Protein–RNA interactions for Protein: P11260

Lire1, LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein, mousemouse

Predictions only

Length 357 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lire1P11260 Cbx2-201ENSMUST00000026662 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Ykt6-201ENSMUST00000002818 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Rell2-212ENSMUST00000177058 1762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Stim2-204ENSMUST00000201469 4892 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Sort1-201ENSMUST00000102632 6796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Rabgap1l-216ENSMUST00000195442 1877 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Kcnq5-203ENSMUST00000115300 6975 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Lifr-202ENSMUST00000164529 2844 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Lhfp-201ENSMUST00000059562 2108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Ak5-201ENSMUST00000045262 3323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Ntsr2-202ENSMUST00000220892 846 ntTSL 3 BASIC17.5■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Smarca4-201ENSMUST00000034707 6354 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Pdcd2-205ENSMUST00000154293 1924 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Ebf3-204ENSMUST00000169486 4994 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Wtap-205ENSMUST00000160781 2442 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Usp48-201ENSMUST00000055131 5722 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Smad5-203ENSMUST00000109876 4570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Gm27045-201ENSMUST00000182145 1402 ntBASIC17.49■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Paip2-203ENSMUST00000115735 1521 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Arhgap27-202ENSMUST00000092557 1504 ntTSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Atxn7-201ENSMUST00000022257 6853 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Dtymk-202ENSMUST00000112890 1055 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Lire1P11260 AV356131-201ENSMUST00000206201 750 ntBASIC17.49■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Gm10033-202ENSMUST00000211874 928 ntBASIC17.49■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Cmtm7-204ENSMUST00000216760 665 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Spata2l-202ENSMUST00000166768 2707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Hcn2-201ENSMUST00000020581 3089 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Htr7-201ENSMUST00000099505 1606 ntTSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Dusp22-203ENSMUST00000110310 2319 ntTSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Setd3-201ENSMUST00000071095 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Spock1-204ENSMUST00000186271 2005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Rce1-201ENSMUST00000025823 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Wbp1-201ENSMUST00000032111 1419 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Acot5-202ENSMUST00000072505 1401 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Ttc34-203ENSMUST00000207854 4733 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Slc16a10-202ENSMUST00000213488 2325 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Nfkbie-201ENSMUST00000024742 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Tk2-201ENSMUST00000050211 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Diaph2-201ENSMUST00000037854 3742 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Adamtsl5-202ENSMUST00000105352 989 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Tmem42-202ENSMUST00000213514 631 ntTSL 3 BASIC17.48■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Mrpl40-201ENSMUST00000023391 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Chrac1-201ENSMUST00000089765 871 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Tmem86a-201ENSMUST00000010451 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Shisa5-202ENSMUST00000112059 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Kl-201ENSMUST00000078856 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Fezf1-201ENSMUST00000031709 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Bag5-202ENSMUST00000160576 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Plin5-202ENSMUST00000113072 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Dlgap2-203ENSMUST00000133298 4503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Lire1P11260 B4galt4-205ENSMUST00000114712 2168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Plin1-201ENSMUST00000032762 1916 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Dzip3-202ENSMUST00000121869 5820 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Rrbp1-202ENSMUST00000037875 2701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Romo1-202ENSMUST00000109597 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Plac9b-203ENSMUST00000184142 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Stx6-209ENSMUST00000195302 955 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Tmem57-201ENSMUST00000030628 3826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Ankrd37-201ENSMUST00000053558 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Zfp428-201ENSMUST00000071361 1182 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Kcnb1-201ENSMUST00000059826 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Deptor-203ENSMUST00000100660 1377 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Lire1P11260 4930412F12Rik-201ENSMUST00000211700 1471 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Rbm38-201ENSMUST00000029014 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Nudt11-201ENSMUST00000103007 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Exoc3l2-201ENSMUST00000011407 2200 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Col17a1-202ENSMUST00000086923 5477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Dbnl-201ENSMUST00000020769 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Wdsub1-202ENSMUST00000102751 1526 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Acss2-202ENSMUST00000065973 2876 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Pigw-201ENSMUST00000067058 2675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Pdcl3-201ENSMUST00000027247 3914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Syt3-203ENSMUST00000120262 2096 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Rnf112-203ENSMUST00000102661 3118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Dus1l-203ENSMUST00000106135 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
Lire1P11260 B3gnt9-201ENSMUST00000093217 2325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Fam78b-205ENSMUST00000165874 4986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Schip1-201ENSMUST00000029346 2201 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Cacna1c-216ENSMUST00000188522 7338 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Mrpl52-201ENSMUST00000010550 418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Mir6236-201ENSMUST00000184437 123 ntBASIC17.46■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Gm42778-201ENSMUST00000199644 553 ntBASIC17.46■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Cox4i1-201ENSMUST00000034276 745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Smarca4-202ENSMUST00000098948 6376 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Eml2-203ENSMUST00000120595 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
Lire1P11260 AC165080.2-201ENSMUST00000217491 1530 ntBASIC17.46■□□□□ 0.39
Lire1P11260 Ube2z-201ENSMUST00000100528 3997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.38
Lire1P11260 Ube3c-201ENSMUST00000049453 5048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
Lire1P11260 Vac14-201ENSMUST00000034190 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
Lire1P11260 Rbm33-204ENSMUST00000114884 6256 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
Lire1P11260 Rhov-201ENSMUST00000037360 1703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
Lire1P11260 Gmds-201ENSMUST00000041859 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
Lire1P11260 Gm11421-201ENSMUST00000122124 294 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
Lire1P11260 Gadd45b-201ENSMUST00000015456 1284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
Lire1P11260 Cmc4-201ENSMUST00000033543 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
Lire1P11260 Wasl-202ENSMUST00000041737 1298 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
Lire1P11260 Hoxb6-202ENSMUST00000173432 1964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
Lire1P11260 Lig3-204ENSMUST00000131537 1782 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
Lire1P11260 Lig3-209ENSMUST00000173009 1785 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
Lire1P11260 March8-202ENSMUST00000101032 4611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 16.5 ms