Protein–RNA interactions for Protein: P97436

Nkx3-1, Homeobox protein Nkx-3.1, mousemouse

Predictions only

Length 237 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Nkx3-1P97436 Tmem243-201ENSMUST00000115365 1040 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
Nkx3-1P97436 Gm24970-201ENSMUST00000175582 82 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
Nkx3-1P97436 Sowahd-201ENSMUST00000060057 1574 ntAPPRIS P1 BASIC22.23■■□□□ 1.15
Nkx3-1P97436 Pwwp2a-202ENSMUST00000094294 1814 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
Nkx3-1P97436 Rbfox2-201ENSMUST00000048145 1720 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Nkx3-1P97436 Cxxc4-203ENSMUST00000181904 5694 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Nkx3-1P97436 E2f4-201ENSMUST00000015003 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Nkx3-1P97436 Junos-204ENSMUST00000128094 830 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Nkx3-1P97436 Bok-205ENSMUST00000201863 883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
Nkx3-1P97436 Gm527-201ENSMUST00000058135 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Nkx3-1P97436 Prelid3b-201ENSMUST00000016401 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Nkx3-1P97436 Sept11-208ENSMUST00000202308 1792 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
Nkx3-1P97436 Tsen34-203ENSMUST00000108629 1238 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Nkx3-1P97436 Mapk3-202ENSMUST00000057669 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Nkx3-1P97436 6530409C15Rik-202ENSMUST00000143551 1573 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Nkx3-1P97436 Lmo2-201ENSMUST00000111139 1434 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
Nkx3-1P97436 Cetn4-202ENSMUST00000075537 762 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
Nkx3-1P97436 Adgrb2-207ENSMUST00000120204 5170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Nkx3-1P97436 Spata1-201ENSMUST00000029839 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Nkx3-1P97436 Cib1-201ENSMUST00000065163 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Nkx3-1P97436 Orai1-202ENSMUST00000121652 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Nkx3-1P97436 Stk24-201ENSMUST00000079817 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Nkx3-1P97436 Gm12523-201ENSMUST00000148844 599 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
Nkx3-1P97436 Evx2-202ENSMUST00000173623 1428 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Nkx3-1P97436 Raly-203ENSMUST00000109701 1709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Nkx3-1P97436 Znrf3-202ENSMUST00000143746 1022 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Nkx3-1P97436 Macrod1-201ENSMUST00000040261 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Nkx3-1P97436 Ube2m-201ENSMUST00000005714 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Nkx3-1P97436 Hnrnpd-202ENSMUST00000072750 1537 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
Nkx3-1P97436 Gltp-201ENSMUST00000012028 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Nkx3-1P97436 AY074887-201ENSMUST00000054018 769 ntAPPRIS P1 BASIC22.07■■□□□ 1.12
Nkx3-1P97436 Dlx6os2-201ENSMUST00000178206 1354 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
Nkx3-1P97436 Brsk2-203ENSMUST00000078200 2363 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Nkx3-1P97436 Twist1-201ENSMUST00000049089 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Nkx3-1P97436 Gm5814-201ENSMUST00000177586 378 ntAPPRIS P1 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Nkx3-1P97436 Ccz1-201ENSMUST00000031621 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
Nkx3-1P97436 Gm43863-201ENSMUST00000203822 1192 ntBASIC22■■□□□ 1.11
Nkx3-1P97436 Gm7334-201ENSMUST00000061681 1356 ntAPPRIS P1 BASIC21.99■■□□□ 1.11
Nkx3-1P97436 Ppp2r2d-201ENSMUST00000041097 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Nkx3-1P97436 Srp9-201ENSMUST00000027792 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Nkx3-1P97436 Mon2-207ENSMUST00000219203 1844 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Nkx3-1P97436 Ube2e2-205ENSMUST00000150727 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Nkx3-1P97436 Phlda1-201ENSMUST00000164773 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Nkx3-1P97436 Fam136a-201ENSMUST00000071492 1643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Nkx3-1P97436 Paip1-203ENSMUST00000126957 1731 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
Nkx3-1P97436 Gm9939-201ENSMUST00000067161 1154 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
Nkx3-1P97436 Bcl7c-207ENSMUST00000207019 654 ntTSL 3 BASIC21.95■■□□□ 1.1
Nkx3-1P97436 Tlx1-201ENSMUST00000026236 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Nkx3-1P97436 Gm29254-202ENSMUST00000189302 883 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Nkx3-1P97436 Nectin3-203ENSMUST00000096052 1746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Nkx3-1P97436 Tcte2-204ENSMUST00000130033 1462 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Nkx3-1P97436 Gm15672-201ENSMUST00000151512 1354 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
Nkx3-1P97436 2310050C09Rik-201ENSMUST00000163439 1078 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
Nkx3-1P97436 Scx-201ENSMUST00000043089 1136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
Nkx3-1P97436 Reep6-203ENSMUST00000105355 2127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
Nkx3-1P97436 Reep6-204ENSMUST00000105357 2127 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
Nkx3-1P97436 Tgfbr1-205ENSMUST00000126171 1829 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
Nkx3-1P97436 Fbll1-201ENSMUST00000160726 1503 ntAPPRIS P1 BASIC21.9■■□□□ 1.1
Nkx3-1P97436 Rundc3a-201ENSMUST00000006750 2046 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
Nkx3-1P97436 A530058N18Rik-204ENSMUST00000141209 709 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
Nkx3-1P97436 Cdv3-205ENSMUST00000189896 1023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
Nkx3-1P97436 Tmem59-201ENSMUST00000030361 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
Nkx3-1P97436 Eif5a-201ENSMUST00000043419 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
Nkx3-1P97436 Ctbp1-206ENSMUST00000201575 2091 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Nkx3-1P97436 Plpp2-201ENSMUST00000063879 1654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Nkx3-1P97436 Gm2018-201ENSMUST00000140754 478 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
Nkx3-1P97436 Akt1s1-202ENSMUST00000107880 1757 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Nkx3-1P97436 Il3ra-201ENSMUST00000090591 1614 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Nkx3-1P97436 Ildr2-207ENSMUST00000195557 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Nkx3-1P97436 Crem-227ENSMUST00000149803 1422 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Nkx3-1P97436 C330011M18Rik-201ENSMUST00000071067 1849 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Nkx3-1P97436 Gm5987-201ENSMUST00000196433 1151 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
Nkx3-1P97436 Egr3-201ENSMUST00000035908 1509 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Nkx3-1P97436 Gm8503-201ENSMUST00000118131 455 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
Nkx3-1P97436 Uba52-207ENSMUST00000140679 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
Nkx3-1P97436 AC157572.2-201ENSMUST00000226970 908 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
Nkx3-1P97436 Tcte3-201ENSMUST00000040746 788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
Nkx3-1P97436 Tcte3-202ENSMUST00000097398 632 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
Nkx3-1P97436 Dlx4-201ENSMUST00000021241 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Nkx3-1P97436 Gm6821-201ENSMUST00000107540 542 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
Nkx3-1P97436 Pitpna-205ENSMUST00000179445 1665 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
Nkx3-1P97436 Dleu2-206ENSMUST00000182537 318 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
Nkx3-1P97436 Naa20-201ENSMUST00000002805 1172 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Nkx3-1P97436 Uba52-205ENSMUST00000129909 705 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
Nkx3-1P97436 4930542C12Rik-201ENSMUST00000171096 1203 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
Nkx3-1P97436 Hmx1-201ENSMUST00000087674 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Nkx3-1P97436 Raly-202ENSMUST00000058089 1747 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
Nkx3-1P97436 Eid2-201ENSMUST00000059596 1392 ntAPPRIS P1 BASIC21.78■■□□□ 1.08
Nkx3-1P97436 Zfyve21-201ENSMUST00000021714 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
Nkx3-1P97436 Tspan3-201ENSMUST00000034876 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
Nkx3-1P97436 Dazap1-202ENSMUST00000105361 1537 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
Nkx3-1P97436 A430072P03Rik-201ENSMUST00000161480 1510 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
Nkx3-1P97436 Kmt5a-202ENSMUST00000100709 1425 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
Nkx3-1P97436 Tceal5-201ENSMUST00000066819 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
Nkx3-1P97436 Stard3nl-201ENSMUST00000039694 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
Nkx3-1P97436 Nelfe-204ENSMUST00000173357 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
Nkx3-1P97436 Hspd1-201ENSMUST00000027123 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Nkx3-1P97436 Gm26859-201ENSMUST00000181743 1852 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
Nkx3-1P97436 Rhobtb3-202ENSMUST00000109606 1676 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
Nkx3-1P97436 Triobp-206ENSMUST00000130663 1660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 12.1 ms