Protein–RNA interactions for Protein: Q9ER60

Scn4a, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, mousemouse

Predictions only

Length 1,841 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Scn4aQ9ER60 Golga7-201ENSMUST00000051094 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
Scn4aQ9ER60 Ubl3-204ENSMUST00000201595 2064 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.27■■□□□ 1.96
Scn4aQ9ER60 Gm14464-201ENSMUST00000119658 1254 ntBASIC27.27■■□□□ 1.96
Scn4aQ9ER60 Cox7a2l-202ENSMUST00000167741 1147 ntTSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
Scn4aQ9ER60 Eif1b-201ENSMUST00000007139 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
Scn4aQ9ER60 Hnrnpa3-204ENSMUST00000111964 1654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
Scn4aQ9ER60 Kcnn4-203ENSMUST00000205626 461 ntTSL 5 BASIC27.26■■□□□ 1.95
Scn4aQ9ER60 Mrpl28-201ENSMUST00000025014 1048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
Scn4aQ9ER60 Xbp1-201ENSMUST00000063084 2129 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
Scn4aQ9ER60 Abhd12-201ENSMUST00000056149 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
Scn4aQ9ER60 Cdc37l1-205ENSMUST00000224599 1769 ntBASIC27.25■■□□□ 1.95
Scn4aQ9ER60 Utp11-201ENSMUST00000030738 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
Scn4aQ9ER60 Lce1m-201ENSMUST00000029520 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
Scn4aQ9ER60 D930007J09Rik-201ENSMUST00000057911 393 ntAPPRIS P1 BASIC27.25■■□□□ 1.95
Scn4aQ9ER60 Mbp-208ENSMUST00000114676 1685 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
Scn4aQ9ER60 Vti1b-201ENSMUST00000055262 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
Scn4aQ9ER60 Gm13441-201ENSMUST00000140104 1168 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
Scn4aQ9ER60 Pabpn1-205ENSMUST00000141446 912 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.24■■□□□ 1.95
Scn4aQ9ER60 Gm45121-201ENSMUST00000205396 1153 ntTSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
Scn4aQ9ER60 Zfpl1-201ENSMUST00000025707 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
Scn4aQ9ER60 Mob2-201ENSMUST00000084418 1490 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
Scn4aQ9ER60 Rint1-204ENSMUST00000117783 560 ntTSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
Scn4aQ9ER60 Bcl10-201ENSMUST00000029842 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
Scn4aQ9ER60 Rcbtb2-217ENSMUST00000167401 868 ntTSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
Scn4aQ9ER60 Arid3c-204ENSMUST00000171251 1751 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
Scn4aQ9ER60 Kazald1-202ENSMUST00000111948 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
Scn4aQ9ER60 Syap1-201ENSMUST00000033723 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
Scn4aQ9ER60 Hdac1-201ENSMUST00000102597 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
Scn4aQ9ER60 Prss16-204ENSMUST00000150547 1159 ntTSL 3 BASIC27.22■■□□□ 1.95
Scn4aQ9ER60 Lsm1-203ENSMUST00000211168 343 ntTSL 3 BASIC27.22■■□□□ 1.95
Scn4aQ9ER60 Igfbp3-202ENSMUST00000135887 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
Scn4aQ9ER60 9130024F11Rik-201ENSMUST00000135238 1300 ntTSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
Scn4aQ9ER60 Tmem80-202ENSMUST00000126510 959 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.21■■□□□ 1.95
Scn4aQ9ER60 Pfdn6-201ENSMUST00000025163 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
Scn4aQ9ER60 Trim47-201ENSMUST00000021120 2204 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
Scn4aQ9ER60 Capg-202ENSMUST00000114071 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
Scn4aQ9ER60 Vim-206ENSMUST00000193675 1777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.21■■□□□ 1.95
Scn4aQ9ER60 Nhlrc1-201ENSMUST00000052747 2294 ntAPPRIS P1 BASIC27.21■■□□□ 1.95
Scn4aQ9ER60 Prdm11-205ENSMUST00000178666 1870 ntTSL 5 BASIC27.21■■□□□ 1.95
Scn4aQ9ER60 Mdfi-203ENSMUST00000113280 1281 ntTSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.95
Scn4aQ9ER60 AC163280.1-201ENSMUST00000228194 1100 ntBASIC27.2■■□□□ 1.95
Scn4aQ9ER60 Unc50-201ENSMUST00000027285 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
Scn4aQ9ER60 Spint1-202ENSMUST00000110816 1913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.95
Scn4aQ9ER60 Hdhd2-206ENSMUST00000145634 1585 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.95
Scn4aQ9ER60 Kcnn2-203ENSMUST00000169783 1625 ntTSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
Scn4aQ9ER60 Arrb2-205ENSMUST00000108568 1777 ntTSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
Scn4aQ9ER60 Rnf8-201ENSMUST00000024817 2077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
Scn4aQ9ER60 Gm7889-201ENSMUST00000185591 958 ntBASIC27.2■■□□□ 1.94
Scn4aQ9ER60 Fgf8-201ENSMUST00000026240 1117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
Scn4aQ9ER60 Dxo-201ENSMUST00000046244 1519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
Scn4aQ9ER60 4930518J20Rik-201ENSMUST00000195064 1478 ntBASIC27.19■■□□□ 1.94
Scn4aQ9ER60 Pacsin3-215ENSMUST00000168916 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
Scn4aQ9ER60 Pacsin3-201ENSMUST00000028694 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
Scn4aQ9ER60 Morf4l1-201ENSMUST00000085248 1882 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
Scn4aQ9ER60 H2-Q6-201ENSMUST00000113879 981 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
Scn4aQ9ER60 Atf7ip2-204ENSMUST00000119023 1048 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
Scn4aQ9ER60 Gm32151-201ENSMUST00000223521 915 ntTSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
Scn4aQ9ER60 Gimap1-201ENSMUST00000054368 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
Scn4aQ9ER60 Ezh2-203ENSMUST00000114616 2670 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
Scn4aQ9ER60 Tradd-201ENSMUST00000034359 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
Scn4aQ9ER60 Fam229a-201ENSMUST00000106043 558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
Scn4aQ9ER60 Lrrc75a-201ENSMUST00000057194 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
Scn4aQ9ER60 Mogs-201ENSMUST00000032114 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
Scn4aQ9ER60 Fez1-201ENSMUST00000034630 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
Scn4aQ9ER60 Shc4-202ENSMUST00000110477 1988 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
Scn4aQ9ER60 Dalrd3-201ENSMUST00000019183 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
Scn4aQ9ER60 Gm11973-203ENSMUST00000155498 867 ntTSL 3 BASIC27.18■■□□□ 1.94
Scn4aQ9ER60 Shisa5-202ENSMUST00000112059 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
Scn4aQ9ER60 Tmem80-206ENSMUST00000133012 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
Scn4aQ9ER60 Tekt5-202ENSMUST00000115831 1277 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
Scn4aQ9ER60 Gm13158-201ENSMUST00000122007 736 ntBASIC27.17■■□□□ 1.94
Scn4aQ9ER60 Lrg1-201ENSMUST00000041357 1351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
Scn4aQ9ER60 Ier5l-201ENSMUST00000065134 2683 ntAPPRIS P1 BASIC27.17■■□□□ 1.94
Scn4aQ9ER60 Gm20033-201ENSMUST00000180470 572 ntTSL 3 BASIC27.16■■□□□ 1.94
Scn4aQ9ER60 Psenen-201ENSMUST00000043898 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
Scn4aQ9ER60 Trim27-207ENSMUST00000223065 2046 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
Scn4aQ9ER60 Tppp3-201ENSMUST00000014990 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
Scn4aQ9ER60 Fgf2os-201ENSMUST00000153785 1441 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
Scn4aQ9ER60 9130221H12Rik-201ENSMUST00000169914 1465 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
Scn4aQ9ER60 Aire-203ENSMUST00000105396 1749 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
Scn4aQ9ER60 Aire-214ENSMUST00000154374 1712 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
Scn4aQ9ER60 Aire-215ENSMUST00000155021 1737 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
Scn4aQ9ER60 1700065D16Rik-204ENSMUST00000189348 1540 ntTSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
Scn4aQ9ER60 Gm16731-201ENSMUST00000132432 922 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
Scn4aQ9ER60 Hist1h2aj-201ENSMUST00000091710 352 ntBASIC27.15■■□□□ 1.94
Scn4aQ9ER60 Foxd2-201ENSMUST00000068654 2592 ntAPPRIS P1 BASIC27.15■■□□□ 1.94
Scn4aQ9ER60 Rpf2-201ENSMUST00000045114 1853 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
Scn4aQ9ER60 Paqr3-201ENSMUST00000069453 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
Scn4aQ9ER60 En1-201ENSMUST00000079721 2624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
Scn4aQ9ER60 Gm15138-201ENSMUST00000151778 379 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
Scn4aQ9ER60 Kmt5b-216ENSMUST00000176926 1551 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.14■■□□□ 1.94
Scn4aQ9ER60 Gm5913-201ENSMUST00000119397 1399 ntBASIC27.14■■□□□ 1.93
Scn4aQ9ER60 Cisd2-202ENSMUST00000120988 1363 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
Scn4aQ9ER60 Zar1-201ENSMUST00000073528 1429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
Scn4aQ9ER60 Snca-201ENSMUST00000114268 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
Scn4aQ9ER60 E2f1-201ENSMUST00000000894 2755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
Scn4aQ9ER60 Spast-202ENSMUST00000224711 2066 ntAPPRIS ALT2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
Scn4aQ9ER60 Gyg-201ENSMUST00000118015 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
Scn4aQ9ER60 Dedd-203ENSMUST00000111299 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
Scn4aQ9ER60 Gm11527-201ENSMUST00000153795 596 ntTSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 13.2 ms