 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
Rnf40Q3U319 Kcnc3-206ENSMUST00000208651 2728 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
Rnf40Q3U319 Dusp7-201ENSMUST00000172306 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
Rnf40Q3U319 Fam174a-201ENSMUST00000059975 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
Rnf40Q3U319 Mapk1-201ENSMUST00000023462 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
Rnf40Q3U319 Paip1-203ENSMUST00000126957 1731 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
Rnf40Q3U319 Dapk3-201ENSMUST00000047665 1676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
Rnf40Q3U319 Fam122a-201ENSMUST00000099556 855 ntAPPRIS P1 BASIC25.21■■□□□ 1.63
Rnf40Q3U319 Frat2-201ENSMUST00000059231 2161 ntAPPRIS P1 BASIC25.21■■□□□ 1.63
Rnf40Q3U319 Pdia5-201ENSMUST00000023550 1808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
Rnf40Q3U319 Ildr2-206ENSMUST00000194964 2467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
Rnf40Q3U319 Deaf1-201ENSMUST00000080553 2135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
Rnf40Q3U319 Wnt2-201ENSMUST00000010941 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
Rnf40Q3U319 Dcaf15-202ENSMUST00000210279 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
Rnf40Q3U319 Epb41l4b-203ENSMUST00000095076 6746 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
Rnf40Q3U319 A730013G03Rik-202ENSMUST00000195012 2097 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
Rnf40Q3U319 Gtpbp2-201ENSMUST00000024748 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
Rnf40Q3U319 Foxa2-202ENSMUST00000109964 2070 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
Rnf40Q3U319 Akt1s1-202ENSMUST00000107880 1757 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
Rnf40Q3U319 Ccsap-202ENSMUST00000122421 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
Rnf40Q3U319 B4galt2-201ENSMUST00000030266 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
Rnf40Q3U319 Syce2-204ENSMUST00000170296 929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
Rnf40Q3U319 Pabpn1-201ENSMUST00000022808 1030 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
Rnf40Q3U319 H2afy-202ENSMUST00000045788 1933 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
Rnf40Q3U319 Hexdc-201ENSMUST00000038831 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
Rnf40Q3U319 Homer3-201ENSMUST00000003669 2323 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
Rnf40Q3U319 Slc1a5-201ENSMUST00000108496 2764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
Rnf40Q3U319 Ilk-201ENSMUST00000033182 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
Rnf40Q3U319 Gxylt1-202ENSMUST00000057896 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
Rnf40Q3U319 Kctd15-202ENSMUST00000108069 2407 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
Rnf40Q3U319 Hnrnpl-201ENSMUST00000038572 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
Rnf40Q3U319 Lmo2-201ENSMUST00000111139 1434 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
Rnf40Q3U319 Preb-209ENSMUST00000202567 1869 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
Rnf40Q3U319 Tead1-203ENSMUST00000084705 2543 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
Rnf40Q3U319 Abhd17a-201ENSMUST00000003436 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
Rnf40Q3U319 Heca-201ENSMUST00000037879 5098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
Rnf40Q3U319 Hnrnpd-202ENSMUST00000072750 1537 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.12■■□□□ 1.61
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