Protein–RNA interactions for Protein: Q9R1R2

Trim3, Tripartite motif-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim3Q9R1R2 Gm21956-201ENSMUST00000179946 522 ntBASIC18.65■□□□□ 0.58
Trim3Q9R1R2 Mpz-201ENSMUST00000070758 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
Trim3Q9R1R2 Runx2-207ENSMUST00000160673 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
Trim3Q9R1R2 Trp73os-201ENSMUST00000143429 2192 ntTSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
Trim3Q9R1R2 Itga9-201ENSMUST00000044165 7020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
Trim3Q9R1R2 Nkain1-201ENSMUST00000105993 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Gm7143-201ENSMUST00000222811 859 ntBASIC18.64■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Alad-201ENSMUST00000030090 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Oaz1-201ENSMUST00000060987 1071 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.64■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Otud1-201ENSMUST00000052168 2832 ntAPPRIS P1 BASIC18.64■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Stau2-217ENSMUST00000162751 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Shox2-201ENSMUST00000029422 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Rfx8-202ENSMUST00000151913 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Cdkl3-202ENSMUST00000063321 2008 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Slc35f3-201ENSMUST00000108759 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Zc3hav1l-201ENSMUST00000058524 6536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Pou2f2-206ENSMUST00000108418 1934 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Bcl10-201ENSMUST00000029842 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Ssbp1-203ENSMUST00000117411 933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Gm14424-201ENSMUST00000143191 895 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Kmt5b-201ENSMUST00000005518 1283 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.63■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Eif5a-210ENSMUST00000108613 1343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Ubtd1-201ENSMUST00000026170 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Ovol2-201ENSMUST00000037423 1539 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Hras-201ENSMUST00000026572 2828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Chkb-201ENSMUST00000023289 1707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Znrf1-204ENSMUST00000171182 5466 ntTSL 3 BASIC18.63■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Arid1b-201ENSMUST00000092723 7150 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Sptbn4-207ENSMUST00000172269 8737 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Tmem59-202ENSMUST00000106753 1148 ntTSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Kcnk15-201ENSMUST00000044798 1199 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Trim71-201ENSMUST00000111816 9332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Dda1-202ENSMUST00000124745 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Zfp821-201ENSMUST00000034163 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Nipsnap2-201ENSMUST00000086046 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Mum1-201ENSMUST00000020365 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Fam207a-201ENSMUST00000045454 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Siglecf-206ENSMUST00000206299 2149 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Ache-209ENSMUST00000196208 1911 ntTSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Utp11-201ENSMUST00000030738 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Ccdc85c-201ENSMUST00000136175 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Cuta-201ENSMUST00000025027 639 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Bcl2l10-201ENSMUST00000034709 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Hfe2-201ENSMUST00000049208 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Rexo5-201ENSMUST00000033218 1966 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Rcan3-201ENSMUST00000030606 5111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Hdgfl3-202ENSMUST00000107305 5887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Mcmbp-202ENSMUST00000119081 2347 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Gm14205-201ENSMUST00000138427 739 ntTSL 3 BASIC18.6■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Tmem196-202ENSMUST00000183694 845 ntTSL 3 BASIC18.6■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 1110065P20Rik-206ENSMUST00000185036 1223 ntTSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Tpst2-201ENSMUST00000031287 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Hnrnpf-202ENSMUST00000163168 2401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Prkar2b-201ENSMUST00000003079 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Eif2ak4-207ENSMUST00000110877 2134 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Nlgn2-201ENSMUST00000056484 5003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Whamm-201ENSMUST00000165460 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Dusp26-201ENSMUST00000036631 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Zbtb4-203ENSMUST00000108640 4067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Ssbp1-205ENSMUST00000121360 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Gm13429-202ENSMUST00000128242 692 ntTSL 3 BASIC18.59■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Ppp2r2c-203ENSMUST00000201156 461 ntTSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Rps19bp1-201ENSMUST00000052499 830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Larp1-203ENSMUST00000178636 6617 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Serbp1-207ENSMUST00000203436 1667 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Nol4l-201ENSMUST00000035346 6399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Ankrd9-207ENSMUST00000148765 1431 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Scarb1-201ENSMUST00000086075 2521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Trmt61a-202ENSMUST00000168338 2131 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Baz1a-201ENSMUST00000038926 6188 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.57
Trim3Q9R1R2 Josd2-211ENSMUST00000134398 563 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
Trim3Q9R1R2 Pigx-211ENSMUST00000189013 982 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
Trim3Q9R1R2 Gm2464-202ENSMUST00000194841 877 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
Trim3Q9R1R2 Rexo2-208ENSMUST00000216470 454 ntTSL 3 BASIC18.58■□□□□ 0.56
Trim3Q9R1R2 1700056E22Rik-201ENSMUST00000050306 967 ntAPPRIS P1 BASIC18.58■□□□□ 0.56
Trim3Q9R1R2 C1ql4-201ENSMUST00000064462 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
Trim3Q9R1R2 Pigx-201ENSMUST00000096109 993 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
Trim3Q9R1R2 Setd4-202ENSMUST00000113951 1826 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
Trim3Q9R1R2 Letm2-201ENSMUST00000079160 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
Trim3Q9R1R2 Ntn5-202ENSMUST00000182750 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
Trim3Q9R1R2 Uqcrfs1-201ENSMUST00000042834 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Trim3Q9R1R2 Ssbp3-201ENSMUST00000030367 3195 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Trim3Q9R1R2 Xk-201ENSMUST00000015486 5076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Trim3Q9R1R2 Peli2-201ENSMUST00000073150 5900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Trim3Q9R1R2 Aplf-201ENSMUST00000032130 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Trim3Q9R1R2 Cetn4-203ENSMUST00000102955 1064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Trim3Q9R1R2 Ppp1r18os-201ENSMUST00000145804 784 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Trim3Q9R1R2 Cbfb-204ENSMUST00000109395 2709 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Trim3Q9R1R2 Mrpl38-201ENSMUST00000106439 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Trim3Q9R1R2 Ccdc85c-202ENSMUST00000222310 4298 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
Trim3Q9R1R2 Msl3l2-201ENSMUST00000063138 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Trim3Q9R1R2 Dusp28-201ENSMUST00000060913 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Trim3Q9R1R2 Cotl1-202ENSMUST00000168698 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Trim3Q9R1R2 Hunk-201ENSMUST00000065856 5009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Trim3Q9R1R2 Gm20548-204ENSMUST00000174528 791 ntTSL 3 BASIC18.56■□□□□ 0.56
Trim3Q9R1R2 AC140930.3-201ENSMUST00000222935 274 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
Trim3Q9R1R2 AC152827.1-201ENSMUST00000221143 2189 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
Trim3Q9R1R2 Picalm-215ENSMUST00000209068 3511 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
Trim3Q9R1R2 Triobp-202ENSMUST00000109688 2553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Trim3Q9R1R2 Soga1-201ENSMUST00000069098 7864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 18.2 ms