Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 Hyal2-203ENSMUST00000193747 1532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Cryzl1-203ENSMUST00000117644 1727 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Aatf-201ENSMUST00000018841 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Bcl10-201ENSMUST00000029842 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Gpatch3-201ENSMUST00000030662 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Adamtsl5-202ENSMUST00000105352 989 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Gm10941-201ENSMUST00000105408 708 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Gm12251-201ENSMUST00000117893 792 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Gamt-201ENSMUST00000020359 979 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Gm18671-201ENSMUST00000214826 683 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Srsf10-203ENSMUST00000102544 2225 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Pla2g12a-201ENSMUST00000029629 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Tysnd1-201ENSMUST00000020284 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Dusp26-205ENSMUST00000170204 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Six5-201ENSMUST00000049454 3007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Exosc4-201ENSMUST00000059045 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Kmt2b-202ENSMUST00000108154 8454 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Tmem132b-201ENSMUST00000031446 7995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Unc5b-201ENSMUST00000077925 5869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Slc35b2-201ENSMUST00000041353 2326 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Ccne1-201ENSMUST00000108023 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Mknk2-205ENSMUST00000200082 3439 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Dhps-201ENSMUST00000078665 1333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Map3k21-201ENSMUST00000034316 5693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Barhl1-203ENSMUST00000113849 2102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Pde7a-202ENSMUST00000099195 6298 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Gm14207-203ENSMUST00000156538 988 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Tor3a-208ENSMUST00000190607 453 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Gm10657-201ENSMUST00000193528 1031 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Emc9-201ENSMUST00000022828 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Ypel3-201ENSMUST00000038614 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Fbxo6-202ENSMUST00000056965 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Nphp1-202ENSMUST00000110357 2296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Tmem263-201ENSMUST00000095383 3616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Mcmbp-202ENSMUST00000119081 2347 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Apoe-206ENSMUST00000174064 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Gm37035-201ENSMUST00000194809 2148 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Letm2-201ENSMUST00000079160 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Tmem64-201ENSMUST00000062684 4670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
ShhQ62226 En2-201ENSMUST00000036177 3539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Arhgap27os2-201ENSMUST00000123812 1390 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Rbm39-202ENSMUST00000109584 667 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Mrpl52-204ENSMUST00000199195 463 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Vamp5-201ENSMUST00000074231 553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
ShhQ62226 A030001D20Rik-201ENSMUST00000211533 1542 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Hfe2-201ENSMUST00000049208 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Map2k1-201ENSMUST00000005066 2436 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Rcor1-201ENSMUST00000084968 5684 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Zbtb7a-203ENSMUST00000119606 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Bmpr1a-201ENSMUST00000049005 5956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
ShhQ62226 Zbtb7a-202ENSMUST00000117956 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
ShhQ62226 Nrxn2-205ENSMUST00000113462 6667 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
ShhQ62226 Dmrta2-201ENSMUST00000061187 2922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
ShhQ62226 Shox2-201ENSMUST00000029422 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
ShhQ62226 1700105P06Rik-201ENSMUST00000186160 1772 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
ShhQ62226 Triobp-202ENSMUST00000109688 2553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
ShhQ62226 Fgfrl1-202ENSMUST00000112560 2318 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
ShhQ62226 Ndufb2-202ENSMUST00000119379 455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
ShhQ62226 Whrn-204ENSMUST00000095037 2419 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
ShhQ62226 Gm10129-202ENSMUST00000193100 1316 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
ShhQ62226 Bhlhe23-201ENSMUST00000108878 2520 ntAPPRIS P1 BASIC18.19■□□□□ 0.5
ShhQ62226 Ppa1-201ENSMUST00000020286 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
ShhQ62226 Hras-201ENSMUST00000026572 2828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
ShhQ62226 Msl3l2-201ENSMUST00000063138 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
ShhQ62226 Art5-204ENSMUST00000106937 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
ShhQ62226 Gm12669-201ENSMUST00000122162 1009 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
ShhQ62226 Gm4553-201ENSMUST00000168049 714 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
ShhQ62226 D630036H23Rik-201ENSMUST00000171007 940 ntAPPRIS P1 BASIC18.19■□□□□ 0.5
ShhQ62226 Gpx1-202ENSMUST00000191997 787 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
ShhQ62226 Gm46218-201ENSMUST00000215448 801 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
ShhQ62226 Cuta-201ENSMUST00000025027 639 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
ShhQ62226 Riox1-201ENSMUST00000053744 2344 ntAPPRIS P1 BASIC18.19■□□□□ 0.5
ShhQ62226 Slc22a23-201ENSMUST00000040336 6251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
ShhQ62226 Ubald2-201ENSMUST00000057676 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
ShhQ62226 Cpne2-202ENSMUST00000109537 2121 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
ShhQ62226 Prmt1-202ENSMUST00000107843 1508 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
ShhQ62226 AC152827.1-201ENSMUST00000221143 2189 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
ShhQ62226 Rxrb-203ENSMUST00000173354 1743 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
ShhQ62226 Rapgefl1-202ENSMUST00000107479 4855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
ShhQ62226 Tfap2e-201ENSMUST00000048194 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
ShhQ62226 1110032F04Rik-201ENSMUST00000054551 2578 ntAPPRIS P1 BASIC18.18■□□□□ 0.5
ShhQ62226 Sumo3-209ENSMUST00000174113 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
ShhQ62226 Gm9922-201ENSMUST00000066461 435 ntAPPRIS P1 BASIC18.18■□□□□ 0.5
ShhQ62226 Gm10602-201ENSMUST00000098239 609 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
ShhQ62226 Tsen54-201ENSMUST00000021134 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
ShhQ62226 Pth1r-201ENSMUST00000006005 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
ShhQ62226 Phc2-202ENSMUST00000106079 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
ShhQ62226 Cotl1-202ENSMUST00000168698 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
ShhQ62226 Pds5a-209ENSMUST00000201948 8934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
ShhQ62226 Creb1-204ENSMUST00000185594 1569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
ShhQ62226 Fam49b-202ENSMUST00000164532 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
ShhQ62226 Dgcr6-209ENSMUST00000155387 1415 ntTSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
ShhQ62226 Htr7-201ENSMUST00000099505 1606 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
ShhQ62226 Lgr4-201ENSMUST00000046548 5060 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
ShhQ62226 Sema6d-202ENSMUST00000076335 6276 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
ShhQ62226 Gm12216-203ENSMUST00000121435 655 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
ShhQ62226 Smim1-209ENSMUST00000145527 562 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
ShhQ62226 Spcs1-204ENSMUST00000226782 949 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
ShhQ62226 Slc25a3-203ENSMUST00000164505 1483 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
ShhQ62226 Lrrc38-201ENSMUST00000052458 2324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 16.1 ms