Protein–RNA interactions for Protein: P11260

Lire1, LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein, mousemouse

Predictions only

Length 357 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lire1P11260 Shkbp1-201ENSMUST00000003857 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Trp73os-201ENSMUST00000143429 2192 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Sept9-201ENSMUST00000019038 3784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Nkd1-201ENSMUST00000034086 3035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Aplf-201ENSMUST00000032130 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Celf6-201ENSMUST00000034840 2765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Sys1-202ENSMUST00000109352 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Tmem198-201ENSMUST00000050899 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Cd47-201ENSMUST00000084838 5277 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Lemd3-201ENSMUST00000119093 4370 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Gm10209-201ENSMUST00000203397 1607 ntBASIC17.62■□□□□ 0.41
Lire1P11260 1700105P06Rik-201ENSMUST00000186160 1772 ntBASIC17.62■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Cnpy3-202ENSMUST00000121671 561 ntTSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Sumo3-209ENSMUST00000174113 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Zfp125-203ENSMUST00000208744 928 ntTSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Gfra4-201ENSMUST00000028787 909 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Ism1-202ENSMUST00000184404 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Shroom3-211ENSMUST00000225438 5742 ntBASIC17.62■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Zfp764-201ENSMUST00000059199 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Hoxd4-202ENSMUST00000111980 1494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Nipsnap2-201ENSMUST00000086046 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Prmt1-202ENSMUST00000107843 1508 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Rgs19-201ENSMUST00000002532 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
Lire1P11260 D11Wsu47e-201ENSMUST00000042227 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Art5-204ENSMUST00000106937 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Kctd15-201ENSMUST00000032709 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Dedd2-201ENSMUST00000058702 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Mtfr1l-201ENSMUST00000102550 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Rhno1-203ENSMUST00000112152 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Hist2h3c2-201ENSMUST00000167403 1020 ntAPPRIS P1 BASIC17.61■□□□□ 0.41
Lire1P11260 B230217C12Rik-201ENSMUST00000054783 1189 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Rasl10b-202ENSMUST00000108140 3156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Ets1-201ENSMUST00000034534 5080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
Lire1P11260 6330403K07Rik-201ENSMUST00000156068 1494 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Exosc4-201ENSMUST00000059045 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Panx2-203ENSMUST00000162424 3391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Gm16933-201ENSMUST00000141741 2169 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Plekhg3-207ENSMUST00000219063 4535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Anapc1-202ENSMUST00000110332 1214 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Gm26571-201ENSMUST00000181399 666 ntBASIC17.6■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Gm45890-202ENSMUST00000212188 1052 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Arl10-201ENSMUST00000026988 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Tmprss5-205ENSMUST00000170246 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
Lire1P11260 D830036C21Rik-202ENSMUST00000208263 1548 ntBASIC17.6■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Zbtb7a-203ENSMUST00000119606 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Dio3-202ENSMUST00000173014 2030 ntAPPRIS P1 BASIC17.6■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Cdkl3-202ENSMUST00000063321 2008 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Letm2-201ENSMUST00000079160 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Atf6b-201ENSMUST00000015605 2566 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Nxn-201ENSMUST00000021204 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Fjx1-201ENSMUST00000099678 3134 ntAPPRIS P1 BASIC17.6■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Gab1-202ENSMUST00000210676 4985 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Ints8-201ENSMUST00000044616 3433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Pik3r2-201ENSMUST00000034296 3165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Gramd1a-202ENSMUST00000085636 2543 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Itsn1-205ENSMUST00000113996 5147 ntTSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Ankrd33b-202ENSMUST00000076942 1641 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Gm27151-202ENSMUST00000185015 1145 ntTSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
Lire1P11260 AC114678.1-201ENSMUST00000219640 622 ntTSL 3 BASIC17.59■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Wdr41-208ENSMUST00000222995 1112 ntTSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Ferd3l-201ENSMUST00000061035 886 ntAPPRIS P1 BASIC17.59■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Shank1-203ENSMUST00000107938 9826 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Sept7-202ENSMUST00000165594 2516 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Gapvd1-203ENSMUST00000113099 5758 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Mtmr3-202ENSMUST00000109943 5674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Baiap2-204ENSMUST00000106231 4005 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Arl4c-203ENSMUST00000187810 2740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Mplkip-201ENSMUST00000049744 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Cotl1-202ENSMUST00000168698 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Gm5784-201ENSMUST00000179344 2478 ntBASIC17.58■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Rbpj-203ENSMUST00000113865 5440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
Lire1P11260 Cpne2-202ENSMUST00000109537 2121 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
Lire1P11260 Hacd1-203ENSMUST00000114753 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
Lire1P11260 Mpig6b-202ENSMUST00000174190 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
Lire1P11260 Anapc13-204ENSMUST00000190279 589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
Lire1P11260 Sap18b-201ENSMUST00000074053 789 ntAPPRIS P1 BASIC17.58■□□□□ 0.4
Lire1P11260 Itgb4-205ENSMUST00000106461 6208 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
Lire1P11260 Adra2a-201ENSMUST00000036700 3801 ntAPPRIS P1 BASIC17.58■□□□□ 0.4
Lire1P11260 Icmt-201ENSMUST00000048892 4919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
Lire1P11260 Gpr62-201ENSMUST00000164834 1977 ntAPPRIS P1 BASIC17.57■□□□□ 0.4
Lire1P11260 1600012H06Rik-202ENSMUST00000164837 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Lire1P11260 Atp11a-201ENSMUST00000033818 7549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Lire1P11260 Sfmbt2-204ENSMUST00000114864 1901 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Lire1P11260 Tex264-202ENSMUST00000163441 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Lire1P11260 Ercc6l2-208ENSMUST00000144763 1820 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Lire1P11260 Rell2-204ENSMUST00000163591 1057 ntTSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
Lire1P11260 AC122828.1-201ENSMUST00000220785 489 ntTSL 3 BASIC17.57■□□□□ 0.4
Lire1P11260 Myadml2-201ENSMUST00000026134 931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Lire1P11260 Fam58b-201ENSMUST00000059468 1224 ntAPPRIS P1 BASIC17.57■□□□□ 0.4
Lire1P11260 Gm6899-201ENSMUST00000089614 622 ntAPPRIS P1 BASIC17.57■□□□□ 0.4
Lire1P11260 Fcrlb-201ENSMUST00000094337 1284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Lire1P11260 Ankrd22-201ENSMUST00000025686 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Lire1P11260 Herpud2-201ENSMUST00000008573 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Lire1P11260 Rabgap1l-201ENSMUST00000028049 2748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Lire1P11260 Cacna1a-202ENSMUST00000122053 7589 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Lire1P11260 AA543186-201ENSMUST00000180841 1696 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Lire1P11260 BC017158-201ENSMUST00000033044 2627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Lire1P11260 Itgb5-201ENSMUST00000069345 3056 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Lire1P11260 Csf1-203ENSMUST00000120243 2097 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Lire1P11260 Inpp4a-201ENSMUST00000027287 5691 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 35 ms