Protein–RNA interactions for Protein: Q9QXK7

Cpsf3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, mousemouse

Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Cpsf3Q9QXK7 B430319F04Rik-201ENSMUST00000209731 2669 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
Cpsf3Q9QXK7 6430573P05Rik-203ENSMUST00000195547 2457 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
Cpsf3Q9QXK7 Taf4-204ENSMUST00000227325 4380 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
Cpsf3Q9QXK7 Tead2-201ENSMUST00000033060 2140 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Cpsf3Q9QXK7 Rdh14-201ENSMUST00000020947 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Cpsf3Q9QXK7 Ramp1-202ENSMUST00000165855 852 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
Cpsf3Q9QXK7 Fam168b-208ENSMUST00000191307 844 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
Cpsf3Q9QXK7 3110053B16Rik-202ENSMUST00000140360 2004 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Cpsf3Q9QXK7 Hoxd1-201ENSMUST00000047793 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Cpsf3Q9QXK7 Syt6-205ENSMUST00000121834 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Cpsf3Q9QXK7 Gm12251-201ENSMUST00000117893 792 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
Cpsf3Q9QXK7 AC158777.2-201ENSMUST00000228787 398 ntAPPRIS P1 BASIC21.58■■□□□ 1.05
Cpsf3Q9QXK7 Ikzf1-202ENSMUST00000048122 911 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Cpsf3Q9QXK7 Gm6139-201ENSMUST00000079261 882 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
Cpsf3Q9QXK7 Bcl10-201ENSMUST00000029842 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Cotl1-202ENSMUST00000168698 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 C2cd4a-201ENSMUST00000054500 1395 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Snrpa-201ENSMUST00000080356 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Hexdc-201ENSMUST00000038831 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Dbf4-201ENSMUST00000002368 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Marc1-202ENSMUST00000110992 2152 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Cdv3-ps-201ENSMUST00000169632 827 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Rem2-202ENSMUST00000164766 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Prkab1-201ENSMUST00000031486 2089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Grin2c-202ENSMUST00000106554 4895 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Cep78-201ENSMUST00000047704 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Sh3bp1-204ENSMUST00000109698 1923 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Pycr2-201ENSMUST00000027802 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Ppp3ca-202ENSMUST00000070198 4758 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Fam49b-202ENSMUST00000164532 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Jak2-201ENSMUST00000025705 4947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 0610010K14Rik-208ENSMUST00000108578 880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 1700016H13Rik-203ENSMUST00000120108 797 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Kdelr3-201ENSMUST00000010974 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 B630019K06Rik-201ENSMUST00000064196 2583 ntAPPRIS P1 BASIC21.55■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Map4k3-202ENSMUST00000112389 4231 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Cdkl3-202ENSMUST00000063321 2008 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Tarbp2-202ENSMUST00000100168 1278 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Rtn4-210ENSMUST00000170731 1272 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Gm26646-201ENSMUST00000180715 1490 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Gm6085-201ENSMUST00000182774 1470 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Rhov-201ENSMUST00000037360 1703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Rhbdd3-201ENSMUST00000036320 1790 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Suz12-206ENSMUST00000163272 4303 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Cdkn2a-202ENSMUST00000107131 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Tmem9-202ENSMUST00000117950 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Gm15039-201ENSMUST00000118914 875 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Tor2a-208ENSMUST00000177382 396 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Pet117-201ENSMUST00000183618 693 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Spcs1-204ENSMUST00000226782 949 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Notum-203ENSMUST00000106178 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Gyg-201ENSMUST00000118015 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Kalrn-208ENSMUST00000114961 6128 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Ankrd9-201ENSMUST00000043459 1706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Arhgap27-202ENSMUST00000092557 1504 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Gm9934-201ENSMUST00000098303 2077 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Cobll1-204ENSMUST00000112430 4917 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Bag1-202ENSMUST00000108089 1336 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Nipsnap2-201ENSMUST00000086046 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Macrod2-207ENSMUST00000110067 4730 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Lrfn1-201ENSMUST00000055110 1479 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 D1Ertd622e-203ENSMUST00000149927 2703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Psme4-201ENSMUST00000041231 6491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Bola1-202ENSMUST00000107099 995 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Gm15867-201ENSMUST00000159407 388 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Bola1-201ENSMUST00000016087 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Bola1-203ENSMUST00000177442 692 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Bag1-204ENSMUST00000215842 1068 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Slc25a41-201ENSMUST00000058661 1225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Arhgdia-202ENSMUST00000106197 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Tex264-202ENSMUST00000163441 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Cbln2-201ENSMUST00000068423 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 1700105P06Rik-201ENSMUST00000186160 1772 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Tomm40-202ENSMUST00000093552 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Dalrd3-201ENSMUST00000019183 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Agap2-202ENSMUST00000217941 5573 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Zfp69-201ENSMUST00000106280 2362 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Gm10209-201ENSMUST00000203397 1607 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 H2-Q7-204ENSMUST00000116598 1134 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Wdr70-203ENSMUST00000227371 1130 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Kcnk15-202ENSMUST00000109396 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 1700086O06Rik-202ENSMUST00000181871 1564 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Wrnip1-201ENSMUST00000021832 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Cpsf3Q9QXK7 Trp73os-201ENSMUST00000143429 2192 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Cpsf3Q9QXK7 Zfp523-201ENSMUST00000002318 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Cpsf3Q9QXK7 Fgfrl1-202ENSMUST00000112560 2318 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Cpsf3Q9QXK7 Acsl3-203ENSMUST00000134566 2492 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Cpsf3Q9QXK7 Hpse-202ENSMUST00000112908 1958 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Cpsf3Q9QXK7 Gon7-201ENSMUST00000173969 1152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Cpsf3Q9QXK7 Gm9922-201ENSMUST00000066461 435 ntAPPRIS P1 BASIC21.51■■□□□ 1.03
Cpsf3Q9QXK7 Ercc6l2-208ENSMUST00000144763 1820 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Cpsf3Q9QXK7 Col23a1-201ENSMUST00000102765 5658 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
Cpsf3Q9QXK7 Inpp5a-201ENSMUST00000026550 2774 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Cpsf3Q9QXK7 Frat1-201ENSMUST00000087155 2614 ntAPPRIS P1 BASIC21.5■■□□□ 1.03
Cpsf3Q9QXK7 Spock1-204ENSMUST00000186271 2005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Cpsf3Q9QXK7 Mettl25-201ENSMUST00000046638 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Cpsf3Q9QXK7 Ltb4r2-201ENSMUST00000044554 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Cpsf3Q9QXK7 Rbp4-202ENSMUST00000112335 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Cpsf3Q9QXK7 Gm20621-202ENSMUST00000176618 1234 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Cpsf3Q9QXK7 Gm7160-202ENSMUST00000188519 1027 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 18.1 ms