Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Msx1-201ENSMUST00000063116 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Usp4P35123 Cers2-201ENSMUST00000015858 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Usp4P35123 Zfp653-202ENSMUST00000179605 1888 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Usp4P35123 Wnt10a-201ENSMUST00000006718 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Usp4P35123 1700030C10Rik-203ENSMUST00000189625 1735 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Usp4P35123 Pgam5-201ENSMUST00000059229 2044 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Usp4P35123 Auh-203ENSMUST00000119311 2627 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Usp4P35123 Gm15645-201ENSMUST00000131504 2208 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
Usp4P35123 Ssbp1-205ENSMUST00000121360 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Usp4P35123 E4f1-205ENSMUST00000226941 2642 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
Usp4P35123 Hmg20b-202ENSMUST00000105323 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Usp4P35123 Cep57-209ENSMUST00000148086 2467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Usp4P35123 Gm15751-201ENSMUST00000134552 1862 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Usp4P35123 Elavl1-201ENSMUST00000098950 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Usp4P35123 Gpatch3-201ENSMUST00000030662 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Usp4P35123 Lamp1-201ENSMUST00000033824 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Usp4P35123 Ostc-201ENSMUST00000043937 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Usp4P35123 H2-Q2-201ENSMUST00000074806 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Usp4P35123 Fam89b-201ENSMUST00000099955 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Usp4P35123 Bmpr1b-202ENSMUST00000098568 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Usp4P35123 Gls2-201ENSMUST00000044776 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Usp4P35123 Cwh43-202ENSMUST00000065543 2316 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Usp4P35123 Rhbdf1-201ENSMUST00000020524 2946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Usp4P35123 Srsf4-202ENSMUST00000053819 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Usp4P35123 Chtop-202ENSMUST00000049937 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Usp4P35123 Stn1-201ENSMUST00000049369 1992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Usp4P35123 1700034P13Rik-201ENSMUST00000181358 1343 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Usp4P35123 Cpne2-201ENSMUST00000048653 2342 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Usp4P35123 Ramp1-202ENSMUST00000165855 852 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
Usp4P35123 Pawr-202ENSMUST00000218332 870 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Usp4P35123 A030005L19Rik-201ENSMUST00000220768 806 ntAPPRIS P1 BASIC20.59■□□□□ 0.89
Usp4P35123 Slc3a2-201ENSMUST00000010239 1819 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Usp4P35123 Gm6802-201ENSMUST00000167843 1983 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
Usp4P35123 Gm12524-201ENSMUST00000143109 1583 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Usp4P35123 Fam216a-201ENSMUST00000031419 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Usp4P35123 AW047730-202ENSMUST00000181406 2579 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
Usp4P35123 1700020G03Rik-201ENSMUST00000211264 889 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
Usp4P35123 Hebp2-202ENSMUST00000213153 968 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
Usp4P35123 Tnpo2-207ENSMUST00000211601 2941 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Rp2-203ENSMUST00000115391 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Tmem41a-201ENSMUST00000023562 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Barx2-201ENSMUST00000116615 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Kcnn4-201ENSMUST00000171904 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Zfp653-201ENSMUST00000043922 2108 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Def6-201ENSMUST00000002327 2277 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Cpeb3-202ENSMUST00000123727 2411 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Eif5a-210ENSMUST00000108613 1343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Cdk4-201ENSMUST00000006911 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Dusp15-202ENSMUST00000109811 753 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Lrfn4-202ENSMUST00000113822 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Sumf1-201ENSMUST00000032191 2593 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Trmt61a-201ENSMUST00000084947 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Fgf3-201ENSMUST00000105898 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Wdsub1-202ENSMUST00000102751 1526 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Atf1-201ENSMUST00000023769 2365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Stx18-202ENSMUST00000042146 1473 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Gm10620-201ENSMUST00000098379 1332 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Flot2-203ENSMUST00000100784 2699 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Ahcyl1-201ENSMUST00000029490 3863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Hs3st4-201ENSMUST00000106437 3189 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.56■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Kras-202ENSMUST00000111710 1194 ntTSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Gm18190-203ENSMUST00000209944 389 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Gm9847-201ENSMUST00000052528 599 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Dact3-201ENSMUST00000108493 2989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Exosc4-201ENSMUST00000059045 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Golph3-205ENSMUST00000228671 2842 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Gm43034-201ENSMUST00000198678 1364 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Uck1-201ENSMUST00000002625 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Creb3l1-201ENSMUST00000028663 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Ehmt2-201ENSMUST00000013931 4026 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Clk3-201ENSMUST00000065330 2496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Cd248-201ENSMUST00000070630 2560 ntAPPRIS P1 BASIC20.55■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Gyg-201ENSMUST00000118015 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Zbtb7a-204ENSMUST00000121840 1676 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Wnt11-205ENSMUST00000167303 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Ankra2-205ENSMUST00000150916 1028 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Clta-206ENSMUST00000170241 1079 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Gm22238-201ENSMUST00000175222 88 ntBASIC20.55■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Hs2st1-201ENSMUST00000043325 6177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Lhx8-201ENSMUST00000177846 2076 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Chtop-204ENSMUST00000107342 2411 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Ankrd40-203ENSMUST00000107818 3487 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Smap2-201ENSMUST00000043200 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Gramd1a-201ENSMUST00000001280 2713 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Usp4P35123 1700018A14Rik-201ENSMUST00000195587 711 ntBASIC20.54■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Gm10399-202ENSMUST00000202768 748 ntBASIC20.54■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Map1lc3a-201ENSMUST00000029128 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Zfp692-202ENSMUST00000153510 1887 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Arl4c-203ENSMUST00000187810 2740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Rin3-202ENSMUST00000101114 2394 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Rapgef1-201ENSMUST00000091146 6212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Gpx7-202ENSMUST00000184609 331 ntTSL 3 BASIC20.53■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Gm46212-201ENSMUST00000220256 1003 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Rp9-203ENSMUST00000215715 1499 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Daxx-202ENSMUST00000170075 2673 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Cacna2d2-201ENSMUST00000010210 5783 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Fdxacb1-203ENSMUST00000176335 1817 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Wdsub1-201ENSMUST00000028368 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Brd1-201ENSMUST00000088911 4702 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Nkx6-2-202ENSMUST00000106095 1299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 115.7 ms