Protein–RNA interactions for Protein: Q2UY11

Col28a1, Collagen alpha-1(XXVIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col28a1Q2UY11 Plk3-201ENSMUST00000076859 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Them6-201ENSMUST00000070923 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Cdc14b-201ENSMUST00000039318 5859 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Vapa-201ENSMUST00000024897 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Tmem222-201ENSMUST00000105907 1484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Mag-207ENSMUST00000191081 2007 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Sqstm1-201ENSMUST00000015981 2673 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Cdca4-202ENSMUST00000220899 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Mgarp-202ENSMUST00000108046 1409 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Spata2l-201ENSMUST00000098327 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Gm43042-201ENSMUST00000198676 1820 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Gm8770-201ENSMUST00000121113 1109 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Ltb-201ENSMUST00000025262 1160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Rtn4rl2-201ENSMUST00000054514 1263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Gm42922-201ENSMUST00000195887 2078 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 U2af2-201ENSMUST00000005041 2183 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Gorasp2-202ENSMUST00000112201 2417 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Nabp2-202ENSMUST00000164199 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 C2cd4a-201ENSMUST00000054500 1395 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Fam53a-202ENSMUST00000065119 2009 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Espn-203ENSMUST00000070018 1618 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 1600012H06Rik-201ENSMUST00000052691 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Dip2c-203ENSMUST00000174552 8023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Eomes-202ENSMUST00000111763 2869 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Stim2-204ENSMUST00000201469 4892 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 March11-202ENSMUST00000140840 1558 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Hnrnpab-203ENSMUST00000109103 1437 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Myo1b-203ENSMUST00000114537 4618 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Foxa3-201ENSMUST00000036018 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 0610040J01Rik-201ENSMUST00000081747 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Rpusd3-204ENSMUST00000129047 1045 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 4930444P10Rik-203ENSMUST00000151004 1001 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Gon7-201ENSMUST00000173969 1152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Rpusd3-201ENSMUST00000060634 1224 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Nptxr-201ENSMUST00000023057 5004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Mpg-201ENSMUST00000020528 1737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Rnaseh2b-201ENSMUST00000022499 1494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Nsfl1c-202ENSMUST00000089140 1486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Map1lc3b-204ENSMUST00000181826 2633 ntBASIC18■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Cnn3-201ENSMUST00000029773 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Krcc1-203ENSMUST00000204436 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Moap1-201ENSMUST00000173760 1312 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Pitx1-201ENSMUST00000021968 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Man1c1-201ENSMUST00000038628 4285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Pacsin3-203ENSMUST00000111349 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Sirpa-209ENSMUST00000160276 876 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Gm20621-202ENSMUST00000176618 1234 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Snhg6-203ENSMUST00000182580 473 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Gm43173-201ENSMUST00000202246 593 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Dtymk-201ENSMUST00000027503 1003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Lbx2-201ENSMUST00000041265 817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Nsun2-202ENSMUST00000109699 2834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Nhlh1-201ENSMUST00000059794 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Hoxa1-202ENSMUST00000120363 2043 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Actl6a-201ENSMUST00000029214 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Actl6b-205ENSMUST00000139395 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Htr6-202ENSMUST00000105802 2341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Ccdc149-201ENSMUST00000059428 3295 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Sept9-201ENSMUST00000019038 3784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Bag1-202ENSMUST00000108089 1336 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 St7l-201ENSMUST00000059271 5728 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Stk3-201ENSMUST00000018476 2914 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Gm15867-201ENSMUST00000159407 388 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Gm43759-201ENSMUST00000196925 1261 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Krtap5-4-201ENSMUST00000061403 1046 ntAPPRIS P1 BASIC17.98■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Tomm40-202ENSMUST00000093552 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Gm43213-201ENSMUST00000151866 1790 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Mfsd4a-203ENSMUST00000112370 2565 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Cebpg-202ENSMUST00000130491 4709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Enah-205ENSMUST00000177811 4231 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 2810474O19Rik-201ENSMUST00000046689 6066 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Pwwp2b-201ENSMUST00000093993 3057 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Rnf44-204ENSMUST00000125871 4292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Mast4-205ENSMUST00000166726 5968 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Camk1-201ENSMUST00000032409 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Pomgnt2-207ENSMUST00000217610 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Aktip-201ENSMUST00000109609 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Bax-205ENSMUST00000211365 801 ntTSL 3 BASIC17.97■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Prmt9-202ENSMUST00000118622 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Prmt9-201ENSMUST00000056237 2781 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Por-201ENSMUST00000005651 2636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Lrrc57-204ENSMUST00000102499 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Ppfia1-201ENSMUST00000168134 5181 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Rnaseh2a-202ENSMUST00000109736 2981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Smox-202ENSMUST00000110179 1320 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Insm1-201ENSMUST00000089257 3100 ntAPPRIS P1 BASIC17.96■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Gm37811-201ENSMUST00000192416 2601 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Trak1-209ENSMUST00000210798 5363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Gm12251-201ENSMUST00000117893 792 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 2310061I04Rik-203ENSMUST00000148482 1193 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Fbxl15-202ENSMUST00000177667 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Gm27027-201ENSMUST00000183110 547 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.96■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Asphd1-203ENSMUST00000106340 1647 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Dus3l-201ENSMUST00000007747 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Pomgnt2-201ENSMUST00000084743 2365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Il4i1-201ENSMUST00000033015 2048 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Arhgef9-208ENSMUST00000128565 2285 ntTSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Gm5464-201ENSMUST00000100453 2156 ntAPPRIS P1 BASIC17.96■□□□□ 0.46
Col28a1Q2UY11 Creg1-202ENSMUST00000111432 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.46
Col28a1Q2UY11 Cnpy1-201ENSMUST00000117098 2661 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 42 ms