Protein–RNA interactions for Protein: O88609

Lmx1b, LIM homeobox transcription factor 1-beta, mousemouse

Predictions only

Length 395 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lmx1bO88609 Pkmyt1-201ENSMUST00000024701 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
Lmx1bO88609 Gabpb1-203ENSMUST00000103226 1338 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
Lmx1bO88609 Dbnl-201ENSMUST00000020769 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
Lmx1bO88609 Celf6-201ENSMUST00000034840 2765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
Lmx1bO88609 Wrnip1-201ENSMUST00000021832 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
Lmx1bO88609 Elavl1-201ENSMUST00000098950 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
Lmx1bO88609 Srsf1-202ENSMUST00000107920 1209 ntTSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
Lmx1bO88609 Stmn4-202ENSMUST00000118426 1281 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
Lmx1bO88609 Bax-205ENSMUST00000211365 801 ntTSL 3 BASIC17.93■□□□□ 0.46
Lmx1bO88609 Wdr41-208ENSMUST00000222995 1112 ntTSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
Lmx1bO88609 Ghitm-201ENSMUST00000042564 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
Lmx1bO88609 Tomm40-201ENSMUST00000032555 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
Lmx1bO88609 Ubxn2a-203ENSMUST00000142867 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
Lmx1bO88609 Aif1l-201ENSMUST00000001920 3117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
Lmx1bO88609 Hras-201ENSMUST00000026572 2828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
Lmx1bO88609 Sephs2-201ENSMUST00000082428 2177 ntAPPRIS P1 BASIC17.93■□□□□ 0.46
Lmx1bO88609 Bcl3-201ENSMUST00000120537 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
Lmx1bO88609 Slc26a10-201ENSMUST00000095270 2215 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
Lmx1bO88609 1700001C19Rik-201ENSMUST00000061885 1622 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
Lmx1bO88609 8430422M14Rik-201ENSMUST00000199608 822 ntBASIC17.92■□□□□ 0.46
Lmx1bO88609 Selenoo-201ENSMUST00000082439 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
Lmx1bO88609 Fam19a5-201ENSMUST00000068088 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
Lmx1bO88609 6330403K07Rik-201ENSMUST00000156068 1494 ntTSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
Lmx1bO88609 Mfsd4a-202ENSMUST00000112365 1536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
Lmx1bO88609 Paip2-203ENSMUST00000115735 1521 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
Lmx1bO88609 Fam20b-201ENSMUST00000086153 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
Lmx1bO88609 Tead4-202ENSMUST00000112157 1909 ntTSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
Lmx1bO88609 Dpf1-201ENSMUST00000049977 2309 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
Lmx1bO88609 Bfsp1-201ENSMUST00000028907 2372 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
Lmx1bO88609 Rnf8-201ENSMUST00000024817 2077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
Lmx1bO88609 Gm26833-201ENSMUST00000180899 440 ntBASIC17.91■□□□□ 0.46
Lmx1bO88609 Cdc34b-202ENSMUST00000188741 1252 ntBASIC17.91■□□□□ 0.46
Lmx1bO88609 Cdc34-201ENSMUST00000020550 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
Lmx1bO88609 Cdc34b-201ENSMUST00000021240 1233 ntAPPRIS P1 BASIC17.91■□□□□ 0.46
Lmx1bO88609 Acbd6-202ENSMUST00000080138 993 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
Lmx1bO88609 Sept5-201ENSMUST00000096987 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
Lmx1bO88609 Crlf3-203ENSMUST00000103233 2230 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
Lmx1bO88609 Apoe-206ENSMUST00000174064 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
Lmx1bO88609 Krtap5-2-202ENSMUST00000190456 1471 ntAPPRIS P2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
Lmx1bO88609 Gm20621-202ENSMUST00000176618 1234 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
Lmx1bO88609 Gm37564-201ENSMUST00000195000 330 ntTSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
Lmx1bO88609 Rps7-203ENSMUST00000221871 820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
Lmx1bO88609 Gm40848-201ENSMUST00000221998 324 ntBASIC17.9■□□□□ 0.46
Lmx1bO88609 Shox2-201ENSMUST00000029422 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
Lmx1bO88609 Slc35f3-201ENSMUST00000108759 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
Lmx1bO88609 Utp11-201ENSMUST00000030738 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
Lmx1bO88609 Rell2-210ENSMUST00000176104 2150 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
Lmx1bO88609 Olig1-201ENSMUST00000056882 2162 ntAPPRIS P1 BASIC17.9■□□□□ 0.46
Lmx1bO88609 Ccng2-201ENSMUST00000031331 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
Lmx1bO88609 Gm27045-201ENSMUST00000182145 1402 ntBASIC17.89■□□□□ 0.46
Lmx1bO88609 Cbx4-201ENSMUST00000026665 5179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.46
Lmx1bO88609 Chst12-201ENSMUST00000043050 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.46
Lmx1bO88609 Hck-202ENSMUST00000109799 2092 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
Lmx1bO88609 Hck-203ENSMUST00000189688 2090 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
Lmx1bO88609 Prkab1-201ENSMUST00000031486 2089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
Lmx1bO88609 Hck-201ENSMUST00000003370 2092 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
Lmx1bO88609 AC122428.2-201ENSMUST00000216321 1832 ntBASIC17.89■□□□□ 0.45
Lmx1bO88609 Arhgap8-207ENSMUST00000172307 1544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
Lmx1bO88609 Alx3-201ENSMUST00000014747 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
Lmx1bO88609 Oaf-201ENSMUST00000034512 2526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
Lmx1bO88609 Hist1h2bp-201ENSMUST00000102982 469 ntAPPRIS P1 BASIC17.89■□□□□ 0.45
Lmx1bO88609 Wdfy1-202ENSMUST00000113510 704 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
Lmx1bO88609 Wdfy1-203ENSMUST00000113511 704 ntTSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
Lmx1bO88609 Fbxl21-202ENSMUST00000121095 798 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
Lmx1bO88609 Gm20163-202ENSMUST00000212288 989 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
Lmx1bO88609 Wdfy1-201ENSMUST00000048820 717 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
Lmx1bO88609 Mob2-205ENSMUST00000211000 1646 ntTSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
Lmx1bO88609 Stac-201ENSMUST00000035083 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
Lmx1bO88609 Fam193b-201ENSMUST00000021957 4341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
Lmx1bO88609 Pcgf6-201ENSMUST00000026032 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
Lmx1bO88609 Bspry-201ENSMUST00000030088 1757 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
Lmx1bO88609 Tekt5-201ENSMUST00000043415 1803 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
Lmx1bO88609 Clip1-205ENSMUST00000111566 6133 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
Lmx1bO88609 Spsb3-204ENSMUST00000119829 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
Lmx1bO88609 Ube2d2a-202ENSMUST00000170693 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
Lmx1bO88609 Gpx7-201ENSMUST00000030332 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
Lmx1bO88609 Cacna2d2-201ENSMUST00000010210 5783 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
Lmx1bO88609 Rab43-203ENSMUST00000078647 4605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
Lmx1bO88609 Nab2-202ENSMUST00000099157 2311 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
Lmx1bO88609 Agmat-201ENSMUST00000038161 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
Lmx1bO88609 Kcnk15-202ENSMUST00000109396 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
Lmx1bO88609 Evi5l-209ENSMUST00000177053 1542 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
Lmx1bO88609 Arhgap27-202ENSMUST00000092557 1504 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
Lmx1bO88609 Ppp6r2-202ENSMUST00000226221 2559 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
Lmx1bO88609 B630019K06Rik-201ENSMUST00000064196 2583 ntAPPRIS P1 BASIC17.87■□□□□ 0.45
Lmx1bO88609 Celf6-202ENSMUST00000118164 1583 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
Lmx1bO88609 Tomm40-202ENSMUST00000093552 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
Lmx1bO88609 Tmem178-201ENSMUST00000025092 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
Lmx1bO88609 Art5-204ENSMUST00000106937 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
Lmx1bO88609 Ntn5-202ENSMUST00000182750 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
Lmx1bO88609 1700016H13Rik-203ENSMUST00000120108 797 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
Lmx1bO88609 Slc35b2-207ENSMUST00000226086 850 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
Lmx1bO88609 Mgll-202ENSMUST00000113581 1308 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
Lmx1bO88609 Hfe2-201ENSMUST00000049208 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
Lmx1bO88609 Zfp3-201ENSMUST00000060444 2061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
Lmx1bO88609 Tmem234-201ENSMUST00000102591 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
Lmx1bO88609 Suz12-206ENSMUST00000163272 4303 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
Lmx1bO88609 Socs2-214ENSMUST00000172070 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
Lmx1bO88609 Dapk1-202ENSMUST00000077453 5491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
Lmx1bO88609 Desi2-204ENSMUST00000161075 2590 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 19.6 ms