Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 4931419H13Rik-201ENSMUST00000199770 973 ntTSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Gm31166-202ENSMUST00000210638 1268 ntTSL 3 BASIC11.23□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Gm19009-201ENSMUST00000223072 823 ntBASIC11.23□□□□□ -0.61
Usp4P35123 CT009536.2-201ENSMUST00000225370 665 ntBASIC11.23□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Mrpl30-201ENSMUST00000027256 969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Cblb-203ENSMUST00000226593 3864 ntAPPRIS ALT2 BASIC11.23□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Myo3b-202ENSMUST00000112241 1319 ntTSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Nphs1os-201ENSMUST00000152625 1339 ntTSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Gm7598-201ENSMUST00000130251 3123 ntTSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Ndrg4-201ENSMUST00000041318 3101 ntTSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.61
Usp4P35123 CT025639.2-202ENSMUST00000225298 1630 ntBASIC11.23□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Clip3-201ENSMUST00000014065 3300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Anks1b-216ENSMUST00000182430 3305 ntTSL 5 BASIC11.23□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Dnm2-202ENSMUST00000091087 3450 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Henmt1-203ENSMUST00000106586 1838 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Ighmbp2-201ENSMUST00000025751 3720 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Olfr624-201ENSMUST00000062144 5731 ntAPPRIS P1 BASIC11.23□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Akap12-201ENSMUST00000045730 6195 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Edn1-201ENSMUST00000021796 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Kif3a-202ENSMUST00000118353 2178 ntTSL 5 BASIC11.23□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Gpm6b-209ENSMUST00000112235 4480 ntTSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Nampt-201ENSMUST00000020886 4527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Gm38025-201ENSMUST00000193926 2308 ntTSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Ddx21-201ENSMUST00000045866 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Casq2-205ENSMUST00000165540 2434 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Hrc-201ENSMUST00000085351 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Zscan12-203ENSMUST00000225545 4405 ntAPPRIS P1 BASIC11.22□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Dip2c-202ENSMUST00000169960 4801 ntTSL 1 (best) BASIC11.22□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Ncmap-203ENSMUST00000105858 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.22□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Ahrr-202ENSMUST00000109640 2419 ntTSL 1 (best) BASIC11.22□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Gm22711-201ENSMUST00000116890 133 ntBASIC11.22□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Gm8302-201ENSMUST00000119217 852 ntBASIC11.22□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Gm15619-201ENSMUST00000128415 1294 ntTSL 3 BASIC11.22□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Mir1956-201ENSMUST00000157748 65 ntBASIC11.22□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Fcrl1-202ENSMUST00000163661 1649 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.22□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Zbtb3-201ENSMUST00000172175 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.22□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Rps28-203ENSMUST00000173019 437 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.22□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Mipep-ps-201ENSMUST00000177439 291 ntBASIC11.22□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Phf20-ps-201ENSMUST00000185066 2886 ntBASIC11.22□□□□□ -0.61
Usp4P35123 1700025F24Rik-201ENSMUST00000185238 894 ntTSL 1 (best) BASIC11.22□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Gm37284-201ENSMUST00000193607 539 ntBASIC11.22□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Gm44329-201ENSMUST00000197469 112 ntBASIC11.22□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Diablo-210ENSMUST00000200247 748 ntTSL 5 BASIC11.22□□□□□ -0.61
Usp4P35123 AA545190-201ENSMUST00000203495 1053 ntTSL 2 BASIC11.22□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Tubgcp5-205ENSMUST00000205796 3448 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.22□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Cox6b1-204ENSMUST00000208838 354 ntTSL 3 BASIC11.22□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Gm45285-201ENSMUST00000210418 749 ntTSL 3 BASIC11.22□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Gm45576-201ENSMUST00000210981 1322 ntTSL 5 BASIC11.22□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Bcat2-208ENSMUST00000211173 1684 ntTSL 1 (best) BASIC11.22□□□□□ -0.61
Usp4P35123 AC118476.3-201ENSMUST00000216419 1219 ntTSL 1 (best) BASIC11.22□□□□□ -0.61
Usp4P35123 AC166341.2-201ENSMUST00000220571 120 ntBASIC11.22□□□□□ -0.61
Usp4P35123 CT009546.1-201ENSMUST00000222573 1120 ntBASIC11.22□□□□□ -0.61
Usp4P35123 CT009489.1-201ENSMUST00000227740 1893 ntBASIC11.22□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Zfp384-201ENSMUST00000046064 3108 ntTSL 5 BASIC11.22□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Trim34a-201ENSMUST00000060315 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.22□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Gemin8-202ENSMUST00000087169 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.22□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Tro-202ENSMUST00000087258 6559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.22□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Hmgcr-201ENSMUST00000022176 4425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.22□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Hipk2-204ENSMUST00000160360 3907 ntTSL 1 (best) BASIC11.22□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Amph-201ENSMUST00000003345 3367 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.22□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Tbpl1-202ENSMUST00000127698 2873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.22□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Gpr39-201ENSMUST00000027581 2691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.22□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Ccdc33-204ENSMUST00000119665 2552 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.22□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Anxa6-202ENSMUST00000108883 2489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.21□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Sun1-204ENSMUST00000110882 2454 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.21□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Ahrr-201ENSMUST00000022059 4754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.21□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Lao1-201ENSMUST00000058651 2349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.21□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Tada2a-201ENSMUST00000018795 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.21□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Lhfpl2-201ENSMUST00000054274 4348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.21□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Tnfrsf9-204ENSMUST00000105672 1999 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.21□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Prim2-201ENSMUST00000027312 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.21□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Ik-201ENSMUST00000007042 1996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.21□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Nfkbiz-204ENSMUST00000114458 3627 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.21□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Pdlim5-204ENSMUST00000168967 1755 ntTSL 1 (best) BASIC11.21□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Olfr287-204ENSMUST00000170618 1776 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.21□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Psmc2-201ENSMUST00000030769 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.21□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Slc10a3-204ENSMUST00000114147 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.21□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Vangl1-208ENSMUST00000168312 1740 ntTSL 1 (best) BASIC11.21□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Hpgd-201ENSMUST00000034026 1683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.21□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Cpvl-202ENSMUST00000203101 1488 ntTSL 1 (best) BASIC11.21□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Thoc6-202ENSMUST00000095579 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.21□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Nrxn1-215ENSMUST00000173917 1439 ntTSL 2 BASIC11.21□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Pgbd5-206ENSMUST00000172566 2842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.21□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Slc25a27-201ENSMUST00000024705 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.21□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Tbc1d22bos-202ENSMUST00000163069 1349 ntTSL 1 (best) BASIC11.21□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Gm20831-201ENSMUST00000177639 1337 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.21□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Gm20737-202ENSMUST00000187245 1338 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.21□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Gm20777-202ENSMUST00000187434 1341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.21□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Gm20873-202ENSMUST00000187857 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.21□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Gm20772-201ENSMUST00000188928 1343 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.21□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Gm21310-202ENSMUST00000189630 1343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.21□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Gm20795-202ENSMUST00000190909 1344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.21□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Gm21440-201ENSMUST00000192749 1344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.21□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Gm20831-202ENSMUST00000194411 1344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.21□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Gm21425-202ENSMUST00000195626 1345 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.21□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Gm16982-201ENSMUST00000181275 2620 ntTSL 2 BASIC11.21□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Gm25076-201ENSMUST00000104098 132 ntBASIC11.21□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Yipf6-202ENSMUST00000113811 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.21□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Gm12136-201ENSMUST00000120460 1209 ntBASIC11.21□□□□□ -0.61
Usp4P35123 Spx-202ENSMUST00000126521 357 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC11.21□□□□□ -0.61
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 51.1 ms