Protein–RNA interactions for Protein: Q04887

Sox9, Transcription factor SOX-9, mousemouse

Predictions only

Length 507 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sox9Q04887 Wnt10b-201ENSMUST00000023732 2226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Yif1b-203ENSMUST00000108238 1126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Mdfi-203ENSMUST00000113280 1281 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Gm14859-201ENSMUST00000117752 357 ntBASIC19.2■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Gm3375-201ENSMUST00000203929 796 ntBASIC19.2■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Zfp580-202ENSMUST00000208570 693 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Fgf9-202ENSMUST00000074654 1198 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Klhdc10-202ENSMUST00000068259 5901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Atoh8-201ENSMUST00000042646 2355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Grin2c-202ENSMUST00000106554 4895 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Gm16386-201ENSMUST00000181397 1423 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Fam207a-201ENSMUST00000045454 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Snx15-201ENSMUST00000025702 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Pou3f3-201ENSMUST00000054883 7409 ntAPPRIS P1 BASIC19.19■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Socs2-201ENSMUST00000020215 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Gm16295-201ENSMUST00000139512 643 ntTSL 3 BASIC19.19■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 C130032M10Rik-201ENSMUST00000180393 728 ntAPPRIS P1 BASIC19.19■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Ank2-226ENSMUST00000189368 339 ntBASIC19.19■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Gm18959-201ENSMUST00000208954 655 ntBASIC19.19■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Grtp1-204ENSMUST00000209691 1030 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Adgrv1-211ENSMUST00000146749 1592 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Gtpbp6-201ENSMUST00000077220 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Cyp2r1-207ENSMUST00000211506 1887 ntTSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Gm16432-201ENSMUST00000094273 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Kremen2-201ENSMUST00000046525 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Tlcd2-202ENSMUST00000108435 1112 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Gm12781-201ENSMUST00000146269 395 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Gm44238-201ENSMUST00000203300 353 ntTSL 3 BASIC19.18■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Gm19094-201ENSMUST00000209791 1246 ntBASIC19.18■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Stx3-208ENSMUST00000211641 1018 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Olfr718-ps1-204ENSMUST00000218872 963 ntAPPRIS ALT2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Otx2os1-204ENSMUST00000227221 751 ntBASIC19.18■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Manbal-201ENSMUST00000081202 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Gpr162-201ENSMUST00000046893 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Pdgfa-201ENSMUST00000046901 1543 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Trappc3-201ENSMUST00000030660 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Zpbp2-202ENSMUST00000081033 1300 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Cerkl-205ENSMUST00000143974 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Alg9-201ENSMUST00000034561 2873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Zfp653-201ENSMUST00000043922 2108 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Sdf4-204ENSMUST00000105579 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Smad4-201ENSMUST00000025393 3384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Cdkl3-210ENSMUST00000121591 2387 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Eif4e2-205ENSMUST00000113232 1125 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Pcyox1-206ENSMUST00000204116 546 ntTSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Zmym3-207ENSMUST00000120201 1859 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Auh-201ENSMUST00000021913 1320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Kcnk15-202ENSMUST00000109396 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Qpct-201ENSMUST00000040789 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Rnf111-204ENSMUST00000213647 4961 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Lsr-203ENSMUST00000108116 2071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Bpifb4-202ENSMUST00000109757 2420 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Lmbr1-207ENSMUST00000200564 1598 ntTSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Pfdn4-201ENSMUST00000063682 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Bfsp1-201ENSMUST00000028907 2372 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Olig1-201ENSMUST00000056882 2162 ntAPPRIS P1 BASIC19.16■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 H19-202ENSMUST00000136359 2286 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Crlf3-203ENSMUST00000103233 2230 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Arnt-204ENSMUST00000107160 783 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Gm19391-201ENSMUST00000196653 999 ntTSL 3 BASIC19.15■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Mtag2-201ENSMUST00000058665 714 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Lgmn-202ENSMUST00000110020 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Kif27-203ENSMUST00000225388 5121 ntAPPRIS P1 BASIC19.15■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Gm7712-202ENSMUST00000222331 1510 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Srsf12-201ENSMUST00000067864 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 6430573P05Rik-203ENSMUST00000195547 2457 ntBASIC19.14■□□□□ 0.66
Sox9Q04887 Gm12382-201ENSMUST00000122005 922 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
Sox9Q04887 Gm9745-201ENSMUST00000021573 684 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
Sox9Q04887 Gm18025-201ENSMUST00000221733 862 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
Sox9Q04887 Tm2d1-201ENSMUST00000030292 952 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
Sox9Q04887 Efna4-201ENSMUST00000029674 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
Sox9Q04887 Rxrb-201ENSMUST00000044858 2623 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
Sox9Q04887 Dpf1-202ENSMUST00000065181 1574 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
Sox9Q04887 Fbxl17-201ENSMUST00000024761 4925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
Sox9Q04887 Celf6-201ENSMUST00000034840 2765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
Sox9Q04887 Pitx2-201ENSMUST00000029657 1680 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
Sox9Q04887 Ttc9b-201ENSMUST00000008088 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
Sox9Q04887 Cnot6-203ENSMUST00000145353 5736 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
Sox9Q04887 Cnnm1-201ENSMUST00000165311 5037 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
Sox9Q04887 Gtf3a-204ENSMUST00000146511 1298 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
Sox9Q04887 Nudt22-203ENSMUST00000180765 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
Sox9Q04887 Impa1-204ENSMUST00000191670 1100 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
Sox9Q04887 Arl2-201ENSMUST00000025893 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
Sox9Q04887 Igfbp2-201ENSMUST00000047328 1307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
Sox9Q04887 E030042O20Rik-201ENSMUST00000135244 1427 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
Sox9Q04887 Abhd11-206ENSMUST00000154469 1473 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
Sox9Q04887 Krt5-201ENSMUST00000023709 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
Sox9Q04887 Cdk13-201ENSMUST00000042365 5202 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
Sox9Q04887 Brsk1-201ENSMUST00000048248 2996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Sox9Q04887 Pdp1-204ENSMUST00000108299 2588 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
Sox9Q04887 Foxa2-201ENSMUST00000047315 2128 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Sox9Q04887 Ctla2a-201ENSMUST00000021880 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Sox9Q04887 Gm12356-201ENSMUST00000122854 353 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Sox9Q04887 Faap20-210ENSMUST00000178473 1076 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Sox9Q04887 Gm10138-203ENSMUST00000206952 366 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
Sox9Q04887 Zfp524-203ENSMUST00000209030 1128 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
Sox9Q04887 Gm18032-201ENSMUST00000222541 538 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
Sox9Q04887 D11Wsu47e-201ENSMUST00000042227 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Sox9Q04887 Sqstm1-202ENSMUST00000102774 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Sox9Q04887 Hsf1-201ENSMUST00000072838 2018 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 19.2 ms