Protein–RNA interactions for Protein: Q3TIX9

Usp39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, mousemouse

Predictions only

Length 564 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp39Q3TIX9 Ly6h-201ENSMUST00000023241 906 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
Usp39Q3TIX9 Upf1-201ENSMUST00000075666 4618 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Usp39Q3TIX9 Ints6-201ENSMUST00000053959 4993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Usp39Q3TIX9 Snx5-202ENSMUST00000110030 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Usp39Q3TIX9 Arhgap21-201ENSMUST00000114594 7351 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
Usp39Q3TIX9 Tomm40-202ENSMUST00000093552 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Usp39Q3TIX9 Adgrl1-207ENSMUST00000141158 8181 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Usp39Q3TIX9 Cacul1-202ENSMUST00000111460 5561 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Usp39Q3TIX9 Nudt19-201ENSMUST00000040962 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Usp39Q3TIX9 Numbl-201ENSMUST00000079258 2760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Usp39Q3TIX9 Aen-202ENSMUST00000107423 2230 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
Usp39Q3TIX9 Atf1-201ENSMUST00000023769 2365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Usp39Q3TIX9 Klhdc3-202ENSMUST00000165007 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Usp39Q3TIX9 Serbp1-212ENSMUST00000204294 717 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
Usp39Q3TIX9 Gp1bb-201ENSMUST00000051160 645 ntAPPRIS P3 BASIC18.54■□□□□ 0.56
Usp39Q3TIX9 Gm1673-201ENSMUST00000094869 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Usp39Q3TIX9 Slc25a4-201ENSMUST00000034049 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Usp39Q3TIX9 Hat1-202ENSMUST00000112122 1899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
Usp39Q3TIX9 Pdzd3-201ENSMUST00000034618 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Usp39Q3TIX9 Nxph4-201ENSMUST00000095266 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Usp39Q3TIX9 Tmem55b-205ENSMUST00000160835 2755 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Usp39Q3TIX9 Tmem164-201ENSMUST00000087333 5149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Usp39Q3TIX9 Ildr2-204ENSMUST00000192732 2263 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Usp39Q3TIX9 Tmem132d-201ENSMUST00000044441 6139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Usp39Q3TIX9 Rasgef1a-201ENSMUST00000164960 3284 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
Usp39Q3TIX9 Polr1d-202ENSMUST00000110557 1137 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Usp39Q3TIX9 Hotairm1-201ENSMUST00000129546 409 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Usp39Q3TIX9 Nkx2-3-201ENSMUST00000057178 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Usp39Q3TIX9 Cdk11b-202ENSMUST00000105598 2673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Usp39Q3TIX9 Eefsec-206ENSMUST00000205179 2208 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Usp39Q3TIX9 Mfsd6-205ENSMUST00000156876 4932 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
Usp39Q3TIX9 Tmem222-201ENSMUST00000105907 1484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Usp39Q3TIX9 Rhoa-201ENSMUST00000007959 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Usp39Q3TIX9 Ascl4-202ENSMUST00000170396 2016 ntAPPRIS P1 BASIC18.52■□□□□ 0.56
Usp39Q3TIX9 Pianp-201ENSMUST00000032479 2250 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Usp39Q3TIX9 Hoxd3-201ENSMUST00000047830 2292 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
Usp39Q3TIX9 Twist2-202ENSMUST00000186075 2525 ntAPPRIS P1 BASIC18.52■□□□□ 0.56
Usp39Q3TIX9 Cdk5r2-201ENSMUST00000160379 2799 ntAPPRIS P1 BASIC18.52■□□□□ 0.56
Usp39Q3TIX9 Tm2d1-202ENSMUST00000102793 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Usp39Q3TIX9 Gng5-203ENSMUST00000119130 593 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
Usp39Q3TIX9 Siglec15-201ENSMUST00000170760 1156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Usp39Q3TIX9 Apoe-205ENSMUST00000173739 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Usp39Q3TIX9 Apoe-209ENSMUST00000174355 1104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
Usp39Q3TIX9 Gm8495-201ENSMUST00000188740 694 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
Usp39Q3TIX9 AC154266.1-201ENSMUST00000223190 503 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
Usp39Q3TIX9 Apoe-201ENSMUST00000003066 1128 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
Usp39Q3TIX9 4732440D04Rik-203ENSMUST00000191825 5428 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
Usp39Q3TIX9 Gm45640-201ENSMUST00000210665 1896 ntBASIC18.52■□□□□ 0.55
Usp39Q3TIX9 Nr2f1-201ENSMUST00000091458 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Usp39Q3TIX9 Cd24a-201ENSMUST00000058714 1816 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Usp39Q3TIX9 Tmem123-201ENSMUST00000052865 2907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Usp39Q3TIX9 Ascl1-201ENSMUST00000020243 2481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Usp39Q3TIX9 Gm21964-202ENSMUST00000213641 1649 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
Usp39Q3TIX9 Cdk4-201ENSMUST00000006911 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Usp39Q3TIX9 Rnaseh2b-201ENSMUST00000022499 1494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Usp39Q3TIX9 Nsfl1c-202ENSMUST00000089140 1486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
Usp39Q3TIX9 Meis3-205ENSMUST00000176506 1839 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Usp39Q3TIX9 Ehmt2-201ENSMUST00000013931 4026 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Usp39Q3TIX9 Slc30a9-201ENSMUST00000113676 5648 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Usp39Q3TIX9 Nptx1-201ENSMUST00000026670 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Usp39Q3TIX9 Tspan5-201ENSMUST00000029800 6653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Usp39Q3TIX9 Tbc1d25-204ENSMUST00000172020 2441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Usp39Q3TIX9 Sept7-201ENSMUST00000115272 2533 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
Usp39Q3TIX9 Sra1-201ENSMUST00000001415 2061 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
Usp39Q3TIX9 Sco1-202ENSMUST00000108690 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Usp39Q3TIX9 Wasf3-201ENSMUST00000016143 5196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Usp39Q3TIX9 Gm3448-203ENSMUST00000179539 787 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Usp39Q3TIX9 0610039K10Rik-202ENSMUST00000184724 952 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
Usp39Q3TIX9 Slc35b2-207ENSMUST00000226086 850 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
Usp39Q3TIX9 Gm3448-201ENSMUST00000097399 787 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Usp39Q3TIX9 Pdzd8-201ENSMUST00000099274 7076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Usp39Q3TIX9 Ago4-201ENSMUST00000084289 6537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Usp39Q3TIX9 Ppp1cb-201ENSMUST00000015100 5962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Usp39Q3TIX9 5033417F24Rik-201ENSMUST00000181575 1787 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Usp39Q3TIX9 Cd37-204ENSMUST00000209779 2541 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Usp39Q3TIX9 Wipi2-202ENSMUST00000110778 1959 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
Usp39Q3TIX9 Hhipl1-201ENSMUST00000021685 5174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Usp39Q3TIX9 Gm3667-201ENSMUST00000171906 2053 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
Usp39Q3TIX9 Cebpg-202ENSMUST00000130491 4709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Usp39Q3TIX9 Fblim1-202ENSMUST00000105784 3036 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
Usp39Q3TIX9 Arpc2-202ENSMUST00000113819 1313 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
Usp39Q3TIX9 9530068E07Rik-202ENSMUST00000109057 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Usp39Q3TIX9 Foxa2-201ENSMUST00000047315 2128 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Usp39Q3TIX9 Tmem9-202ENSMUST00000117950 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
Usp39Q3TIX9 Pkig-204ENSMUST00000126182 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
Usp39Q3TIX9 Arl6ip4-201ENSMUST00000031351 1192 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Usp39Q3TIX9 Gm3448-202ENSMUST00000097400 747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
Usp39Q3TIX9 Rcor3-203ENSMUST00000192128 1578 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Usp39Q3TIX9 6820408C15Rik-201ENSMUST00000039961 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Usp39Q3TIX9 Fkbp1a-201ENSMUST00000044011 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Usp39Q3TIX9 Stoml1-201ENSMUST00000034883 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Usp39Q3TIX9 Clk3-201ENSMUST00000065330 2496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Usp39Q3TIX9 Gramd1a-201ENSMUST00000001280 2713 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Usp39Q3TIX9 Donson-202ENSMUST00000114031 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
Usp39Q3TIX9 Twist2-201ENSMUST00000007949 1329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Usp39Q3TIX9 Csnk1a1-210ENSMUST00000170862 2259 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
Usp39Q3TIX9 Hyal2-207ENSMUST00000195752 2062 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
Usp39Q3TIX9 Gm13830-204ENSMUST00000149609 1851 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Usp39Q3TIX9 Atad2b-201ENSMUST00000045664 8035 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
Usp39Q3TIX9 E2f1-202ENSMUST00000103145 2732 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 38.7 ms