Protein–RNA interactions for Protein: Q9JKE1

Trem3, TREM-3, mousemouse

Predictions only

Length 183 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trem3Q9JKE1 Gm42501-201ENSMUST00000200220 1026 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Ech1-201ENSMUST00000066264 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Enah-203ENSMUST00000111025 3385 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Meis3-205ENSMUST00000176506 1839 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Sept7-201ENSMUST00000115272 2533 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Scamp3-202ENSMUST00000098941 1338 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Cep57-209ENSMUST00000148086 2467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Arid1a-202ENSMUST00000105897 8175 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Vegfa-207ENSMUST00000142351 1973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Klhdc3-202ENSMUST00000165007 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Mrpl38-201ENSMUST00000106439 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Snx21-206ENSMUST00000174070 1446 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Foxf2-201ENSMUST00000042054 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Setd3-201ENSMUST00000071095 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Rps19bp1-201ENSMUST00000052499 830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 AA386476-201ENSMUST00000098781 1665 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Wdsub1-201ENSMUST00000028368 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Wnt10a-201ENSMUST00000006718 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Lrfn4-202ENSMUST00000113822 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Eif4h-205ENSMUST00000202622 2726 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Scaf11-201ENSMUST00000047835 5766 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Stk11-201ENSMUST00000003152 2566 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Rrad-201ENSMUST00000034351 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Gnptab-201ENSMUST00000020251 5390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Fmnl2-203ENSMUST00000090952 5414 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Uck1-201ENSMUST00000002625 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Cd24a-201ENSMUST00000058714 1816 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Rabgap1l-216ENSMUST00000195442 1877 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Nsmf-206ENSMUST00000114388 2781 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Nus1-201ENSMUST00000023830 4605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Sfrp5-201ENSMUST00000018966 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Rab7-205ENSMUST00000113600 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Sumf1-203ENSMUST00000167338 1044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 D830036C21Rik-202ENSMUST00000208263 1548 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Dio3-202ENSMUST00000173014 2030 ntAPPRIS P1 BASIC15.61■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Ildr2-204ENSMUST00000192732 2263 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Clcn4-206ENSMUST00000210594 2539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 AC126028.2-201ENSMUST00000228100 1833 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Iars2-203ENSMUST00000110975 2801 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Csnk1a1-210ENSMUST00000170862 2259 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Derl2-207ENSMUST00000171041 1466 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Zfp644-204ENSMUST00000112696 5785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Golga5-202ENSMUST00000179218 2827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Spg7-209ENSMUST00000149248 2896 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Kcnip2-209ENSMUST00000162528 2395 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 3110082J24Rik-202ENSMUST00000199573 767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Fam78b-205ENSMUST00000165874 4986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Chtop-204ENSMUST00000107342 2411 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Mast4-205ENSMUST00000166726 5968 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Slc30a9-204ENSMUST00000162372 5711 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Ahcyl2-204ENSMUST00000115242 5152 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Cd248-201ENSMUST00000070630 2560 ntAPPRIS P1 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Itsn1-206ENSMUST00000113999 5393 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Hoxa5-201ENSMUST00000048794 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Eefsec-206ENSMUST00000205179 2208 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Adamtsl5-201ENSMUST00000095446 1957 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Ubr5-201ENSMUST00000110336 9242 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Rgs10-205ENSMUST00000145739 564 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Slc39a5-202ENSMUST00000167859 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Egln1-201ENSMUST00000034469 3594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Dip2c-203ENSMUST00000174552 8023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Gng12-202ENSMUST00000114222 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Plin1-202ENSMUST00000178257 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Inppl1-202ENSMUST00000165052 4730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Ankrd9-204ENSMUST00000140788 1451 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Shisa7-203ENSMUST00000119433 3481 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
Trem3Q9JKE1 Sbspon-201ENSMUST00000040695 2748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Trem3Q9JKE1 Def6-201ENSMUST00000002327 2277 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Trem3Q9JKE1 Clta-204ENSMUST00000107849 1099 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Trem3Q9JKE1 Clta-205ENSMUST00000107851 1135 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
Trem3Q9JKE1 H2-Q7-204ENSMUST00000116598 1134 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
Trem3Q9JKE1 Fam89b-201ENSMUST00000099955 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Trem3Q9JKE1 4732440D04Rik-203ENSMUST00000191825 5428 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
Trem3Q9JKE1 Shkbp1-201ENSMUST00000003857 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Trem3Q9JKE1 Fbxo27-203ENSMUST00000108281 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Trem3Q9JKE1 Psmd11-214ENSMUST00000173938 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Trem3Q9JKE1 Eif2b4-212ENSMUST00000202758 1767 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
Trem3Q9JKE1 Mtmr1-202ENSMUST00000114601 4640 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
Trem3Q9JKE1 Cdh4-201ENSMUST00000000314 6388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Trem3Q9JKE1 Mall-201ENSMUST00000028856 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Trem3Q9JKE1 Gm3667-201ENSMUST00000171906 2053 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
Trem3Q9JKE1 Trim72-202ENSMUST00000106248 2134 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
Trem3Q9JKE1 Polr1d-202ENSMUST00000110557 1137 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Trem3Q9JKE1 Gt(ROSA)26Sor-201ENSMUST00000124246 1181 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Trem3Q9JKE1 H2-Q5-202ENSMUST00000172979 998 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
Trem3Q9JKE1 Pigx-211ENSMUST00000189013 982 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
Trem3Q9JKE1 Pigx-201ENSMUST00000096109 993 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Trem3Q9JKE1 Rhod-201ENSMUST00000048197 1344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Trem3Q9JKE1 Tifa-201ENSMUST00000054483 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Trem3Q9JKE1 Gm27045-201ENSMUST00000182145 1402 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
Trem3Q9JKE1 Rgs19-201ENSMUST00000002532 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Trem3Q9JKE1 Arhgap27-202ENSMUST00000092557 1504 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
Trem3Q9JKE1 Prss32-201ENSMUST00000061725 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Trem3Q9JKE1 Itga9-201ENSMUST00000044165 7020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Trem3Q9JKE1 Gnpda1-201ENSMUST00000063814 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
Trem3Q9JKE1 Gls2-201ENSMUST00000044776 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
Trem3Q9JKE1 Yjefn3-202ENSMUST00000152938 785 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
Trem3Q9JKE1 Gm5522-201ENSMUST00000189483 1242 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
Trem3Q9JKE1 5930403N24Rik-204ENSMUST00000217338 337 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
Trem3Q9JKE1 Socs1-201ENSMUST00000038099 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 53.2 ms