Protein–RNA interactions for Protein: O55017

Cacna1b, Voltage-dependent N-type calcium channel subunit alpha-1B, mousemouse

Predictions only

Length 2,327 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Cacna1bO55017 Slc39a7-203ENSMUST00000169397 2107 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Ttc39a-203ENSMUST00000106619 1778 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Gm45472-201ENSMUST00000211295 1426 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Zfpl1-201ENSMUST00000025707 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Espn-202ENSMUST00000049305 1142 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Ppm1m-203ENSMUST00000140761 1846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 K230010J24Rik-204ENSMUST00000187868 1810 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 3830408C21Rik-205ENSMUST00000225426 1898 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Best2-202ENSMUST00000209322 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Rnaset2b-202ENSMUST00000179728 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Fbxw2-201ENSMUST00000028220 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Cbx4-201ENSMUST00000026665 5179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Hoxc6-201ENSMUST00000001711 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 0610010K14Rik-207ENSMUST00000108577 659 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Ccl27a-219ENSMUST00000173865 657 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Gm20472-201ENSMUST00000174403 1240 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Tmem230-206ENSMUST00000180286 1531 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Snca-201ENSMUST00000114268 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Gabarapl1-202ENSMUST00000204487 902 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Kcnn4-203ENSMUST00000205626 461 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Rps28-201ENSMUST00000087342 392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Ewsr1-204ENSMUST00000093365 1290 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Bcl10-201ENSMUST00000029842 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Dxo-211ENSMUST00000180043 1447 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Mrps28-201ENSMUST00000042148 783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Cadps-203ENSMUST00000112658 5458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Gm11527-201ENSMUST00000153795 596 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Rex1bd-201ENSMUST00000075175 671 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Gm10549-201ENSMUST00000097634 450 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Slc35d3-201ENSMUST00000059805 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Paqr3-201ENSMUST00000069453 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Mvb12b-201ENSMUST00000041555 4998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Noc2l-202ENSMUST00000179886 2813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Slc35d2-201ENSMUST00000099441 2303 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Lgi2-201ENSMUST00000039750 6456 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Gm10125-201ENSMUST00000074702 2286 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Ccnd3-ps-201ENSMUST00000117963 881 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Scamp4-202ENSMUST00000180350 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Cdkl3-210ENSMUST00000121591 2387 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Zmym3-202ENSMUST00000117637 1593 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Sephs2-201ENSMUST00000082428 2177 ntAPPRIS P1 BASIC18.16■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Iars2-202ENSMUST00000110974 2431 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Ubl4a-206ENSMUST00000155676 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Gm17641-201ENSMUST00000166328 2350 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Sqstm1-202ENSMUST00000102774 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 6820408C15Rik-201ENSMUST00000039961 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Rbmxl1-201ENSMUST00000049245 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Dmtn-209ENSMUST00000228295 2572 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 AC175538.1-201ENSMUST00000225343 1269 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Sec11c-201ENSMUST00000025394 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Exosc3-201ENSMUST00000030003 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 1700020N01Rik-201ENSMUST00000057341 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 3110070M22Rik-201ENSMUST00000099148 1123 ntAPPRIS P1 BASIC18.16■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Tspan9-201ENSMUST00000032503 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Kcnc3-201ENSMUST00000107906 5062 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Qpct-201ENSMUST00000040789 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Dpysl3-201ENSMUST00000025379 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Nol7-201ENSMUST00000071926 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Smim1-205ENSMUST00000131325 842 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Serf1-205ENSMUST00000152286 465 ntTSL 3 BASIC18.15■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Lce1m-201ENSMUST00000029520 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Lrg1-201ENSMUST00000041357 1351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Hoxb6-202ENSMUST00000173432 1964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Gnpnat1-201ENSMUST00000046191 2788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Snrnp35-202ENSMUST00000111453 1181 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Fip1l1-202ENSMUST00000113534 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 2210408F21Rik-208ENSMUST00000144612 450 ntTSL 3 BASIC18.15■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Crabp1-201ENSMUST00000034830 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Bmyc-201ENSMUST00000061483 983 ntAPPRIS P1 BASIC18.15■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Mrpl9-202ENSMUST00000196143 1657 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Srxn1-201ENSMUST00000041500 2812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Plk5-202ENSMUST00000105351 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Cacna1bO55017 Plk5-201ENSMUST00000039836 2112 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
Cacna1bO55017 Ghrhr-202ENSMUST00000203241 1328 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Cacna1bO55017 Adcy2-201ENSMUST00000022013 4211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Cacna1bO55017 Mrps10-204ENSMUST00000120737 1017 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Cacna1bO55017 Gm26971-201ENSMUST00000182423 1072 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
Cacna1bO55017 Fuz-209ENSMUST00000208179 1164 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
Cacna1bO55017 AC140264.2-202ENSMUST00000218746 817 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
Cacna1bO55017 Wnt10b-205ENSMUST00000226846 1204 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
Cacna1bO55017 Yif1b-201ENSMUST00000032809 1111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Cacna1bO55017 Opa3-202ENSMUST00000161711 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
Cacna1bO55017 Kcnj12-202ENSMUST00000089184 2291 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Cacna1bO55017 Comtd1-204ENSMUST00000177527 714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
Cacna1bO55017 Gm26643-201ENSMUST00000180854 1274 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Cacna1bO55017 Ubtf-213ENSMUST00000178839 4580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Cacna1bO55017 Lrrc73-201ENSMUST00000095262 1384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Cacna1bO55017 Spc25-202ENSMUST00000112320 1527 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Cacna1bO55017 Lpcat4-201ENSMUST00000028554 2275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Cacna1bO55017 Dnpep-204ENSMUST00000185797 2510 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Cacna1bO55017 Lpin2-213ENSMUST00000156570 1586 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Cacna1bO55017 Gm15847-201ENSMUST00000121417 1065 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
Cacna1bO55017 Zfp653-201ENSMUST00000043922 2108 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Cacna1bO55017 Grhpr-201ENSMUST00000045078 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Cacna1bO55017 Pdp1-204ENSMUST00000108299 2588 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
Cacna1bO55017 Rcor3-203ENSMUST00000192128 1578 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Cacna1bO55017 Gm9934-201ENSMUST00000098303 2077 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Cacna1bO55017 Gm8668-201ENSMUST00000120559 1447 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
Cacna1bO55017 Fezf2-203ENSMUST00000224714 2429 ntAPPRIS P1 BASIC18.12■□□□□ 0.49
Cacna1bO55017 Gm42477-201ENSMUST00000202427 469 ntTSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 27.5 ms