Protein–RNA interactions for Protein: P18828

Sdc1, Syndecan-1, mousemouse

Predictions only

Length 311 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sdc1P18828 Itgb4-210ENSMUST00000169928 6160 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Tbcel-201ENSMUST00000066148 5000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Pitx1-201ENSMUST00000021968 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Larp1-201ENSMUST00000071487 6614 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Pgam5-201ENSMUST00000059229 2044 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Rragd-203ENSMUST00000098190 5008 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Ntsr2-201ENSMUST00000111064 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Tmprss5-205ENSMUST00000170246 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Rarres1-201ENSMUST00000054825 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Gm527-203ENSMUST00000220993 1090 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Cbx2-201ENSMUST00000026662 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Slc50a1-201ENSMUST00000029565 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Iqsec2-207ENSMUST00000168786 5993 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Cacul1-201ENSMUST00000081790 5790 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Usp36-201ENSMUST00000092382 5609 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Ccdc6-203ENSMUST00000147545 5511 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Trim47-202ENSMUST00000106441 2192 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Ptar1-201ENSMUST00000099560 2064 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Hpse-202ENSMUST00000112908 1958 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Mark2-203ENSMUST00000051711 2867 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Vat1-201ENSMUST00000040430 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Agap3-205ENSMUST00000199856 2685 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 BC017158-201ENSMUST00000033044 2627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Gpc6-204ENSMUST00000125435 2423 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 4930426D05Rik-204ENSMUST00000144487 1393 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Vamp4-206ENSMUST00000150040 901 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Dgcr6-207ENSMUST00000151266 1086 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 4930542C12Rik-201ENSMUST00000171096 1203 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Mon2-202ENSMUST00000073792 9301 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 St7l-201ENSMUST00000059271 5728 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Brms1l-201ENSMUST00000059250 2609 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Akt1s1-204ENSMUST00000107885 1812 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Dtwd2-201ENSMUST00000025383 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Rasl10b-202ENSMUST00000108140 3156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Ago4-201ENSMUST00000084289 6537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Ppp1r3f-201ENSMUST00000115742 3066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Schip1-201ENSMUST00000029346 2201 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Sqstm1-201ENSMUST00000015981 2673 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Nfkbil1-201ENSMUST00000048994 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Dok6-201ENSMUST00000097495 1441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Maff-202ENSMUST00000163691 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Myo1b-203ENSMUST00000114537 4618 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Dgke-202ENSMUST00000107894 8347 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Vegfa-212ENSMUST00000214739 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Cblc-202ENSMUST00000108449 1514 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Plin1-201ENSMUST00000032762 1916 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Pqlc3-201ENSMUST00000054536 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Smarca4-201ENSMUST00000034707 6354 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Klhl25-201ENSMUST00000092073 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Gm5602-201ENSMUST00000146366 1763 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Art5-204ENSMUST00000106937 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Erlin1-202ENSMUST00000112028 3136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Gadd45g-201ENSMUST00000021903 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Tpbgl-201ENSMUST00000178124 3022 ntAPPRIS P1 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Zfp692-202ENSMUST00000153510 1887 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Gm45141-201ENSMUST00000206502 1888 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Gm8098-201ENSMUST00000146985 1499 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Rnf112-201ENSMUST00000054927 3086 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 1810010H24Rik-202ENSMUST00000140447 1677 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Mid1-203ENSMUST00000079443 2815 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Sept7-201ENSMUST00000115272 2533 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Ttc34-203ENSMUST00000207854 4733 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Rab34-202ENSMUST00000056241 1558 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Rbfox3-202ENSMUST00000069343 1553 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Cdca4-201ENSMUST00000062092 2425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Kat14-201ENSMUST00000028911 3801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Naif1-201ENSMUST00000048431 4650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Sdc1P18828 Adgra2-201ENSMUST00000033876 5760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
Sdc1P18828 Tmem164-204ENSMUST00000112889 1742 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
Sdc1P18828 C630004M23Rik-201ENSMUST00000194765 1682 ntBASIC16.02■□□□□ 0.15
Sdc1P18828 Ppp2ca-201ENSMUST00000020608 7102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Sdc1P18828 Sort1-203ENSMUST00000135636 6836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Sdc1P18828 Obsl1-202ENSMUST00000113567 5679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Sdc1P18828 Gnpda1-201ENSMUST00000063814 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Sdc1P18828 Nmnat3-202ENSMUST00000112937 1898 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Sdc1P18828 U2af2-209ENSMUST00000209099 2088 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Sdc1P18828 Jdp2-201ENSMUST00000050687 1643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Sdc1P18828 Csf2ra-201ENSMUST00000076046 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Sdc1P18828 B3gnt2-202ENSMUST00000062844 3057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Sdc1P18828 Rbm38-201ENSMUST00000029014 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Sdc1P18828 Kiz-201ENSMUST00000099278 2183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Sdc1P18828 Klf1-201ENSMUST00000067060 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Sdc1P18828 Runx2-204ENSMUST00000159943 2316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Sdc1P18828 Srp68-201ENSMUST00000021133 2526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Sdc1P18828 Igsf9b-201ENSMUST00000115247 2857 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Sdc1P18828 Trappc6b-207ENSMUST00000218686 785 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
Sdc1P18828 Exog-202ENSMUST00000164213 2627 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Sdc1P18828 Dixdc1-207ENSMUST00000121634 2420 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
Sdc1P18828 Tnfsf11-201ENSMUST00000022592 2236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Sdc1P18828 Ankrd33b-202ENSMUST00000076942 1641 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Sdc1P18828 Cacfd1-202ENSMUST00000114004 2194 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Sdc1P18828 St3gal2-201ENSMUST00000034197 4396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Sdc1P18828 Zc3h14-202ENSMUST00000057000 3046 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Sdc1P18828 Csnk1a1-210ENSMUST00000170862 2259 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Sdc1P18828 6330420H09Rik-201ENSMUST00000211371 1316 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Sdc1P18828 Ascl4-202ENSMUST00000170396 2016 ntAPPRIS P1 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Sdc1P18828 Nptxr-201ENSMUST00000023057 5004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Sdc1P18828 Gm14207-203ENSMUST00000156538 988 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Sdc1P18828 Fam96b-203ENSMUST00000164884 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Sdc1P18828 Dleu2-201ENSMUST00000180377 1165 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 40.7 ms