Protein–RNA interactions for Protein: Q9CQ56

Use1, Vesicle transport protein USE1, mousemouse

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Use1Q9CQ56 Cacng4-201ENSMUST00000021066 3500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Iars2-203ENSMUST00000110975 2801 ntTSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Hnrnpab-203ENSMUST00000109103 1437 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Dleu2-203ENSMUST00000182259 1437 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Lpcat2-205ENSMUST00000210099 2179 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Brpf1-204ENSMUST00000113122 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Rcc1-202ENSMUST00000084250 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Runx2-210ENSMUST00000162373 1565 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Map4k4-202ENSMUST00000168431 5632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Syt3-203ENSMUST00000120262 2096 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Gm9922-201ENSMUST00000066461 435 ntAPPRIS P1 BASIC17.88■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Ppm1a-201ENSMUST00000021514 7668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Arpc5-202ENSMUST00000097536 1737 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Twist2-201ENSMUST00000007949 1329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Kcnd3-202ENSMUST00000098761 7169 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Cbln2-202ENSMUST00000122079 2549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Rassf8-203ENSMUST00000111704 5446 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Cacna1a-202ENSMUST00000122053 7589 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Sstr1-202ENSMUST00000110671 1752 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Nin-203ENSMUST00000095666 7183 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Krt24-201ENSMUST00000017255 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Gls-204ENSMUST00000114513 4966 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Mink1-201ENSMUST00000072237 4994 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Trim44-201ENSMUST00000102573 5612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Zfp580-202ENSMUST00000208570 693 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Rfxap-204ENSMUST00000217267 696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Pawr-202ENSMUST00000218332 870 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Gm9847-201ENSMUST00000052528 599 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Cnih3-202ENSMUST00000161880 1995 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Lrrc43-203ENSMUST00000196809 2031 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Rce1-201ENSMUST00000025823 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Ripply3-201ENSMUST00000023660 1531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Marcks-201ENSMUST00000092584 4048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Gatad2a-202ENSMUST00000116463 3363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Ppp1r13b-201ENSMUST00000054815 4389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Pknox1-203ENSMUST00000175806 2272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Ankra2-205ENSMUST00000150916 1028 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Usf2-211ENSMUST00000172417 648 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Gm29442-201ENSMUST00000188725 724 ntTSL 3 BASIC17.86■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Fbxl5-204ENSMUST00000119523 2801 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Vrk1-202ENSMUST00000072040 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Sobp-201ENSMUST00000040275 4980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Sdc3-201ENSMUST00000070478 4973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Clint1-202ENSMUST00000109261 3365 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Ccdc84-201ENSMUST00000053286 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Sphk1-203ENSMUST00000100201 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Gm4779-203ENSMUST00000147742 1991 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 1700028E10Rik-201ENSMUST00000181114 2034 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Cpeb2-204ENSMUST00000166713 6846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 B3gnt9-201ENSMUST00000093217 2325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Acvr1-201ENSMUST00000056376 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Abhd13-201ENSMUST00000048216 5074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Neurl1b-201ENSMUST00000053020 6195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Mprip-203ENSMUST00000108751 4021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Zfp385b-204ENSMUST00000111831 2734 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 D16Ertd472e-202ENSMUST00000114219 1576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Matk-204ENSMUST00000120265 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Gm12660-201ENSMUST00000123764 664 ntTSL 3 BASIC17.85■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 BC021767-201ENSMUST00000126387 1716 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Gm7160-202ENSMUST00000188519 1027 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Fiz1-204ENSMUST00000207030 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Sart1-201ENSMUST00000044207 5091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Pcf11-201ENSMUST00000119954 5995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Pcdhac2-201ENSMUST00000047479 5888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Hpca-204ENSMUST00000116444 1847 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Dnaja4-202ENSMUST00000120452 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Coq10b-201ENSMUST00000027125 1733 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 1700086O06Rik-202ENSMUST00000181871 1564 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Prkg2-201ENSMUST00000031277 2618 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Atf6b-201ENSMUST00000015605 2566 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 1700023F06Rik-202ENSMUST00000107026 1127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 4930519P11Rik-201ENSMUST00000181369 501 ntAPPRIS P1 BASIC17.84■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Wdr41-208ENSMUST00000222995 1112 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Kat14-201ENSMUST00000028911 3801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Tnfsf11-201ENSMUST00000022592 2236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Slc25a16-201ENSMUST00000044977 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Slc39a5-201ENSMUST00000042666 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Irx3-201ENSMUST00000093312 2610 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Kdelr3-201ENSMUST00000010974 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
Use1Q9CQ56 Mrpl16-201ENSMUST00000167199 1122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
Use1Q9CQ56 Arpp19-206ENSMUST00000168301 599 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
Use1Q9CQ56 Prr3-204ENSMUST00000172900 439 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
Use1Q9CQ56 Spr-203ENSMUST00000174769 1029 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
Use1Q9CQ56 1110065P20Rik-206ENSMUST00000185036 1223 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
Use1Q9CQ56 Spcs1-204ENSMUST00000226782 949 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
Use1Q9CQ56 Svbp-201ENSMUST00000030395 733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
Use1Q9CQ56 Spata33-201ENSMUST00000060133 491 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
Use1Q9CQ56 Iqsec2-207ENSMUST00000168786 5993 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
Use1Q9CQ56 Sh2b3-203ENSMUST00000118580 2393 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
Use1Q9CQ56 Fbxl5-201ENSMUST00000047857 2858 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
Use1Q9CQ56 Sae1-204ENSMUST00000211741 1663 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
Use1Q9CQ56 Tlcd1-201ENSMUST00000092880 2700 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
Use1Q9CQ56 Mfhas1-201ENSMUST00000037666 6408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
Use1Q9CQ56 Tmem79-203ENSMUST00000107553 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
Use1Q9CQ56 Phf14-202ENSMUST00000115510 3353 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Use1Q9CQ56 Fbxw2-206ENSMUST00000113080 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Use1Q9CQ56 Tbkbp1-203ENSMUST00000107614 2391 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
Use1Q9CQ56 Trmt11-201ENSMUST00000019927 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Use1Q9CQ56 Thoc3-201ENSMUST00000026990 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Use1Q9CQ56 Spint2-201ENSMUST00000098604 1384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 17.6 ms