Protein–RNA interactions for Protein: P11260

Lire1, LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein, mousemouse

Predictions only

Length 357 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lire1P11260 Cacng7-201ENSMUST00000092891 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Nadk2-201ENSMUST00000067760 3731 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Asap2-202ENSMUST00000064595 5678 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Paip2-204ENSMUST00000115736 857 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.11■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Thap8-201ENSMUST00000014072 1182 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Tcte2-209ENSMUST00000143162 1221 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Rnf187-202ENSMUST00000217262 711 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Lire1P11260 AC164441.1-202ENSMUST00000223430 442 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
Lire1P11260 9130213A22Rik-201ENSMUST00000180487 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Zfp287-205ENSMUST00000150336 1605 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Slc25a38-201ENSMUST00000035106 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Rasgrp2-206ENSMUST00000113472 2124 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Qrich1-206ENSMUST00000193258 2291 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Rnf112-201ENSMUST00000054927 3086 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Slc16a7-205ENSMUST00000210780 2562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Ascl1-201ENSMUST00000020243 2481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Trp53rka-201ENSMUST00000039007 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Gm13448-201ENSMUST00000143469 1847 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Slc35a2-201ENSMUST00000096514 1757 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Ppfia1-201ENSMUST00000168134 5181 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Lire1P11260 E130208F15Rik-201ENSMUST00000098585 1733 ntAPPRIS P1 BASIC18.1■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Ankrd9-204ENSMUST00000140788 1451 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC18.1■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Snrpa-201ENSMUST00000080356 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Tmem9-202ENSMUST00000117950 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Gm4285-201ENSMUST00000131222 902 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Gm15908-201ENSMUST00000154345 1091 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Gm13790-201ENSMUST00000156209 473 ntTSL 3 BASIC18.1■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Mir7075-201ENSMUST00000184187 82 ntBASIC18.1■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Krt8-ps-201ENSMUST00000208495 945 ntBASIC18.1■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Gltpd2-201ENSMUST00000057685 1216 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Tmod1-201ENSMUST00000107773 3158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Eml4-203ENSMUST00000112363 5238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Rnf26-208ENSMUST00000185479 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Ctdsp2-202ENSMUST00000105256 4817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Paqr4-201ENSMUST00000024702 2507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Kctd20-204ENSMUST00000122163 2423 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Col4a3bp-202ENSMUST00000109444 5285 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Fbxw2-201ENSMUST00000028220 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Txnl4a-204ENSMUST00000145963 1756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Mxi1-201ENSMUST00000003870 5156 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Crocc-211ENSMUST00000168157 6244 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Shisa6-201ENSMUST00000066679 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Tsc22d1-203ENSMUST00000101618 1043 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Lire1P11260 BC004004-202ENSMUST00000120346 1297 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Ppp4r1l-ps-204ENSMUST00000140992 367 ntTSL 3 BASIC18.09■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Gm29442-201ENSMUST00000188725 724 ntTSL 3 BASIC18.09■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Rab42-201ENSMUST00000040411 761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Kdm3b-204ENSMUST00000224715 2032 ntBASIC18.09■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Iqsec2-207ENSMUST00000168786 5993 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Plekhg3-201ENSMUST00000075249 5138 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Tob1-201ENSMUST00000041589 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Tmem114-201ENSMUST00000023400 1406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
Lire1P11260 Krt8-201ENSMUST00000023952 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Rhbdd3-202ENSMUST00000101610 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
Lire1P11260 E130218I03Rik-201ENSMUST00000122952 943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Usf2-211ENSMUST00000172417 648 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Gm26881-201ENSMUST00000180426 593 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Gorasp2-201ENSMUST00000028509 2238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Zmiz2-201ENSMUST00000012612 4199 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Rbfox3-204ENSMUST00000106278 1542 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Ubtd1-201ENSMUST00000026170 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Grip1-201ENSMUST00000041962 5343 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Rspo1-201ENSMUST00000030687 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Slc35a2-209ENSMUST00000208397 1374 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Spint2-201ENSMUST00000098604 1384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Irgq-201ENSMUST00000049020 6083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Anp32a-201ENSMUST00000085519 2113 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Foxo3-202ENSMUST00000105501 1316 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Dapk1-207ENSMUST00000226059 5009 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Tbcel-201ENSMUST00000066148 5000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Wdfy1-202ENSMUST00000113510 704 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Wdfy1-203ENSMUST00000113511 704 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
Lire1P11260 AB124611-203ENSMUST00000173769 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Kiss1-204ENSMUST00000194044 583 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Kiss1-205ENSMUST00000195286 656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Selenos-205ENSMUST00000206575 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Wdfy1-201ENSMUST00000048820 717 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Capn1-202ENSMUST00000164843 3048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Sort1-203ENSMUST00000135636 6836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Cbx3-201ENSMUST00000031862 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Morf4l1-202ENSMUST00000169860 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Enpp1-202ENSMUST00000105520 6777 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Gm26646-201ENSMUST00000180715 1490 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Grk6-206ENSMUST00000224995 2971 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
Lire1P11260 2310015A10Rik-201ENSMUST00000180643 1399 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Rell2-202ENSMUST00000091932 1995 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Nbn-201ENSMUST00000029879 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Nrl-203ENSMUST00000178694 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Bag1-202ENSMUST00000108089 1336 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Dvl3-203ENSMUST00000171572 2493 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Cdkn2a-202ENSMUST00000107131 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Taf3-203ENSMUST00000114907 695 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Rtn4-210ENSMUST00000170731 1272 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Fam168b-208ENSMUST00000191307 844 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Cuta-201ENSMUST00000025027 639 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Trnau1ap-201ENSMUST00000030730 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Hoxa2-201ENSMUST00000014848 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Becn1-217ENSMUST00000172233 1493 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Fbxl6-201ENSMUST00000023219 1712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Donson-203ENSMUST00000117159 2215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 41.8 ms