Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 AC006435.1-201ENST00000571775 1065 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 SH3GLB2-202ENST00000372559 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 SYNGR1-201ENST00000216155 497 ntTSL 3 BASIC21.66■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 CCDC107-202ENST00000378406 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 AC114730.1-201ENST00000400768 472 ntTSL 4 BASIC21.66■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 CCDC107-206ENST00000426546 1242 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 NT5C3B-203ENST00000435506 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 AC097658.1-201ENST00000475555 843 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 AC025754.1-201ENST00000507566 407 ntTSL 3 BASIC21.66■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 UNC93B5-201ENST00000530315 699 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 RHOD-202ENST00000532559 538 ntTSL 3 BASIC21.66■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 IRX5-204ENST00000560154 879 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 EIF3J-AS1-205ENST00000560750 1093 ntTSL 3 BASIC21.66■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 IRX5-205ENST00000620085 881 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 AL359182.2-201ENST00000457720 606 ntTSL 3 BASIC21.66■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 AC022167.3-201ENST00000564485 427 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 KLF1-201ENST00000264834 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC21.65■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 AC061975.6-201ENST00000579045 1553 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 DHRS4-204ENST00000543741 1340 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 SMARCB1-202ENST00000344921 1728 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 MRAS-202ENST00000423968 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 TTC9B-201ENST00000311308 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 PLPP7-201ENST00000372261 972 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 ANKRD39-201ENST00000393537 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 DNPH1-202ENST00000393987 796 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 ANAPC11-212ENST00000577425 603 ntTSL 3 BASIC21.65■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC21.65■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC21.64■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 TMEM35B-201ENST00000373337 922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 SGO1-AS1-202ENST00000448208 819 ntTSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 RARRES1-204ENST00000479756 839 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 CTBP1-AS2-203ENST00000507044 739 ntTSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 AC138028.5-201ENST00000566114 558 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 PLK5-204ENST00000588430 900 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 AC008403.3-201ENST00000598924 454 ntBASIC21.64■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 OGFR-204ENST00000621591 1194 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 AC008694.1-202ENST00000636953 945 ntBASIC21.64■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 AC073648.6-201ENST00000641589 218 ntBASIC21.64■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 PEX7-202ENST00000367756 680 ntTSL 3 BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 HSD17B10-202ENST00000375298 823 ntTSL 3 BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 AC092718.1-201ENST00000501068 1088 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 LINC01962-201ENST00000513771 411 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 AP003097.1-201ENST00000530657 1135 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 RPS14-201ENST00000312037 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 AL121761.1-202ENST00000412571 415 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 AP000697.1-201ENST00000430607 339 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 STPG4-207ENST00000445927 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 RPS2P4-201ENST00000476944 856 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 C14orf144-202ENST00000555282 854 ntTSL 3 BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 LINC01578-208ENST00000557147 490 ntTSL 3 BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 KRT17P1-201ENST00000399211 1546 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 ASIP-201ENST00000374954 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 CD99P1-203ENST00000431582 602 ntTSL 4 BASIC21.62■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 NUDT22-204ENST00000441250 986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 AC092143.2-201ENST00000554623 985 ntTSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 YIF1B-213ENST00000591755 1077 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 FFAR3-202ENST00000594310 1182 ntAPPRIS P1 BASIC21.62■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 MAGIX-206ENST00000615626 1057 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.4 ms