Protein–RNA interactions for Protein: Q62318

Trim28, Transcription intermediary factor 1-beta, mousemouse

Predictions only

Length 834 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim28Q62318 Ntn5-201ENSMUST00000107742 1574 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
Trim28Q62318 Ptov1-201ENSMUST00000046575 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
Trim28Q62318 Htatip2-202ENSMUST00000207895 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
Trim28Q62318 Coq9-201ENSMUST00000034234 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
Trim28Q62318 Arhgap8-201ENSMUST00000006029 1527 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
Trim28Q62318 Nespas-201ENSMUST00000143738 1083 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
Trim28Q62318 A830035A12Rik-201ENSMUST00000147445 861 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
Trim28Q62318 Tex30-212ENSMUST00000152239 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
Trim28Q62318 Mcl1-202ENSMUST00000178686 858 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
Trim28Q62318 Nt5c-201ENSMUST00000021082 858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
Trim28Q62318 Chst12-201ENSMUST00000043050 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
Trim28Q62318 Stx3-202ENSMUST00000069285 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
Trim28Q62318 Hoxb6-201ENSMUST00000000704 1321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
Trim28Q62318 Pex16-201ENSMUST00000028650 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
Trim28Q62318 Nphp1-202ENSMUST00000110357 2296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
Trim28Q62318 Tecr-203ENSMUST00000165740 1120 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
Trim28Q62318 AC167978.1-201ENSMUST00000182488 456 ntTSL 3 BASIC25.32■■□□□ 1.64
Trim28Q62318 a-201ENSMUST00000029123 731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
Trim28Q62318 Rtl8b-201ENSMUST00000088778 1232 ntAPPRIS P1 BASIC25.32■■□□□ 1.64
Trim28Q62318 Kcnip2-202ENSMUST00000079431 2302 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
Trim28Q62318 Rab7-202ENSMUST00000113596 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
Trim28Q62318 Mpp6-201ENSMUST00000036225 1896 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
Trim28Q62318 Klrg2-201ENSMUST00000096030 2276 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
Trim28Q62318 Tedc1-201ENSMUST00000049271 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
Trim28Q62318 6430500D05Rik-201ENSMUST00000198286 1176 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
Trim28Q62318 Gm45121-201ENSMUST00000205396 1153 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
Trim28Q62318 Gm46218-201ENSMUST00000215448 801 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
Trim28Q62318 Uqcc2-201ENSMUST00000025045 500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
Trim28Q62318 Rasgrp2-206ENSMUST00000113472 2124 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
Trim28Q62318 Adrb1-201ENSMUST00000038949 2491 ntAPPRIS P1 BASIC25.3■■□□□ 1.64
Trim28Q62318 Krt79-201ENSMUST00000023799 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
Trim28Q62318 Pdcd7-201ENSMUST00000048184 2419 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
Trim28Q62318 Fdx1l-201ENSMUST00000010348 812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
Trim28Q62318 1700003N22Rik-201ENSMUST00000194834 808 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
Trim28Q62318 Gprc5c-201ENSMUST00000021071 2200 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
Trim28Q62318 Agtpbp1-222ENSMUST00000171606 3037 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
Trim28Q62318 Ppm1n-201ENSMUST00000032560 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
Trim28Q62318 Daxx-202ENSMUST00000170075 2673 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
Trim28Q62318 A230065N10Rik-201ENSMUST00000172178 1028 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
Trim28Q62318 Mir5133-201ENSMUST00000174955 77 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
Trim28Q62318 Brsk1-201ENSMUST00000048248 2996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
Trim28Q62318 Tsen54-202ENSMUST00000106481 1862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
Trim28Q62318 Yeats4-201ENSMUST00000020382 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
Trim28Q62318 Hmx2-202ENSMUST00000183219 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
Trim28Q62318 Gm45640-201ENSMUST00000210665 1896 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
Trim28Q62318 Romo1-202ENSMUST00000109597 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
Trim28Q62318 Sphk1-203ENSMUST00000100201 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
Trim28Q62318 Ube2d-ps-204ENSMUST00000137510 1846 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
Trim28Q62318 Idnk-202ENSMUST00000109868 1462 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
Trim28Q62318 9130221H12Rik-201ENSMUST00000169914 1465 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
Trim28Q62318 Dmwd-202ENSMUST00000108479 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
Trim28Q62318 E030030I06Rik-202ENSMUST00000179054 2081 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
Trim28Q62318 Zfp444-203ENSMUST00000108566 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
Trim28Q62318 Gm7290-201ENSMUST00000104990 617 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
Trim28Q62318 Gm12918-201ENSMUST00000120234 636 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
Trim28Q62318 Gm15710-201ENSMUST00000121821 636 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
Trim28Q62318 Gm53-201ENSMUST00000129907 1172 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
Trim28Q62318 Gm5075-201ENSMUST00000196916 622 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
Trim28Q62318 Rpl13-ps6-201ENSMUST00000079761 636 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
Trim28Q62318 Rpl13-ps3-201ENSMUST00000079960 624 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
Trim28Q62318 Etv4-202ENSMUST00000107176 2377 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
Trim28Q62318 Runx1-203ENSMUST00000168195 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
Trim28Q62318 Mpz-201ENSMUST00000070758 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
Trim28Q62318 Flot2-203ENSMUST00000100784 2699 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
Trim28Q62318 Gm34220-201ENSMUST00000223001 2709 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
Trim28Q62318 Barx2-201ENSMUST00000116615 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
Trim28Q62318 Gm6365-201ENSMUST00000054711 744 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
Trim28Q62318 Sptssa-201ENSMUST00000056228 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
Trim28Q62318 Ctf1-201ENSMUST00000047393 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
Trim28Q62318 Lmbr1l-201ENSMUST00000023736 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
Trim28Q62318 Sh3rf1-201ENSMUST00000034060 5479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
Trim28Q62318 Tuba3a-201ENSMUST00000088246 1509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
Trim28Q62318 Foxg1-201ENSMUST00000021333 2941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
Trim28Q62318 Cyp4f13-201ENSMUST00000075253 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
Trim28Q62318 Kcnn4-202ENSMUST00000205428 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
Trim28Q62318 Tmem79-202ENSMUST00000107552 2063 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
Trim28Q62318 Ptpre-202ENSMUST00000209256 2593 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
Trim28Q62318 Anapc13-204ENSMUST00000190279 589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
Trim28Q62318 AC175538.2-202ENSMUST00000224997 1057 ntAPPRIS P1 BASIC25.25■■□□□ 1.63
Trim28Q62318 Skor2-201ENSMUST00000166956 3141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
Trim28Q62318 Lrrc38-201ENSMUST00000052458 2324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
Trim28Q62318 Eefsec-206ENSMUST00000205179 2208 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
Trim28Q62318 Hsf1-205ENSMUST00000227478 2084 ntAPPRIS P1 BASIC25.24■■□□□ 1.63
Trim28Q62318 Nfe2-201ENSMUST00000075192 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
Trim28Q62318 Mael-201ENSMUST00000038782 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
Trim28Q62318 Crlf2-203ENSMUST00000200284 1405 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
Trim28Q62318 Tssk6-201ENSMUST00000050373 1335 ntAPPRIS P1 BASIC25.24■■□□□ 1.63
Trim28Q62318 2610528J11Rik-202ENSMUST00000106367 736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
Trim28Q62318 Stxbp3-202ENSMUST00000106596 553 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
Trim28Q62318 Ptbp3-204ENSMUST00000140925 606 ntTSL 3 BASIC25.24■■□□□ 1.63
Trim28Q62318 Ssx2ip-203ENSMUST00000106151 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
Trim28Q62318 Sfrp5-201ENSMUST00000018966 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
Trim28Q62318 Mapre3-202ENSMUST00000200692 1816 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
Trim28Q62318 Cd82-201ENSMUST00000028644 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
Trim28Q62318 Matk-204ENSMUST00000120265 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
Trim28Q62318 AC131586.2-201ENSMUST00000228370 1512 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
Trim28Q62318 Chn2-201ENSMUST00000046856 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
Trim28Q62318 Dxo-211ENSMUST00000180043 1447 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
Trim28Q62318 Ppt2-204ENSMUST00000168391 1342 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
Trim28Q62318 Boll-203ENSMUST00000159398 658 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 22.7 ms