Protein–RNA interactions for Protein: Q9JKU8

Lmx1a, LIM homeobox transcription factor 1-alpha, mousemouse

Predictions only

Length 382 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lmx1aQ9JKU8 Gtpbp6-201ENSMUST00000077220 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
Lmx1aQ9JKU8 Arhgap23-201ENSMUST00000093940 2409 ntTSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
Lmx1aQ9JKU8 Tfdp2-202ENSMUST00000165120 2341 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
Lmx1aQ9JKU8 Ier2-201ENSMUST00000060427 1522 ntAPPRIS P1 BASIC19.35■□□□□ 0.69
Lmx1aQ9JKU8 Ubac1-201ENSMUST00000036509 1852 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
Lmx1aQ9JKU8 Tmem164-206ENSMUST00000112896 5224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
Lmx1aQ9JKU8 Prdm13-202ENSMUST00000095141 3173 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
Lmx1aQ9JKU8 Bpifb4-202ENSMUST00000109757 2420 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.34■□□□□ 0.69
Lmx1aQ9JKU8 Matr3-209ENSMUST00000188275 1951 ntTSL 5 BASIC19.34■□□□□ 0.69
Lmx1aQ9JKU8 Gm10125-201ENSMUST00000074702 2286 ntTSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
Lmx1aQ9JKU8 AC158538.1-201ENSMUST00000225870 294 ntBASIC19.34■□□□□ 0.69
Lmx1aQ9JKU8 Ihh-201ENSMUST00000164097 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
Lmx1aQ9JKU8 Trp73os-201ENSMUST00000143429 2192 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
Lmx1aQ9JKU8 Rhoq-201ENSMUST00000024956 4151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
Lmx1aQ9JKU8 Mir6982-201ENSMUST00000184354 68 ntBASIC19.33■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Rtl8a-201ENSMUST00000088779 1195 ntAPPRIS P1 BASIC19.33■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Cdkn3-203ENSMUST00000227149 1952 ntBASIC19.33■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Hey1-201ENSMUST00000042412 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Macrod2-202ENSMUST00000078027 1669 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Atpaf1-203ENSMUST00000176047 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Rapgefl1-202ENSMUST00000107479 4855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Rcor1-201ENSMUST00000084968 5684 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Gm11762-201ENSMUST00000135630 1705 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Fbxw2-206ENSMUST00000113080 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Gm11691-201ENSMUST00000130963 658 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Gm15648-201ENSMUST00000149681 778 ntTSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 2300009A05Rik-201ENSMUST00000168665 595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Rwdd1-201ENSMUST00000019917 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Ube2a-208ENSMUST00000202812 719 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Gm44672-201ENSMUST00000206944 1098 ntBASIC19.32■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Ap4s1-201ENSMUST00000021338 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Cnih2-201ENSMUST00000025805 1237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Noa1-201ENSMUST00000047860 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Cbln2-201ENSMUST00000068423 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Cldn23-201ENSMUST00000060128 1848 ntAPPRIS P1 BASIC19.32■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Baiap2-205ENSMUST00000106233 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Rab7-205ENSMUST00000113600 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Laptm4a-201ENSMUST00000020909 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Srsf12-201ENSMUST00000067864 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Dxo-201ENSMUST00000046244 1519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Ldb1-202ENSMUST00000056931 2295 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Sptssa-201ENSMUST00000056228 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Zdhhc5-201ENSMUST00000035840 4706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Prkab1-201ENSMUST00000031486 2089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Gfi1-202ENSMUST00000065478 2639 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Cdkl3-202ENSMUST00000063321 2008 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Osbp-201ENSMUST00000025590 4578 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Mgll-203ENSMUST00000113582 1034 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 4930519P11Rik-201ENSMUST00000181369 501 ntAPPRIS P1 BASIC19.31■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Rps2-ps11-201ENSMUST00000195283 868 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Gm15043-201ENSMUST00000118843 1543 ntBASIC19.3■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Yeats4-201ENSMUST00000020382 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Gm13042-201ENSMUST00000119244 1955 ntBASIC19.3■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Nrm-201ENSMUST00000074259 1466 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Sapcd2-203ENSMUST00000114293 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Bcl10-201ENSMUST00000029842 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Gm3264-202ENSMUST00000166776 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Ube2i-213ENSMUST00000174031 824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Nnat-201ENSMUST00000088484 458 ntTSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Cops9-201ENSMUST00000097642 438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Vmn1r17-205ENSMUST00000228342 2230 ntAPPRIS P2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Nrxn2-208ENSMUST00000137166 6314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Tex264-203ENSMUST00000169068 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Gp1bb-202ENSMUST00000167388 1847 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Foxf2-201ENSMUST00000042054 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 March2-206ENSMUST00000173329 2566 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 a-201ENSMUST00000029123 731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Ciapin1-201ENSMUST00000034233 1807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Capzb-204ENSMUST00000102508 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Paqr6-204ENSMUST00000147991 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Kdm3b-201ENSMUST00000043775 6363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Gm38399-201ENSMUST00000112103 1645 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Ets1-202ENSMUST00000050797 1976 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Lypla2-202ENSMUST00000105852 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 AA386476-201ENSMUST00000098781 1665 ntBASIC19.28■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Suz12-201ENSMUST00000017692 4373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Stx1a-201ENSMUST00000005509 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 1110004F10Rik-202ENSMUST00000106607 1153 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Gm13181-201ENSMUST00000120117 1069 ntBASIC19.28■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Smn1-201ENSMUST00000022147 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Olfm2-204ENSMUST00000217198 2005 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.28■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Acvrl1-202ENSMUST00000117984 1852 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Cenpb-201ENSMUST00000089510 4886 ntAPPRIS P1 BASIC19.28■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Aars-201ENSMUST00000034441 5750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Wnt16-201ENSMUST00000031681 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Cdc37l1-205ENSMUST00000224599 1769 ntBASIC19.27■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Gxylt1-201ENSMUST00000049484 6611 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Gm26524-201ENSMUST00000192339 390 ntBASIC19.27■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Timp4-202ENSMUST00000205131 945 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Gm45121-201ENSMUST00000205396 1153 ntTSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 4833428L15Rik-202ENSMUST00000215652 641 ntTSL 3 BASIC19.27■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 AC154266.1-201ENSMUST00000223190 503 ntBASIC19.27■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Rab3c-203ENSMUST00000224180 967 ntBASIC19.27■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Anapc16-201ENSMUST00000020307 1379 ntTSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Gm19531-201ENSMUST00000216737 1377 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
Lmx1aQ9JKU8 Clip1-205ENSMUST00000111566 6133 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Uckl1os-201ENSMUST00000122831 2018 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Kmt5b-216ENSMUST00000176926 1551 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Gpr162-201ENSMUST00000046893 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Neo1-202ENSMUST00000214547 5414 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 32.4 ms