Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP4Q13107 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP4Q13107 C11orf24-209ENST00000533310 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP4Q13107 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
USP4Q13107 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP4Q13107 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
USP4Q13107 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
USP4Q13107 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
USP4Q13107 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
USP4Q13107 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
USP4Q13107 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP4Q13107 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP4Q13107 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP4Q13107 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP4Q13107 AC026185.1-201ENST00000445748 174 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
USP4Q13107 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP4Q13107 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP4Q13107 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP4Q13107 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP4Q13107 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP4Q13107 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP4Q13107 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP4Q13107 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP4Q13107 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP4Q13107 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
USP4Q13107 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
USP4Q13107 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
USP4Q13107 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
USP4Q13107 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
USP4Q13107 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
USP4Q13107 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP4Q13107 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP4Q13107 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP4Q13107 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP4Q13107 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP4Q13107 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP4Q13107 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP4Q13107 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP4Q13107 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP4Q13107 POU5F1-209ENST00000638788 369 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP4Q13107 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP4Q13107 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP4Q13107 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP4Q13107 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP4Q13107 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP4Q13107 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP4Q13107 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP4Q13107 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP4Q13107 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP4Q13107 PDZRN4-202ENST00000402685 3347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP4Q13107 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP4Q13107 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
USP4Q13107 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP4Q13107 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP4Q13107 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP4Q13107 SP9-201ENST00000394967 2554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP4Q13107 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP4Q13107 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP4Q13107 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
USP4Q13107 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP4Q13107 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP4Q13107 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
USP4Q13107 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP4Q13107 AC091138.1-202ENST00000578967 457 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP4Q13107 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP4Q13107 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP4Q13107 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP4Q13107 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP4Q13107 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP4Q13107 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP4Q13107 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP4Q13107 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP4Q13107 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP4Q13107 LINC01184-201ENST00000499346 1380 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP4Q13107 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP4Q13107 XBP1-202ENST00000344347 1131 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP4Q13107 PPP1R14BP3-201ENST00000509033 445 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
USP4Q13107 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP4Q13107 LINC02091-201ENST00000576171 1185 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP4Q13107 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP4Q13107 C5AR2-202ENST00000600626 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP4Q13107 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
USP4Q13107 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP4Q13107 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.15
USP4Q13107 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP4Q13107 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP4Q13107 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP4Q13107 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP4Q13107 SNAP23-214ENST00000567094 834 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP4Q13107 AC012313.6-201ENST00000599889 790 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP4Q13107 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP4Q13107 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
USP4Q13107 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP4Q13107 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP4Q13107 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP4Q13107 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP4Q13107 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP4Q13107 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
USP4Q13107 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP4Q13107 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
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