Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Cdc14b-207ENSMUST00000221634 1953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25,55■■□□□ 1,68
Rnf40Q3U319 Cdkn2c-202ENSMUST00000097921 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,54■■□□□ 1,68
Rnf40Q3U319 Fzd9-201ENSMUST00000062572 2293 ntAPPRIS P1 BASIC25,54■■□□□ 1,68
Rnf40Q3U319 Gpr137c-202ENSMUST00000147957 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25,54■■□□□ 1,68
Rnf40Q3U319 Galnt12-202ENSMUST00000107744 2077 ntTSL 1 (best) BASIC25,54■■□□□ 1,68
Rnf40Q3U319 Mypop-201ENSMUST00000059331 2173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25,54■■□□□ 1,68
Rnf40Q3U319 Foxc1-201ENSMUST00000062292 5844 ntAPPRIS P1 BASIC25,53■■□□□ 1,68
Rnf40Q3U319 Fam168b-201ENSMUST00000047534 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,53■■□□□ 1,68
Rnf40Q3U319 Cpe-201ENSMUST00000048967 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,52■■□□□ 1,68
Rnf40Q3U319 Rnf115-201ENSMUST00000029740 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,52■■□□□ 1,68
Rnf40Q3U319 Cd320-201ENSMUST00000002379 2209 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25,52■■□□□ 1,68
Rnf40Q3U319 Vsig8-202ENSMUST00000177086 1519 ntTSL 1 (best) BASIC25,52■■□□□ 1,68
Rnf40Q3U319 AL845457.1-201ENSMUST00000197244 68 ntBASIC25,5■■□□□ 1,67
Rnf40Q3U319 Ino80b-201ENSMUST00000032109 1038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25,5■■□□□ 1,67
Rnf40Q3U319 Jag2-201ENSMUST00000075827 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,46■■□□□ 1,67
Rnf40Q3U319 Fgf18-201ENSMUST00000020507 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,45■■□□□ 1,66
Rnf40Q3U319 Cebpb-201ENSMUST00000070642 1504 ntAPPRIS P1 BASIC25,45■■□□□ 1,66
Rnf40Q3U319 Reep6-203ENSMUST00000105355 2127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25,45■■□□□ 1,66
Rnf40Q3U319 Reep6-204ENSMUST00000105357 2127 ntTSL 1 (best) BASIC25,45■■□□□ 1,66
Rnf40Q3U319 Fam120a-201ENSMUST00000060805 5105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,44■■□□□ 1,66
Rnf40Q3U319 5031425E22Rik-201ENSMUST00000101522 2110 ntBASIC25,44■■□□□ 1,66
Rnf40Q3U319 Fbll1-201ENSMUST00000160726 1503 ntAPPRIS P1 BASIC25,43■■□□□ 1,66
Rnf40Q3U319 Sox3-201ENSMUST00000135107 2065 ntAPPRIS P1 BASIC25,43■■□□□ 1,66
Rnf40Q3U319 Tprgl-202ENSMUST00000105639 642 ntTSL 5 BASIC25,43■■□□□ 1,66
Rnf40Q3U319 Cdr2-201ENSMUST00000033169 2525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,43■■□□□ 1,66
Rnf40Q3U319 Syndig1l-201ENSMUST00000095550 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,43■■□□□ 1,66
Rnf40Q3U319 Zfp91-201ENSMUST00000038627 5531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,41■■□□□ 1,66
Rnf40Q3U319 Pura-201ENSMUST00000051301 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,41■■□□□ 1,66
Rnf40Q3U319 Foxn3-209ENSMUST00000177451 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,4■■□□□ 1,66
Rnf40Q3U319 Sept11-208ENSMUST00000202308 1792 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25,4■■□□□ 1,66
Rnf40Q3U319 Paqr3-202ENSMUST00000112968 1875 ntTSL 1 (best) BASIC25,4■■□□□ 1,66
Rnf40Q3U319 Asmt-201ENSMUST00000178693 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,39■■□□□ 1,66
Rnf40Q3U319 Mafa-201ENSMUST00000062002 1080 ntAPPRIS P1 BASIC25,39■■□□□ 1,66
Rnf40Q3U319 Rtn4r-201ENSMUST00000059589 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,39■■□□□ 1,65
Rnf40Q3U319 Eif4e2-203ENSMUST00000113230 1569 ntTSL 1 (best) BASIC25,39■■□□□ 1,65
Rnf40Q3U319 Det1-201ENSMUST00000032839 2269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,38■■□□□ 1,65
Rnf40Q3U319 Drap1-203ENSMUST00000113674 939 ntTSL 2 BASIC25,37■■□□□ 1,65
Rnf40Q3U319 Dapk3-202ENSMUST00000178422 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,37■■□□□ 1,65
Rnf40Q3U319 Tnfsf12-202ENSMUST00000181810 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,37■■□□□ 1,65
Rnf40Q3U319 St3gal2-202ENSMUST00000117534 2177 ntTSL 1 (best) BASIC25,37■■□□□ 1,65
Rnf40Q3U319 St7-208ENSMUST00000115419 2194 ntTSL 1 (best) BASIC25,36■■□□□ 1,65
Rnf40Q3U319 Six3-201ENSMUST00000162695 2838 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25,35■■□□□ 1,65
Rnf40Q3U319 Mrps7-201ENSMUST00000058109 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,34■■□□□ 1,65
Rnf40Q3U319 Mpp6-202ENSMUST00000036236 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,34■■□□□ 1,65
Rnf40Q3U319 E030037K01Rik-201ENSMUST00000180928 1756 ntBASIC25,33■■□□□ 1,65
Rnf40Q3U319 Rab21-202ENSMUST00000218831 843 ntBASIC25,33■■□□□ 1,65
Rnf40Q3U319 Dnpep-201ENSMUST00000066668 2488 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25,32■■□□□ 1,64
Rnf40Q3U319 Stau2-210ENSMUST00000149320 2214 ntTSL 5 BASIC25,32■■□□□ 1,64
Rnf40Q3U319 Zbtb12-201ENSMUST00000052778 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,32■■□□□ 1,64
Rnf40Q3U319 Olfm1-201ENSMUST00000028177 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,32■■□□□ 1,64
Rnf40Q3U319 Ino80b-202ENSMUST00000113935 1503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25,32■■□□□ 1,64
Rnf40Q3U319 Dapk3-209ENSMUST00000219850 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,31■■□□□ 1,64
Rnf40Q3U319 Efcc1-202ENSMUST00000159570 2293 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25,3■■□□□ 1,64
Rnf40Q3U319 Fam69b-201ENSMUST00000074240 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,3■■□□□ 1,64
Rnf40Q3U319 Wdr34-201ENSMUST00000113711 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,28■■□□□ 1,64
Rnf40Q3U319 Osbpl10-207ENSMUST00000183104 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25,26■■□□□ 1,63
Rnf40Q3U319 Fam241a-201ENSMUST00000057198 1607 ntTSL 1 (best) BASIC25,26■■□□□ 1,63
Rnf40Q3U319 Eif4ebp1-201ENSMUST00000033880 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,25■■□□□ 1,63
Rnf40Q3U319 Ccsap-201ENSMUST00000034452 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,24■■□□□ 1,63
Rnf40Q3U319 Csnk1g2-201ENSMUST00000079773 2348 ntTSL 1 (best) BASIC25,24■■□□□ 1,63
Rnf40Q3U319 Fam220a-201ENSMUST00000067145 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,24■■□□□ 1,63
Rnf40Q3U319 E2f5-201ENSMUST00000029069 1779 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25,24■■□□□ 1,63
Rnf40Q3U319 Gm30346-201ENSMUST00000218641 1699 ntBASIC25,24■■□□□ 1,63
Rnf40Q3U319 P3h4-201ENSMUST00000066489 2178 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25,24■■□□□ 1,63
Rnf40Q3U319 Kcnc3-206ENSMUST00000208651 2728 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25,23■■□□□ 1,63
Rnf40Q3U319 Dusp7-201ENSMUST00000172306 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,23■■□□□ 1,63
Rnf40Q3U319 Fam174a-201ENSMUST00000059975 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,22■■□□□ 1,63
Rnf40Q3U319 Mapk1-201ENSMUST00000023462 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,22■■□□□ 1,63
Rnf40Q3U319 Paip1-203ENSMUST00000126957 1731 ntTSL 5 BASIC25,21■■□□□ 1,63
Rnf40Q3U319 Dapk3-201ENSMUST00000047665 1676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25,21■■□□□ 1,63
Rnf40Q3U319 Fam122a-201ENSMUST00000099556 855 ntAPPRIS P1 BASIC25,21■■□□□ 1,63
Rnf40Q3U319 Frat2-201ENSMUST00000059231 2161 ntAPPRIS P1 BASIC25,21■■□□□ 1,63
Rnf40Q3U319 Pdia5-201ENSMUST00000023550 1808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,21■■□□□ 1,63
Rnf40Q3U319 Ildr2-206ENSMUST00000194964 2467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25,2■■□□□ 1,62
Rnf40Q3U319 Deaf1-201ENSMUST00000080553 2135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,19■■□□□ 1,62
Rnf40Q3U319 Wnt2-201ENSMUST00000010941 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,19■■□□□ 1,62
Rnf40Q3U319 Dcaf15-202ENSMUST00000210279 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,19■■□□□ 1,62
Rnf40Q3U319 Epb41l4b-203ENSMUST00000095076 6746 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25,19■■□□□ 1,62
Rnf40Q3U319 A730013G03Rik-202ENSMUST00000195012 2097 ntBASIC25,19■■□□□ 1,62
Rnf40Q3U319 Gtpbp2-201ENSMUST00000024748 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,18■■□□□ 1,62
Rnf40Q3U319 Foxa2-202ENSMUST00000109964 2070 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25,18■■□□□ 1,62
Rnf40Q3U319 Akt1s1-202ENSMUST00000107880 1757 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25,18■■□□□ 1,62
Rnf40Q3U319 Ccsap-202ENSMUST00000122421 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,18■■□□□ 1,62
Rnf40Q3U319 B4galt2-201ENSMUST00000030266 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,17■■□□□ 1,62
Rnf40Q3U319 Syce2-204ENSMUST00000170296 929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25,17■■□□□ 1,62
Rnf40Q3U319 Pabpn1-201ENSMUST00000022808 1030 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25,17■■□□□ 1,62
Rnf40Q3U319 H2afy-202ENSMUST00000045788 1933 ntTSL 1 (best) BASIC25,17■■□□□ 1,62
Rnf40Q3U319 Hexdc-201ENSMUST00000038831 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25,17■■□□□ 1,62
Rnf40Q3U319 Homer3-201ENSMUST00000003669 2323 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25,17■■□□□ 1,62
Rnf40Q3U319 Slc1a5-201ENSMUST00000108496 2764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,16■■□□□ 1,62
Rnf40Q3U319 Ilk-201ENSMUST00000033182 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,16■■□□□ 1,62
Rnf40Q3U319 Gxylt1-202ENSMUST00000057896 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25,15■■□□□ 1,62
Rnf40Q3U319 Kctd15-202ENSMUST00000108069 2407 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25,15■■□□□ 1,62
Rnf40Q3U319 Hnrnpl-201ENSMUST00000038572 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,15■■□□□ 1,62
Rnf40Q3U319 Lmo2-201ENSMUST00000111139 1434 ntTSL 5 BASIC25,14■■□□□ 1,62
Rnf40Q3U319 Preb-209ENSMUST00000202567 1869 ntTSL 1 (best) BASIC25,13■■□□□ 1,61
Rnf40Q3U319 Tead1-203ENSMUST00000084705 2543 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25,12■■□□□ 1,61
Rnf40Q3U319 Abhd17a-201ENSMUST00000003436 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,12■■□□□ 1,61
Rnf40Q3U319 Heca-201ENSMUST00000037879 5098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,12■■□□□ 1,61
Rnf40Q3U319 Hnrnpd-202ENSMUST00000072750 1537 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25,12■■□□□ 1,61
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 11,5 ms