Protein–RNA interactions for Protein: Q8CFK2

Brf1, Transcription factor IIIB 90 kDa subunit, mousemouse

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Length 676 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Brf1Q8CFK2 Cst3-201ENSMUST00000028938 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Brf1Q8CFK2 Nkd1-203ENSMUST00000211113 1474 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
Brf1Q8CFK2 S1pr4-201ENSMUST00000053646 2386 ntAPPRIS P1 BASIC22.33■■□□□ 1.16
Brf1Q8CFK2 Hsdl1-201ENSMUST00000036049 3141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
Brf1Q8CFK2 Ltbp3-201ENSMUST00000081496 5190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
Brf1Q8CFK2 Fam3c-203ENSMUST00000163963 1617 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Brf1Q8CFK2 Nat9-201ENSMUST00000103038 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Brf1Q8CFK2 Tecr-203ENSMUST00000165740 1120 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Brf1Q8CFK2 Maml1-201ENSMUST00000059458 5528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Brf1Q8CFK2 Thoc3-201ENSMUST00000026990 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Brf1Q8CFK2 Paqr6-204ENSMUST00000147991 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Brf1Q8CFK2 Zfp746-203ENSMUST00000203609 3648 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
Brf1Q8CFK2 Rab3ip-201ENSMUST00000020375 2690 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Brf1Q8CFK2 Tradd-201ENSMUST00000034359 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Brf1Q8CFK2 Tceanc2-201ENSMUST00000030362 935 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Brf1Q8CFK2 Tcap-201ENSMUST00000008021 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Brf1Q8CFK2 Fcrlb-201ENSMUST00000094337 1284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Brf1Q8CFK2 Gm42922-201ENSMUST00000195887 2078 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
Brf1Q8CFK2 Lrig1-202ENSMUST00000101126 4951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Brf1Q8CFK2 Thumpd2-201ENSMUST00000025093 1856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Brf1Q8CFK2 1700030C12Rik-201ENSMUST00000101462 858 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
Brf1Q8CFK2 Ptbp3-204ENSMUST00000140925 606 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
Brf1Q8CFK2 1810059H22Rik-205ENSMUST00000204570 690 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Brf1Q8CFK2 AC160393.1-201ENSMUST00000218378 1279 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
Brf1Q8CFK2 Gfra3-201ENSMUST00000025224 1992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Brf1Q8CFK2 Mplkip-201ENSMUST00000049744 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Brf1Q8CFK2 Bnc2-214ENSMUST00000176612 3963 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
Brf1Q8CFK2 Krcc1-203ENSMUST00000204436 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Brf1Q8CFK2 Upf1-201ENSMUST00000075666 4618 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Brf1Q8CFK2 Arrb2-204ENSMUST00000102564 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Brf1Q8CFK2 Caml-201ENSMUST00000021963 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Brf1Q8CFK2 Etv2-201ENSMUST00000108147 1048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Brf1Q8CFK2 Siglecf-206ENSMUST00000206299 2149 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Brf1Q8CFK2 Pdlim5-202ENSMUST00000058626 873 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
Brf1Q8CFK2 Klhl2-201ENSMUST00000034017 3412 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Brf1Q8CFK2 Intu-201ENSMUST00000061590 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
Brf1Q8CFK2 Hoxb6-201ENSMUST00000000704 1321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Brf1Q8CFK2 Rraga-201ENSMUST00000091064 1618 ntAPPRIS P1 BASIC22.28■■□□□ 1.16
Brf1Q8CFK2 Zbtb10-201ENSMUST00000155203 7414 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
Brf1Q8CFK2 Klhl36-201ENSMUST00000034287 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Brf1Q8CFK2 Fdx1l-201ENSMUST00000010348 812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Brf1Q8CFK2 Gm37805-201ENSMUST00000192612 1094 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
Brf1Q8CFK2 Rps2-ps11-201ENSMUST00000195283 868 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
Brf1Q8CFK2 Mrpl52-204ENSMUST00000199195 463 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Brf1Q8CFK2 Krtcap3-205ENSMUST00000201625 902 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
Brf1Q8CFK2 Gm30085-201ENSMUST00000209694 594 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
Brf1Q8CFK2 Cetn3-201ENSMUST00000022009 1226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Brf1Q8CFK2 Eif3b-201ENSMUST00000100507 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Brf1Q8CFK2 Syndig1-202ENSMUST00000109935 2050 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
Brf1Q8CFK2 Gls-202ENSMUST00000114510 5596 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Brf1Q8CFK2 Aamp-201ENSMUST00000006462 1817 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Brf1Q8CFK2 Gm15908-201ENSMUST00000154345 1091 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Brf1Q8CFK2 Mcl1-202ENSMUST00000178686 858 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Brf1Q8CFK2 Gm26571-205ENSMUST00000223215 591 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
Brf1Q8CFK2 E030030I06Rik-201ENSMUST00000069372 876 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Brf1Q8CFK2 Mtmr14-201ENSMUST00000113146 2676 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Brf1Q8CFK2 Miga1-201ENSMUST00000068243 2689 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Brf1Q8CFK2 Chtop-207ENSMUST00000107346 1321 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Brf1Q8CFK2 Akp3-201ENSMUST00000044878 1680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Brf1Q8CFK2 Ier2-201ENSMUST00000060427 1522 ntAPPRIS P1 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Brf1Q8CFK2 Fbxo47-201ENSMUST00000093939 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Brf1Q8CFK2 Ccdc3-201ENSMUST00000027988 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Brf1Q8CFK2 Acvr1b-201ENSMUST00000000544 4413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Brf1Q8CFK2 Rpl26-202ENSMUST00000101014 657 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Brf1Q8CFK2 Tsen2-203ENSMUST00000130425 638 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Brf1Q8CFK2 Gucd1-211ENSMUST00000219774 806 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Brf1Q8CFK2 Fkbp11-201ENSMUST00000003445 731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Brf1Q8CFK2 Ankrd37-201ENSMUST00000053558 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Brf1Q8CFK2 Ube2d2a-201ENSMUST00000167406 2393 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Brf1Q8CFK2 Spc25-202ENSMUST00000112320 1527 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Brf1Q8CFK2 Gm7290-201ENSMUST00000104990 617 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
Brf1Q8CFK2 Gm13148-201ENSMUST00000118892 745 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
Brf1Q8CFK2 Gm12918-201ENSMUST00000120234 636 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
Brf1Q8CFK2 Gm15710-201ENSMUST00000121821 636 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
Brf1Q8CFK2 Tspan2os-201ENSMUST00000146624 590 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Brf1Q8CFK2 Gm6211-202ENSMUST00000167849 925 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
Brf1Q8CFK2 Gm5075-201ENSMUST00000196916 622 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
Brf1Q8CFK2 Rbks-201ENSMUST00000031018 1042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Brf1Q8CFK2 Rpl13-ps6-201ENSMUST00000079761 636 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
Brf1Q8CFK2 Rpl13-ps3-201ENSMUST00000079960 624 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
Brf1Q8CFK2 Ap2m1-202ENSMUST00000090023 2080 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Brf1Q8CFK2 Pparg-202ENSMUST00000171644 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Brf1Q8CFK2 Snapc2-201ENSMUST00000011981 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Brf1Q8CFK2 Thra-201ENSMUST00000064187 2452 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Brf1Q8CFK2 Cxxc1-201ENSMUST00000025444 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Brf1Q8CFK2 Marcks-201ENSMUST00000092584 4048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Brf1Q8CFK2 B3galnt2-207ENSMUST00000221974 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Brf1Q8CFK2 Adcy3-202ENSMUST00000124505 4962 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Brf1Q8CFK2 Trib3-201ENSMUST00000040312 2026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Brf1Q8CFK2 Gm13509-201ENSMUST00000119733 1308 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
Brf1Q8CFK2 Plekhh1-201ENSMUST00000039928 6439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Brf1Q8CFK2 Galnt9-201ENSMUST00000040001 2883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Brf1Q8CFK2 Igsf8-202ENSMUST00000085912 2182 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
Brf1Q8CFK2 Gm45906-201ENSMUST00000208911 1430 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
Brf1Q8CFK2 Prkaca-201ENSMUST00000005606 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Brf1Q8CFK2 Cachd1-201ENSMUST00000030257 5765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Brf1Q8CFK2 Chka-201ENSMUST00000025760 2319 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
Brf1Q8CFK2 Fam213a-201ENSMUST00000022317 1537 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Brf1Q8CFK2 Aunip-201ENSMUST00000105866 1275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Brf1Q8CFK2 Stxbp3-202ENSMUST00000106596 553 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 22.2 ms