Protein–RNA interactions for Protein: P10628

Hoxd4, Homeobox protein Hox-D4, mousemouse

Predictions only

Length 250 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Hoxd4P10628 Fkbp8-204ENSMUST00000119698 1799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
Hoxd4P10628 Fam220a-205ENSMUST00000169329 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
Hoxd4P10628 Rnf149-201ENSMUST00000062525 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
Hoxd4P10628 Atp5a1-202ENSMUST00000114748 2674 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
Hoxd4P10628 Dlg1-203ENSMUST00000100001 4711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
Hoxd4P10628 Neurog2-201ENSMUST00000029587 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Hoxd4P10628 E2f1-201ENSMUST00000000894 2755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Hoxd4P10628 Dtnb-203ENSMUST00000164578 2355 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Hoxd4P10628 Suds3-202ENSMUST00000166397 1694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Hoxd4P10628 E2f6-201ENSMUST00000020908 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Hoxd4P10628 Cited2-203ENSMUST00000219558 2411 ntAPPRIS P1 BASIC22.51■■□□□ 1.19
Hoxd4P10628 Terf2-201ENSMUST00000068388 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Hoxd4P10628 Tmed7-201ENSMUST00000036030 1436 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
Hoxd4P10628 Cetn4-201ENSMUST00000071400 1808 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
Hoxd4P10628 Snta1-202ENSMUST00000109728 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
Hoxd4P10628 Snta1-201ENSMUST00000028991 2125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
Hoxd4P10628 Nr2f6-201ENSMUST00000002466 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
Hoxd4P10628 Kcnq5-206ENSMUST00000173404 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
Hoxd4P10628 Peg12-201ENSMUST00000094339 2640 ntAPPRIS P1 BASIC22.44■■□□□ 1.18
Hoxd4P10628 Ssbp3-203ENSMUST00000097934 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
Hoxd4P10628 Lpcat4-201ENSMUST00000028554 2275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Hoxd4P10628 Lrrc4b-201ENSMUST00000058667 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Hoxd4P10628 Agap3-201ENSMUST00000024123 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Hoxd4P10628 Gas2l1-201ENSMUST00000037146 2686 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Hoxd4P10628 Dda1-209ENSMUST00000147642 1865 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
Hoxd4P10628 Clptm1l-201ENSMUST00000022102 2340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Hoxd4P10628 Cacng8-201ENSMUST00000092351 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
Hoxd4P10628 Caap1-201ENSMUST00000030313 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
Hoxd4P10628 Rab21-202ENSMUST00000218831 843 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
Hoxd4P10628 Ppp2cb-201ENSMUST00000009774 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Hoxd4P10628 Ube2q2-202ENSMUST00000121677 1680 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
Hoxd4P10628 Zfp422-201ENSMUST00000057540 2375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Hoxd4P10628 Scrt2-201ENSMUST00000064061 3395 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
Hoxd4P10628 Ctbp1-211ENSMUST00000202868 2436 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Hoxd4P10628 B430219N15Rik-202ENSMUST00000180853 1105 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
Hoxd4P10628 Ccz1-201ENSMUST00000031621 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Hoxd4P10628 Ica1-201ENSMUST00000038403 2075 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Hoxd4P10628 Fcnaos-201ENSMUST00000127642 1351 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Hoxd4P10628 B4galt7-202ENSMUST00000100764 2195 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Hoxd4P10628 Tgfbr1-205ENSMUST00000126171 1829 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
Hoxd4P10628 Prelid3b-201ENSMUST00000016401 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Hoxd4P10628 Slc25a28-201ENSMUST00000046038 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Hoxd4P10628 Glrx5-203ENSMUST00000223244 793 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Hoxd4P10628 Rundc3a-204ENSMUST00000107105 1861 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Hoxd4P10628 Fam220a-204ENSMUST00000119488 2202 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Hoxd4P10628 Fam220a-209ENSMUST00000200267 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Hoxd4P10628 Raly-202ENSMUST00000058089 1747 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Hoxd4P10628 Bod1-201ENSMUST00000058060 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Hoxd4P10628 Agap3-206ENSMUST00000212381 1191 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Hoxd4P10628 Dtnb-211ENSMUST00000173240 2218 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
Hoxd4P10628 Nhlrc1-201ENSMUST00000052747 2294 ntAPPRIS P1 BASIC22.3■■□□□ 1.16
Hoxd4P10628 Klhl35-201ENSMUST00000037359 1954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Hoxd4P10628 Susd4-202ENSMUST00000153348 1898 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
Hoxd4P10628 Mapk3-202ENSMUST00000057669 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Hoxd4P10628 Otud5-205ENSMUST00000115668 2543 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Hoxd4P10628 Ssbp3-202ENSMUST00000072753 1924 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Hoxd4P10628 Gm6345-201ENSMUST00000180378 1691 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
Hoxd4P10628 Eed-201ENSMUST00000107234 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Hoxd4P10628 Acvr2b-202ENSMUST00000165044 2093 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Hoxd4P10628 Gm15688-201ENSMUST00000161394 2418 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Hoxd4P10628 Eya2-202ENSMUST00000088132 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Hoxd4P10628 BC030336-205ENSMUST00000208454 813 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
Hoxd4P10628 Slc39a13-201ENSMUST00000073575 2469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Hoxd4P10628 Fam220a-203ENSMUST00000118121 919 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Hoxd4P10628 Clk2-201ENSMUST00000090927 2128 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Hoxd4P10628 Isoc1-201ENSMUST00000025503 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Hoxd4P10628 Rras2-201ENSMUST00000069449 2275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Hoxd4P10628 Smarcc1-203ENSMUST00000197480 1949 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Hoxd4P10628 Runx3-202ENSMUST00000119564 1855 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Hoxd4P10628 Gm26115-201ENSMUST00000175605 87 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
Hoxd4P10628 Hexdc-201ENSMUST00000038831 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
Hoxd4P10628 Crlf1-201ENSMUST00000008032 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Hoxd4P10628 Phf23-205ENSMUST00000135814 2214 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Hoxd4P10628 Nans-201ENSMUST00000030018 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Hoxd4P10628 Tm6sf1-201ENSMUST00000041890 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Hoxd4P10628 Nisch-222ENSMUST00000172142 2780 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
Hoxd4P10628 Mpp6-209ENSMUST00000204545 2418 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
Hoxd4P10628 Dpf1-204ENSMUST00000108231 2040 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
Hoxd4P10628 Shf-201ENSMUST00000048635 1431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Hoxd4P10628 St7-202ENSMUST00000052113 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Hoxd4P10628 Slc22a17-201ENSMUST00000050772 2290 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Hoxd4P10628 Gjc1-201ENSMUST00000068933 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Hoxd4P10628 Tmem260-208ENSMUST00000226400 2281 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
Hoxd4P10628 Mnx1-201ENSMUST00000001608 2018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
Hoxd4P10628 Mypop-201ENSMUST00000059331 2173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
Hoxd4P10628 Gm17494-201ENSMUST00000072769 1800 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Hoxd4P10628 Cdkn2c-202ENSMUST00000097921 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Hoxd4P10628 Ei24-202ENSMUST00000163192 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Hoxd4P10628 Cnnm3-201ENSMUST00000001166 5193 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Hoxd4P10628 Kcnc3-206ENSMUST00000208651 2728 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
Hoxd4P10628 Kctd9-204ENSMUST00000150768 1302 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
Hoxd4P10628 Cd320-201ENSMUST00000002379 2209 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Hoxd4P10628 Iffo2-203ENSMUST00000174078 5716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Hoxd4P10628 Efemp2-201ENSMUST00000070118 1781 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Hoxd4P10628 Tnfsfm13-203ENSMUST00000180587 2235 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
Hoxd4P10628 Gsx2-202ENSMUST00000160104 1182 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Hoxd4P10628 Bcl7c-201ENSMUST00000061468 1132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Hoxd4P10628 Gnas-207ENSMUST00000109085 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Hoxd4P10628 Hnrnpd-203ENSMUST00000112939 1670 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
Hoxd4P10628 Fus-201ENSMUST00000077609 1831 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 76.4 ms