Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 Prss21-201ENSMUST00000024928 1094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
ShhQ62226 Slc7a6os-201ENSMUST00000035925 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
ShhQ62226 Wdr33-202ENSMUST00000082319 1152 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
ShhQ62226 Ttc9-202ENSMUST00000218362 4754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
ShhQ62226 Lrch3-201ENSMUST00000023491 5536 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
ShhQ62226 Plekhm2-202ENSMUST00000084203 4136 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
ShhQ62226 Ank1-202ENSMUST00000084038 8147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
ShhQ62226 Fam83d-201ENSMUST00000029183 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Prkg2-201ENSMUST00000031277 2618 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
ShhQ62226 AW047730-202ENSMUST00000181406 2579 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Arl4d-201ENSMUST00000039388 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Gapvd1-201ENSMUST00000028224 5695 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Cacul1-202ENSMUST00000111460 5561 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Lhpp-202ENSMUST00000106170 999 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Tgfbr3l-201ENSMUST00000110993 1075 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Nudt8-203ENSMUST00000122924 1082 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Atp23-201ENSMUST00000026504 903 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Tcap-201ENSMUST00000008021 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Lefty1-201ENSMUST00000037361 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Blcap-202ENSMUST00000109528 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Ralgps2-205ENSMUST00000185198 2229 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Donson-202ENSMUST00000114031 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Gm10616-201ENSMUST00000205285 2127 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Gm38342-201ENSMUST00000195710 2980 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Smtnl2-201ENSMUST00000050226 2624 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Sphk1-203ENSMUST00000100201 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Ubp1-201ENSMUST00000009885 3742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Fgfrl1-201ENSMUST00000013633 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
ShhQ62226 CT030146.1-201ENSMUST00000220919 217 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Akip1-201ENSMUST00000033335 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Cck-201ENSMUST00000035120 691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Rassf7-201ENSMUST00000046890 1525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Pqlc3-201ENSMUST00000054536 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Acot2-201ENSMUST00000021649 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Ssx2ip-201ENSMUST00000039021 3410 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Dhx15-205ENSMUST00000199321 2550 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Ciapin1-201ENSMUST00000034233 1807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Gm28523-201ENSMUST00000190040 1588 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Klhl25-203ENSMUST00000205612 1343 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Six3os1-206ENSMUST00000175921 2737 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Ldb1-201ENSMUST00000026252 1718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Henmt1-202ENSMUST00000098680 1466 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Larp1-201ENSMUST00000071487 6614 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Zc3h14-202ENSMUST00000057000 3046 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Setd3-201ENSMUST00000071095 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Slc11a1-211ENSMUST00000187516 1893 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Gm18688-201ENSMUST00000204695 1859 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Dxo-201ENSMUST00000046244 1519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Zfp385b-204ENSMUST00000111831 2734 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Zdhhc14-201ENSMUST00000089185 3115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Chd3os-201ENSMUST00000129321 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Myef2-209ENSMUST00000152367 2071 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Foxi3-202ENSMUST00000163089 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Gm6211-202ENSMUST00000167849 925 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Gm2479-201ENSMUST00000173312 1053 ntTSL 3 BASIC17.18■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Bex2-201ENSMUST00000049130 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Foxi3-201ENSMUST00000069634 1206 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Fbxl5-204ENSMUST00000119523 2801 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
ShhQ62226 March11-203ENSMUST00000152841 1365 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Pxk-202ENSMUST00000112689 2840 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Meis3-205ENSMUST00000176506 1839 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Adgra2-202ENSMUST00000178514 5129 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Mthfsl-201ENSMUST00000113110 801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Mthfs-203ENSMUST00000118870 705 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Gm13647-201ENSMUST00000154654 622 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
ShhQ62226 C230096K16Rik-201ENSMUST00000198074 1722 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Nsg1-204ENSMUST00000201363 820 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Smim15-206ENSMUST00000226042 1092 ntAPPRIS P1 BASIC17.17■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Nags-201ENSMUST00000055409 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Prss16-201ENSMUST00000006341 2155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Mthfs-201ENSMUST00000085256 816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Ttc32-201ENSMUST00000085741 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Rxra-201ENSMUST00000077257 4905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Rnf146-203ENSMUST00000160372 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Ngb-203ENSMUST00000110177 1611 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Nipa2-202ENSMUST00000117812 3039 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Rap1b-201ENSMUST00000064667 2724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Alkbh5-201ENSMUST00000044250 5730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Nkx2-3-201ENSMUST00000057178 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Rchy1-201ENSMUST00000031345 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Krt87-201ENSMUST00000081945 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Xylt1-201ENSMUST00000032892 9020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Pkp4-210ENSMUST00000168631 4484 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Cpne7-201ENSMUST00000037900 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Spg7-209ENSMUST00000149248 2896 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Purb-201ENSMUST00000179343 8319 ntAPPRIS P1 BASIC17.16■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Fbxw2-206ENSMUST00000113080 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Fam78b-205ENSMUST00000165874 4986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Smim1-212ENSMUST00000146543 839 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Gm19426-201ENSMUST00000181711 726 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Il17re-205ENSMUST00000203661 2118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Sox12-201ENSMUST00000063332 4169 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Gnptab-201ENSMUST00000020251 5390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Golga7b-202ENSMUST00000122375 2836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Alg1-201ENSMUST00000049207 1669 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Aen-202ENSMUST00000107423 2230 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
ShhQ62226 AI115009-201ENSMUST00000181093 1853 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Klc1-204ENSMUST00000122300 2268 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
ShhQ62226 AB041806-201ENSMUST00000062902 2105 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
ShhQ62226 Dennd3-201ENSMUST00000043414 5299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 18.8 ms