Protein–RNA interactions for Protein: Q5SNZ0

Ccdc88a, Girdin, mousemouse

Predictions only

Length 1,873 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88aQ5SNZ0 Slc25a4-201ENSMUST00000034049 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Ccdc88aQ5SNZ0 Icam2-201ENSMUST00000001055 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Ccdc88aQ5SNZ0 Smim1-212ENSMUST00000146543 839 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Ccdc88aQ5SNZ0 Ccnd2-202ENSMUST00000201066 983 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
Ccdc88aQ5SNZ0 Gm44899-201ENSMUST00000207451 391 ntTSL 3 BASIC21.81■■□□□ 1.08
Ccdc88aQ5SNZ0 Galnt11-201ENSMUST00000045737 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Ccdc88aQ5SNZ0 Gm37563-201ENSMUST00000192580 1513 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
Ccdc88aQ5SNZ0 Paqr6-204ENSMUST00000147991 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Ccdc88aQ5SNZ0 Xpa-201ENSMUST00000030013 955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Ccdc88aQ5SNZ0 Zfp580-201ENSMUST00000069324 1096 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Ccdc88aQ5SNZ0 Sbspon-201ENSMUST00000040695 2748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Ccdc88aQ5SNZ0 Mknk2-205ENSMUST00000200082 3439 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Ccdc88aQ5SNZ0 Matk-204ENSMUST00000120265 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
Ccdc88aQ5SNZ0 Sap18-201ENSMUST00000111267 660 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
Ccdc88aQ5SNZ0 Gm13563-202ENSMUST00000150375 851 ntTSL 3 BASIC21.79■■□□□ 1.08
Ccdc88aQ5SNZ0 Snapc2-201ENSMUST00000011981 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Ccdc88aQ5SNZ0 Hnrnpf-202ENSMUST00000163168 2401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Ccdc88aQ5SNZ0 Sept7-201ENSMUST00000115272 2533 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
Ccdc88aQ5SNZ0 Zfp3-201ENSMUST00000060444 2061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Ccdc88aQ5SNZ0 Edn2-201ENSMUST00000030384 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Ccdc88aQ5SNZ0 Gm15751-201ENSMUST00000134552 1862 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Ccdc88aQ5SNZ0 Rora-202ENSMUST00000113624 2591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Ccdc88aQ5SNZ0 Creb1-203ENSMUST00000171164 1287 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Ccdc88aQ5SNZ0 Vkorc1-203ENSMUST00000206053 606 ntTSL 3 BASIC21.79■■□□□ 1.08
Ccdc88aQ5SNZ0 Psenen-201ENSMUST00000043898 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Ccdc88aQ5SNZ0 Sept7-202ENSMUST00000165594 2516 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
Ccdc88aQ5SNZ0 Strn3-201ENSMUST00000013130 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Ccdc88aQ5SNZ0 Wdr20-205ENSMUST00000193053 1351 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Ccdc88aQ5SNZ0 Wdr37-203ENSMUST00000164183 1780 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
Ccdc88aQ5SNZ0 Smarcd3-208ENSMUST00000195943 1712 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
Ccdc88aQ5SNZ0 Smarcd3-201ENSMUST00000030791 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
Ccdc88aQ5SNZ0 2300009A05Rik-201ENSMUST00000168665 595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
Ccdc88aQ5SNZ0 1810059H22Rik-205ENSMUST00000204570 690 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
Ccdc88aQ5SNZ0 Mpc2-201ENSMUST00000027853 1025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
Ccdc88aQ5SNZ0 3110062M04Rik-202ENSMUST00000115006 1501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
Ccdc88aQ5SNZ0 Plin1-202ENSMUST00000178257 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
Ccdc88aQ5SNZ0 Gm16120-201ENSMUST00000127990 808 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
Ccdc88aQ5SNZ0 Gm37055-201ENSMUST00000191866 133 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
Ccdc88aQ5SNZ0 Grrp1-201ENSMUST00000060050 1226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
Ccdc88aQ5SNZ0 Gm8909-202ENSMUST00000097335 1182 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
Ccdc88aQ5SNZ0 Gnpda1-201ENSMUST00000063814 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
Ccdc88aQ5SNZ0 Gart-202ENSMUST00000120450 1865 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
Ccdc88aQ5SNZ0 Lrfn4-201ENSMUST00000053597 3194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
Ccdc88aQ5SNZ0 Zfp777-202ENSMUST00000114583 3111 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.07
Ccdc88aQ5SNZ0 Nol7-201ENSMUST00000071926 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
Ccdc88aQ5SNZ0 1700003E16Rik-201ENSMUST00000032106 2020 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
Ccdc88aQ5SNZ0 Fgfr3-202ENSMUST00000087820 2630 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
Ccdc88aQ5SNZ0 D330020A13Rik-201ENSMUST00000181956 1069 ntAPPRIS P1 BASIC21.76■■□□□ 1.07
Ccdc88aQ5SNZ0 Baiap2l2-201ENSMUST00000165408 2100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
Ccdc88aQ5SNZ0 Mgrn1-201ENSMUST00000023159 3293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
Ccdc88aQ5SNZ0 1700028E10Rik-201ENSMUST00000181114 2034 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
Ccdc88aQ5SNZ0 H2afx-201ENSMUST00000052686 1384 ntAPPRIS P1 BASIC21.75■■□□□ 1.07
Ccdc88aQ5SNZ0 Gm26971-201ENSMUST00000182423 1072 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
Ccdc88aQ5SNZ0 Gm44238-201ENSMUST00000203300 353 ntTSL 3 BASIC21.75■■□□□ 1.07
Ccdc88aQ5SNZ0 Lfng-201ENSMUST00000031555 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
Ccdc88aQ5SNZ0 Mapre3-202ENSMUST00000200692 1816 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
Ccdc88aQ5SNZ0 Ssbp2-202ENSMUST00000042122 1633 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
Ccdc88aQ5SNZ0 Serf1-204ENSMUST00000151821 570 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
Ccdc88aQ5SNZ0 Prlh-201ENSMUST00000166281 276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
Ccdc88aQ5SNZ0 Fam53a-202ENSMUST00000065119 2009 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
Ccdc88aQ5SNZ0 Dcbld1-201ENSMUST00000069004 3024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
Ccdc88aQ5SNZ0 Adpgk-201ENSMUST00000026266 2464 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
Ccdc88aQ5SNZ0 Epb41l4b-203ENSMUST00000095076 6746 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
Ccdc88aQ5SNZ0 Slc35d2-201ENSMUST00000099441 2303 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
Ccdc88aQ5SNZ0 Gm9484-201ENSMUST00000195892 1159 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
Ccdc88aQ5SNZ0 Adap2-201ENSMUST00000021050 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
Ccdc88aQ5SNZ0 AC131586.2-201ENSMUST00000228370 1512 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
Ccdc88aQ5SNZ0 9430060I03Rik-201ENSMUST00000191563 1689 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Ccdc88aQ5SNZ0 Gm5540-201ENSMUST00000131852 1848 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
Ccdc88aQ5SNZ0 Slc35f4-202ENSMUST00000123534 2748 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Ccdc88aQ5SNZ0 Chtf8-201ENSMUST00000169312 2730 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Ccdc88aQ5SNZ0 D16Ertd472e-202ENSMUST00000114219 1576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Ccdc88aQ5SNZ0 2310033P09Rik-201ENSMUST00000020719 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Ccdc88aQ5SNZ0 AC165249.1-201ENSMUST00000220031 1599 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Ccdc88aQ5SNZ0 Ppp3ca-201ENSMUST00000056758 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Ccdc88aQ5SNZ0 Prkg2-201ENSMUST00000031277 2618 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
Ccdc88aQ5SNZ0 Mgat2-201ENSMUST00000060579 2614 ntAPPRIS P1 BASIC21.73■■□□□ 1.07
Ccdc88aQ5SNZ0 Hoxd13-201ENSMUST00000001872 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Ccdc88aQ5SNZ0 Dhx15-205ENSMUST00000199321 2550 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Ccdc88aQ5SNZ0 Dxo-211ENSMUST00000180043 1447 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
Ccdc88aQ5SNZ0 Arhgap44-202ENSMUST00000093001 2256 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
Ccdc88aQ5SNZ0 Gm45121-201ENSMUST00000205396 1153 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
Ccdc88aQ5SNZ0 Rprm-201ENSMUST00000100089 1460 ntAPPRIS P1 BASIC21.73■■□□□ 1.07
Ccdc88aQ5SNZ0 Gpc3-202ENSMUST00000114857 1880 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
Ccdc88aQ5SNZ0 Fpgs-201ENSMUST00000028148 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
Ccdc88aQ5SNZ0 Gmpr-201ENSMUST00000000260 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
Ccdc88aQ5SNZ0 Gm14321-201ENSMUST00000127441 632 ntTSL 3 BASIC21.72■■□□□ 1.07
Ccdc88aQ5SNZ0 Calu-208ENSMUST00000173694 611 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
Ccdc88aQ5SNZ0 Snapc3-202ENSMUST00000071544 942 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
Ccdc88aQ5SNZ0 Blcap-202ENSMUST00000109528 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
Ccdc88aQ5SNZ0 Psmd3-201ENSMUST00000017365 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
Ccdc88aQ5SNZ0 Arpc5-202ENSMUST00000097536 1737 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
Ccdc88aQ5SNZ0 Ak2-202ENSMUST00000102604 1781 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
Ccdc88aQ5SNZ0 Gm2788-202ENSMUST00000147173 1390 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
Ccdc88aQ5SNZ0 Thegl-202ENSMUST00000117880 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
Ccdc88aQ5SNZ0 Qrich1-206ENSMUST00000193258 2291 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
Ccdc88aQ5SNZ0 Gm30003-201ENSMUST00000200700 1433 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
Ccdc88aQ5SNZ0 Gm11627-202ENSMUST00000107081 818 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
Ccdc88aQ5SNZ0 Tnnt2-202ENSMUST00000112085 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
Ccdc88aQ5SNZ0 Tnnt2-203ENSMUST00000112086 1094 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 26.3 ms