Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Snx12-204ENSMUST00000156473 1114 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 Jsrp1-203ENSMUST00000181039 1108 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 H2-Ke6-201ENSMUST00000045467 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 Ick-201ENSMUST00000009972 873 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 Kif1bp-202ENSMUST00000159704 2622 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 Slc10a3-201ENSMUST00000037967 2023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 Cbln2-204ENSMUST00000169470 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 Serbp1-211ENSMUST00000204293 1336 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 Zranb1-202ENSMUST00000106157 5008 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 Vstm4-201ENSMUST00000053175 2745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 Nespas-201ENSMUST00000143738 1083 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 Vax2os-202ENSMUST00000150233 595 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 Khk-204ENSMUST00000201621 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 Taf11-202ENSMUST00000114848 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 Ttc14-206ENSMUST00000196975 1711 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 D830036C21Rik-202ENSMUST00000208263 1548 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 Fkbp8-201ENSMUST00000075491 1698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 Bpifb4-202ENSMUST00000109757 2420 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 Arl5a-201ENSMUST00000036541 5239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 Gm20634-201ENSMUST00000090779 2956 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 1810059C17Rik-201ENSMUST00000125173 487 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 Sco2-201ENSMUST00000167643 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 Erh-205ENSMUST00000218740 981 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 Syde2-201ENSMUST00000039517 5495 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 Rcc1l-201ENSMUST00000076228 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 Kcnc3-201ENSMUST00000107906 5062 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 Usp39-201ENSMUST00000070345 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 Tle1-205ENSMUST00000107337 2067 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 Crh-201ENSMUST00000061294 1320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 Cnnm1-202ENSMUST00000223787 2931 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 Acot8-202ENSMUST00000103094 1152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 Lypla1-208ENSMUST00000150971 877 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 Dlx6-203ENSMUST00000171311 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 Acot8-201ENSMUST00000017451 1055 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 P2rx2-203ENSMUST00000195985 2096 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 Wdsub1-202ENSMUST00000102751 1526 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 Ajap1-201ENSMUST00000105646 3048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 2310022A10Rik-205ENSMUST00000187960 1989 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 H2afj-201ENSMUST00000074556 1831 ntAPPRIS P2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 Ptpre-202ENSMUST00000209256 2593 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 Smox-207ENSMUST00000110186 2170 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 Pwwp2b-202ENSMUST00000172136 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 Myadml2-201ENSMUST00000026134 931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Col6a1Q04857 Tpst2-201ENSMUST00000031287 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
Col6a1Q04857 Mgll-202ENSMUST00000113581 1308 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
Col6a1Q04857 Stmn4-201ENSMUST00000074523 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Col6a1Q04857 Larp4b-204ENSMUST00000188939 2658 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Col6a1Q04857 A830035O19Rik-201ENSMUST00000216147 1898 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
Col6a1Q04857 St3gal5-202ENSMUST00000114112 2439 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Col6a1Q04857 Pex16-201ENSMUST00000028650 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Col6a1Q04857 Cpeb3-205ENSMUST00000126781 2095 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Col6a1Q04857 Ispd-204ENSMUST00000221452 1924 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Col6a1Q04857 Tmem147-201ENSMUST00000006478 870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Col6a1Q04857 Gm44949-201ENSMUST00000206423 1450 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
Col6a1Q04857 Tcte2-202ENSMUST00000127032 1875 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Col6a1Q04857 Slc35b3-209ENSMUST00000225432 2216 ntAPPRIS P3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
Col6a1Q04857 Txn2-204ENSMUST00000109748 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Col6a1Q04857 Cdkn2aipnl-201ENSMUST00000102763 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Col6a1Q04857 Tssk6-201ENSMUST00000050373 1335 ntAPPRIS P1 BASIC22.06■■□□□ 1.12
Col6a1Q04857 Lmtk3-202ENSMUST00000120005 4997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Col6a1Q04857 Ypel3-204ENSMUST00000106359 469 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
Col6a1Q04857 Krtcap3-205ENSMUST00000201625 902 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
Col6a1Q04857 Pts-208ENSMUST00000215416 439 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
Col6a1Q04857 Hnrnpab-202ENSMUST00000101249 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Col6a1Q04857 Barhl1-202ENSMUST00000113847 2160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Col6a1Q04857 Specc1-206ENSMUST00000201015 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
Col6a1Q04857 Fbxw2-204ENSMUST00000113077 1670 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
Col6a1Q04857 Deptor-203ENSMUST00000100660 1377 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Col6a1Q04857 AC161052.2-201ENSMUST00000220969 1375 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
Col6a1Q04857 Ntsr2-202ENSMUST00000220892 846 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
Col6a1Q04857 Rab42-201ENSMUST00000040411 761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Col6a1Q04857 Sds-201ENSMUST00000066540 1207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Col6a1Q04857 Lsm2-201ENSMUST00000007266 873 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Col6a1Q04857 Gm10153-201ENSMUST00000084415 522 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
Col6a1Q04857 Rabgap1l-216ENSMUST00000195442 1877 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Col6a1Q04857 Gm26995-201ENSMUST00000182216 1306 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Col6a1Q04857 Eif2b3-203ENSMUST00000106448 1555 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
Col6a1Q04857 Pold2-201ENSMUST00000102922 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Col6a1Q04857 Specc1-215ENSMUST00000202744 674 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Col6a1Q04857 Best2-202ENSMUST00000209322 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Col6a1Q04857 Grtp1-207ENSMUST00000211128 1416 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Col6a1Q04857 Aurkb-202ENSMUST00000108666 1831 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Col6a1Q04857 Trip10-207ENSMUST00000224947 2016 ntAPPRIS P2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
Col6a1Q04857 Arhgap8-201ENSMUST00000006029 1527 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
Col6a1Q04857 Lhx2-201ENSMUST00000000253 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Col6a1Q04857 Spaca1-201ENSMUST00000029927 1197 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Col6a1Q04857 Spaca1-202ENSMUST00000084734 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Col6a1Q04857 Ccne1-201ENSMUST00000108023 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Col6a1Q04857 Gabbr2-201ENSMUST00000107749 5750 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
Col6a1Q04857 Ubtf-201ENSMUST00000006754 3213 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Col6a1Q04857 Rbfox3-206ENSMUST00000120061 2150 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
Col6a1Q04857 Zcchc2-202ENSMUST00000119166 6368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Col6a1Q04857 Rhno1-202ENSMUST00000112151 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Col6a1Q04857 Npm3-ps1-201ENSMUST00000119728 528 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
Col6a1Q04857 A230065N10Rik-201ENSMUST00000172178 1028 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
Col6a1Q04857 C430014B12Rik-202ENSMUST00000186858 657 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
Col6a1Q04857 Tusc2-203ENSMUST00000193418 410 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
Col6a1Q04857 Tceanc2-201ENSMUST00000030362 935 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
Col6a1Q04857 Npm3-201ENSMUST00000070215 888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Col6a1Q04857 Purg-201ENSMUST00000070340 1064 ntAPPRIS P1 BASIC22.01■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 17.6 ms